r：用circlize包绘制染色体圈图-CSDN博客

本文链接：https://blog.csdn.net/2301_79584199/article/details/142306781

本博客使用的教程来自Circular Visualization in R (jokergoo.github.io)，可以在该网站查找circlize包的所有用法。

一、染色体圈图初始化

一行代码即可绘制出人类染色体，该函数会创建一个具有染色体名称和轴的轨迹。

circos.initializeWithIdeogram()

默认情况下， circos.initializeWithIdeogram() 使用人类基因组 hg19 的 cytoband 数据初始化绘图。用户还可以通过指定 species 参数来初始化其他物种，它将自动下载相应物种的 cytoband 文件。

circos.initializeWithIdeogram(species = "hg18")
circos.initializeWithIdeogram(species = "mm10")

hg18	mm10

还可以通过指定 chromosome.index 来选择染色体的子集，并对染色体进行排序

circos.initializeWithIdeogram(chromosome.index = paste0("chr", c(3,5,2,8)))
text(0, 0, "subset of chromosomes", cex = 1)#在圈图中插入文字

二、加入基因组数据

这里只介绍 BED 格式的数据（其中第一列是染色体名称，第二列和第三列是开始和结束位置，第四列及之后是关联值）

bed = generateRandomBed(nc = 2)#随机生成示例数据
head(bed, n = 2)
#   chr  start    end     value1     value2
#1 chr1 150969 175741  0.2828066 0.63818454
#2 chr1 316425 381038 -0.4544091 0.02978984

1、绘制折线图

circos.track函数表示新建一个圈层

circos.track(factors=bed$chr, x = bed$start, y = bed$value1, track.index=3,
             track.height = 0.1,ylim=c(-2,2),bg.col="pink",
             panel.fun = function(x, y) {
               
               circos.lines(x, y, col = "red") #默认折线图，x和y来自上边的参数传递
             })

2、绘制点图

circos.track(factors=bed$chr, x = bed$start, y = bed$value1,#track.index=3,
             #bg.col=rainbow(19),
             track.height = 0.1,ylim=c(-2,2),
             panel.fun = function(x, y) {
               circos.points(x, y, col = "red",cex =0.3) 
               circos.segments(x0=CELL_META$xlim[1],x1=CELL_META$xlim[2],
                               y0=th,y1=th,col = 'black')
             })