7+非肿瘤+线粒体+PPI+机器学习+实验，多套路搭配干湿结合

今天给同学们分享一篇生信文章“Identification of mitochondrial related signature associated with immune microenvironment in Alzheimer's disease”，这篇文章发表在J Transl Med期刊上，影响因子为7.4。

结果解读：

在ND和AD样本中鉴定差异表达基因

该研究的流程图如图1所示。PCA分析显示了AD和ND样本的分布。所选数据集的详细信息如表3所示。在GSE122063中经过预处理筛选出了18378个基因，并通过adj.p.val和Log2FC鉴定出了2832个差异表达基因（DEGs），其中包括1119个上调基因和1713个下调基因（图2a）。在GSE132903中筛选出了493个DEGs，其中包括207个上调基因和286个下调基因（图2b）。分别使用热图表示了GSE122063和GSE132903数据集中前25个上调基因和前25个下调基因（图2c，d）。结果显示根据差异基因可以区分出两组。

潜在功能和差异表达基因的途径

将前八个显著激活的基因集和前八个抑制的基因集以点图的形式呈现，这些基因集来自于MSigDB的C5基因集。发现免疫反应显著激活，神经元间突触受到抑制（图2e）。同样，将MSigDB的C2基因集中前八个显著激活的基因集和前八个抑制的基因集以点图的形式展示。与脑衰老相关的基因被显著激活，与化学突触传递相关的基因被抑制（图2f）。

GSEA结果显示，抗原处理和呈递、凋亡、B细胞受体信号通路、JAK-STAT信号通路、p53信号通路、类似受体（TLRs）信号通路