孟德尔随机化+WGCNA+预后模型,7+轻松get

这篇生信研究通过孟德尔随机化和转录组数据分析,探讨系统性红斑狼疮(SLE)对乳腺癌风险的影响。结果发现,在东亚人群中,SLE与乳腺癌的遗传易感性存在负相关,但无显著因果关联。通过WGCNA识别出386个关键基因,并建立预测模型SLEscore,该模型在预后评估中表现出良好的性能。
摘要由CSDN通过智能技术生成

今天给同学们分享一篇生信文章“Exploring the causality and pathogenesis of systemic lupus erythematosus in breast cancer based on Mendelian randomization and transcriptome data analyses”,这篇文章发表在Front Immunol期刊上,影响因子为7.3。

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结果解读:

SNP的选择

总体而言,这项MR研究分析了共计243,218名欧洲血统个体(128,178例患者和115,040例对照组)以及107,936名东亚血统人群(9,774例患者和98,162例对照组)。作者从GWAS中提取了与SLE显著相关的IVs(p < 5 × 10 −8 ),并去除了LD(r 2 <0.001,10,000-kb)。此外,作者分析中的F统计量大于100,表明这些IVs能够强有力地预测SLE的发生率。


遗传易感性与SLE和乳腺癌风险

MR分析显示欧洲队列中SLE与乳腺癌之间不存在因果关联(乳腺癌:OR 0.9985,95%CI 0.9873-1.0099,p=0.79;ER+乳腺癌:OR 0.

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