Linux最全Q2_ITSxpress-Qiime2 ITS 分析插件安装及使用(1)，四年Linux运维面试遇到的问题整理

为了做好运维面试路上的助攻手，特整理了上百道 【运维技术栈面试题集锦】 ，让你面试不慌心不跳，高薪offer怀里抱！

这次整理的面试题，小到shell、MySQL，大到K8s等云原生技术栈，不仅适合运维新人入行面试需要，还适用于想提升进阶跳槽加薪的运维朋友。

本份面试集锦涵盖了

• 174 道运维工程师面试题
• 128道k8s面试题
• 108道shell脚本面试题
• 200道Linux面试题
• 51道docker面试题
• 35道Jenkis面试题
• 78道MongoDB面试题
• 17道ansible面试题
• 60道dubbo面试题
• 53道kafka面试
• 18道mysql面试题
• 40道nginx面试题
• 77道redis面试题
• 28道zookeeper

总计 1000+ 道面试题， 内容 又全含金量又高

• 174道运维工程师面试题

1、什么是运维?

2、在工作中，运维人员经常需要跟运营人员打交道，请问运营人员是做什么工作的?

3、现在给你三百台服务器，你怎么对他们进行管理?

4、简述raid0 raid1raid5二种工作模式的工作原理及特点

5、LVS、Nginx、HAproxy有什么区别?工作中你怎么选择?

6、Squid、Varinsh和Nginx有什么区别，工作中你怎么选择?

7、Tomcat和Resin有什么区别，工作中你怎么选择?

8、什么是中间件?什么是jdk?

9、讲述一下Tomcat8005、8009、8080三个端口的含义？

10、什么叫CDN?

11、什么叫网站灰度发布?

12、简述DNS进行域名解析的过程?

13、RabbitMQ是什么东西?

14、讲一下Keepalived的工作原理?

15、讲述一下LVS三种模式的工作过程?

16、mysql的innodb如何定位锁问题，mysql如何减少主从复制延迟?

17、如何重置mysql root密码?

网上学习资料一大堆，但如果学到的知识不成体系，遇到问题时只是浅尝辄止，不再深入研究，那么很难做到真正的技术提升。

需要这份系统化的资料的朋友，可以点击这里获取！

一个人可以走的很快，但一群人才能走的更远！不论你是正从事IT行业的老鸟或是对IT行业感兴趣的新人，都欢迎加入我们的的圈子（技术交流、学习资源、职场吐槽、大厂内推、面试辅导），让我们一起学习成长！

conda install -c bioconda itsxpress

#我这里装完后是这样：
added / updated specs:
- itsxpress

The following packages will be downloaded:

package                    |            build
---------------------------|-----------------
bbmap-39.01                |       h92535d8_1         9.0 MB  bioconda
biopython-1.78             |   py38h7f8727e_0         2.2 MB
certifi-2023.11.17         |   py38h06a4308_0         158 KB
itsxpress-1.8.0            |             py_1         968 KB  bioconda
------------------------------------------------------------
                                       Total:        12.2 MB

The following NEW packages will be INSTALLED:

bbmap bioconda/linux-64::bbmap-39.01-h92535d8_1
biopython pkgs/main/linux-64::biopython-1.78-py38h7f8727e_0
itsxpress bioconda/noarch::itsxpress-1.8.0-py_1

The following packages will be UPDATED:

ca-certificates conda-forge::ca-certificates-2023.7.2~ --> pkgs/main::ca-certificates-2023.08.22-h06a4308_0
certifi conda-forge/noarch::certifi-2023.7.22~ --> pkgs/main/linux-64::certifi-2023.11.17-py38h06a4308_0

The following packages will be SUPERSEDED by a higher-priority channel:

openssl conda-forge::openssl-1.1.1w-hd590300_0 --> pkgs/main::openssl-1.1.1w-h7f8727e_0

###################### 也就是1.8.0版，但后面安装q2插件后会升到了1.8.1版 ######################

### 继续安装q2-itsexpress插件：

继续安装q2 插件

pip install q2-itsxpress

####################
Installing collected packages: pyzstd, biopython, itsxpress, q2-itsxpress
Attempting uninstall: biopython
Found existing installation: biopython 1.78
Uninstalling biopython-1.78:
Successfully uninstalled biopython-1.78
Attempting uninstall: itsxpress
Found existing installation: itsxpress 1.8.0
Uninstalling itsxpress-1.8.0:
Successfully uninstalled itsxpress-1.8.0
Successfully installed biopython-1.81 itsxpress-1.8.1 pyzstd-0.15.9 q2-itsxpress-1.8.1

### 安装完插件后，刷新插件环境信息

qiime dev refresh-cache

### 检查itsxpress安装：

官网命令：

qiime itsxpress

###############################
Error: QIIME 2 has no plugin/command named ‘itsxpress’. Did you mean ‘q2-itsxpress’?

哈哈，报错了。

按照提示使用q2 插件。

qiime q2-itsxpress

帮助信息出来了，应该没问题了。

Usage: qiime q2-itsxpress [OPTIONS] COMMAND [ARGS]…

Description: #####This is the end of life version 1 of ITSxpress. Please
check Github for version 2of ITSxpress.#####ITSxpress trims amplicon reads
down to their ITS region. ITSxpress is designed to support the calling of
exact sequence variants rather than OTUs. This newer method of sequence
error-correction requires quality score data from each sequence, so each
input sequence must be trimmed. ITSxpress makes this possible by taking
FASTQ data, de-replicating the sequences then identifying the start and stop
sites using HMMSearch. Results are parsed and the trimmed files are
returned. The ITS 1, ITS2 or the entire ITS region including the 5.8s
rRNAgene can be selected. ALL requires very long reads so it is not
routinelyused with Illumina data. ITSxpress uses the hmm models from ITSx so
results are comparable.

Plugin website: https://github.com/USDA-ARS-GBRU/q2_itsxpress
ITSxpress: https://github.com/USDA-ARS-GBRU/itsxpress

Getting user support: Please post to the QIIME 2 forum for help with this
plugin: https://forum.qiime2.org

Options:
–version Show the version and exit.
–example-data PATH Write example data and exit.
–citations Show citations and exit.
–help Show this message and exit.

Commands:
trim-pair Trim paired-end reads, output merged reads for
use with Deblur
trim-pair-output-unmerged Trim paired-end reads, output unmerged reads for
use with Dada2
trim-single Trim single-end reads

## 2、使用示例：


用例：使用两个cpu线程，使用PairedSequencesWithQualty qza从真菌扩增子测序数据集中修剪ITS2区域。使用的示例文件位于paired.qza下的Tests文件夹中。

qiime itsxpress trim-pair --i-per-sample-sequences ~/parired.qza --p-region ITS2
–p-taxa F --p-threads 2 --o-trimmed ~/Desktop/out.qza

## 3、其他使用说明：


![](https://img-blog.csdnimg.cn/direct/e22561996391485a8627946e8cc9ad1d.png)


![](https://img-blog.csdnimg.cn/direct/9f6ef8becaf3403bac173fbe408ed95f.png)


![](https://img-blog.csdnimg.cn/direct/5d9dbb65c85d46c496c9bd97e4f945ca.png)


![](https://img-blog.csdnimg.cn/direct/0c91752a65fc431f94ce82e9f1cb4f2d.png)


## 


## 4、直接单独使用itsxpress


先单独建一个环境：

conda create -n ITSxpress_V1EOL python=3.8.13
conda activate ITSxpress_V1EOL

再安装itsxpress

conda 安装，有可能报错，建议吧==1.8.1去掉直接安装，会是1.8.0.

conda install -y -c bioconda itsxpress==1.8.1

pip 安装，需要先安装依赖, pip安装的是1.8.1

conda install -y -c bioconda hmmer3.1b2
conda install -y -c bioconda bbmap38.69
conda install -y -c bioconda vsearch==2.21.1

pip install itsxpress

为了做好运维面试路上的助攻手，特整理了上百道 **【运维技术栈面试题集锦】** ，让你面试不慌心不跳，高薪offer怀里抱！

这次整理的面试题，**小到shell、MySQL，大到K8s等云原生技术栈，不仅适合运维新人入行面试需要，还适用于想提升进阶跳槽加薪的运维朋友。**

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本份面试集锦涵盖了

*   **174 道运维工程师面试题**
*   **128道k8s面试题**
*   **108道shell脚本面试题**
*   **200道Linux面试题**
*   **51道docker面试题**
*   **35道Jenkis面试题**
*   **78道MongoDB面试题**
*   **17道ansible面试题**
*   **60道dubbo面试题**
*   **53道kafka面试**
*   **18道mysql面试题**
*   **40道nginx面试题**
*   **77道redis面试题**
*   **28道zookeeper**

**总计 1000+ 道面试题， 内容 又全含金量又高**

*   **174道运维工程师面试题**

> 1、什么是运维?

> 2、在工作中，运维人员经常需要跟运营人员打交道，请问运营人员是做什么工作的?

> 3、现在给你三百台服务器，你怎么对他们进行管理?

> 4、简述raid0 raid1raid5二种工作模式的工作原理及特点

> 5、LVS、Nginx、HAproxy有什么区别?工作中你怎么选择?

> 6、Squid、Varinsh和Nginx有什么区别，工作中你怎么选择?

> 7、Tomcat和Resin有什么区别，工作中你怎么选择?

> 8、什么是中间件?什么是jdk?

> 9、讲述一下Tomcat8005、8009、8080三个端口的含义？

> 10、什么叫CDN?

> 11、什么叫网站灰度发布?

> 12、简述DNS进行域名解析的过程?

> 13、RabbitMQ是什么东西?

> 14、讲一下Keepalived的工作原理?

> 15、讲述一下LVS三种模式的工作过程?

> 16、mysql的innodb如何定位锁问题，mysql如何减少主从复制延迟?

> 17、如何重置mysql root密码?

**网上学习资料一大堆，但如果学到的知识不成体系，遇到问题时只是浅尝辄止，不再深入研究，那么很难做到真正的技术提升。**

**[需要这份系统化的资料的朋友，可以点击这里获取！](https://bbs.csdn.net/forums/4f45ff00ff254613a03fab5e56a57acb)**

**一个人可以走的很快，但一群人才能走的更远！不论你是正从事IT行业的老鸟或是对IT行业感兴趣的新人，都欢迎加入我们的的圈子（技术交流、学习资源、职场吐槽、大厂内推、面试辅导），让我们一起学习成长！**

定位锁问题，mysql如何减少主从复制延迟?

> 17、如何重置mysql root密码?

**网上学习资料一大堆，但如果学到的知识不成体系，遇到问题时只是浅尝辄止，不再深入研究，那么很难做到真正的技术提升。**

**[需要这份系统化的资料的朋友，可以点击这里获取！](https://bbs.csdn.net/forums/4f45ff00ff254613a03fab5e56a57acb)**

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