推荐一个牛逼的生物信息 Python 库 - Dash Bio_python开源生物特征库

于 2024-05-13 08:48:56 发布
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分类专栏： 程序员 文章标签： python 学习 面试
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感谢每一个认真阅读我文章的人，看着粉丝一路的上涨和关注，礼尚往来总是要有的：

①　2000多本Python电子书（主流和经典的书籍应该都有了）

②　Python标准库资料（最全中文版）

③　项目源码（四五十个有趣且经典的练手项目及源码）

④　Python基础入门、爬虫、web开发、大数据分析方面的视频（适合小白学习）

⑤ Python学习路线图（告别不入流的学习）

网上学习资料一大堆，但如果学到的知识不成体系，遇到问题时只是浅尝辄止，不再深入研究，那么很难做到真正的技术提升。

需要这份系统化学习资料的朋友，可以戳这里获取

一个人可以走的很快，但一群人才能走的更远！不论你是正从事IT行业的老鸟或是对IT行业感兴趣的新人，都欢迎加入我们的的圈子（技术交流、学习资源、职场吐槽、大厂内推、面试辅导），让我们一起学习成长！

  1. 进行药代动力学分析

此 Dash 应用程序旨在允许进行药代动力学研究的人员输入数据（手动或通过复制粘贴）。 然后显示浓度 - 时间曲线以及用 Python 计算的各种参数表。

程序地址：

https://dash-bio.plotly.host/dash-pk-calc/

Python 代码地址：

https://github.com/plotly/dash-sample-apps/blob/master/apps/dash-pk-calc/app.py

使用自定义的Dash应用程序简化了pk分析

  1. 可视化FASTA数据

有许多非常好的、交互式的多序列比对（MSA）工具。 我们从这 3 个中获取灵感：

MATLAB 的 seqalignviewer

https://www.mathworks.com/help/bioinfo/ref/seqalignviewer.html

Seb Wilzbach’s JavaScript MSA ：

https://msa.biojs.net/

Jalview：

http://www.jalview.org/

对于 Dash MSA Viewer，我们使用 WebGL 在浏览器中实现超快的交互式性能。 由于 Dash MSA Viewer 是 Dash 组件，因此您只需要知道 Python 即可使用它。 下面的 Dash 应用程序从 Python 中读取 FASTA 文件中的序列数据，然后使用 Dash MSA 查看器绘制数据。

Dash 应用程序：

https://dash-bio.plotly.host/dash-alignment-viewer/

Python 代码：

https://github.com/plotly/dash-bio/blob/master/tests/dashbio_demos/app_alignment_viewer.py

使用 Dash MSA Viewer 以交互方式可视化 FASTA 数据

  1. 突出基因组相似性

Circos 图通常用于比较基因组学。 在下面的 Dash 应用程序中，21 个染色体以圆圈绘制，并且它们的基因组区域之间的关系与线或带相关联。 根据circos.ca[http://circos.ca/guide/genomic/img/circos-conservation.png]，可以定义这些关系：

[基因组]位置之间的关系可以反映任何类型的对应关系。 例如，它可以根据相似性（序列或蛋白质）或类别（功能或结构）来定义

由于 Dash Circos 是一个 Dash 组件，它会在 Web 浏览器中显示，而您只需要知道 Python 即可使用它构建应用程序。

Dash 程序地址：

https://dash-bio.plotly.host/dash-circos/

Python 代码：

https://github.com/plotly/dash-bio/blob/master/tests/dashbio_demos/app_circos.py

使用 Dash Circos 突出基因组相似性

  1. 可视化微阵列结果

集群图是具有树形图的热图，其可视化分层数据聚类。 它们通常与微阵列数据一起使用。 Dash Clustergram 响应单击、悬停和缩放事件。 使用 Dash Clustergram 创建应用程序，你只需要了解 Python 即可。

Dash程序：

https://dash-bio.plotly.host/dash-clustergram/

Python 代码：

https://github.com/plotly/dash-bio/blob/master/tests/dashbio_demos/app_clustergram.py

使用 Dash Clustergram 可视化微阵列结果

  1. 搜索和选择序列

Dash 序列查看器简化了序列搜索和选择的UI。 该组件的核心是瑞士生物信息学研究所最初开发的 JavaScript 库。 我们为 Dash 重新设计了它，以便它可以在 Python 中轻松使用。

Dash应用程序：

https://dash-bio.plotly.host/dash-sequence-viewer/

Python 代码：

https://github.com/plotly/dash-bio/blob/master/tests/dashbio_demos/appsequence_viewer.py

使用 Dash Sequence Viewer 搜索和选择生物序列

  1. 3d 分子的环境遮挡

这个 3d 分子查看器使用 WebGL 和 环境遮挡来提供更好的深度感知。 最初的 JavaScript库 -Speck- 由 Rye Terrell 开发。 我们为 Dash 重新设计了这个库，使构建分析应用程序的 Python 用户可以访问它。

应用程序：

https://dash-bio.plotly.host/dash-speck/

代码：

https://github.com/plotly/dash-bio/blob/master/tests/dashbio_demos/app_speck.py

Dash Speck 显示的比较优美的交互式 3D 分子

  1. 使用 Dash Ideogram 可视化染色体

Dash Ideogram 的核心是 Broad Institute 开发的 JavaScript 库。 我们将它重新设计为 Dash 组件，以便科学计算的 Python 开发人员可以轻松访问它。

应用程序：

https://dash-bio.plotly.host/dash-ideogram/

代码：

https://github.com/plotly/dash-bio/blob/master/tests/dashbio_*demos/app_*ideogram.py

在 Dash 应用程序中嵌入交互式染色体可视化

  1. 可视化基因突变

交互式针线图现在可以在 Python 中轻松组合并嵌入到 Dash 应用程序中。 这个 Dash 组件的设计灵感来自 Barcelona Biomedical Genomics Lab 的 JavaScript 库 “muts-needle-plot” 。

应用程序：

https://dash-bio.plotly.host/dash-needle-plot/

Python代码：

https://github.com/plotly/dash-bio/blob/master/tests/dashbio_demos/app_needle_plot.py

  1. 测量和注释医学图像

成像和图像分析是生命科学研究的基础。 Dash Canvas 允许您以交互方式注释医学图像，并根据用户与图像的交互运行 Python 程序。 此 Dash 应用程序显示如何使用 Dash Canvas 和 Python 计算 X射线 图像上的距离。

应用程序：

https://dash-canvas.plotly.host/measure-length/

Python 代码：

https://github.com/plotly/canvas-portal/blob/master/apps/measure-length/app.py

Dash Canvas：

学好 Python 不论是就业还是做副业赚钱都不错，但要学会 Python 还是要有一个学习规划。最后大家分享一份全套的 Python 学习资料，给那些想学习 Python 的小伙伴们一点帮助！

一、Python所有方向的学习路线

Python所有方向路线就是把Python常用的技术点做整理，形成各个领域的知识点汇总，它的用处就在于，你可以按照上面的知识点去找对应的学习资源，保证自己学得较为全面。

二、学习软件

工欲善其事必先利其器。学习Python常用的开发软件都在这里了，给大家节省了很多时间。

三、全套PDF电子书

书籍的好处就在于权威和体系健全，刚开始学习的时候你可以只看视频或者听某个人讲课，但等你学完之后，你觉得你掌握了，这时候建议还是得去看一下书籍，看权威技术书籍也是每个程序员必经之路。

四、入门学习视频

我们在看视频学习的时候，不能光动眼动脑不动手，比较科学的学习方法是在理解之后运用它们，这时候练手项目就很适合了。

五、实战案例

光学理论是没用的，要学会跟着一起敲，要动手实操，才能将自己的所学运用到实际当中去，这时候可以搞点实战案例来学习。

六、面试资料

我们学习Python必然是为了找到高薪的工作，下面这些面试题是来自阿里、腾讯、字节等一线互联网大厂最新的面试资料，并且有阿里大佬给出了权威的解答，刷完这一套面试资料相信大家都能找到满意的工作。

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需要这份系统化学习资料的朋友，可以戳这里获取

一个人可以走的很快，但一群人才能走的更远！不论你是正从事IT行业的老鸟或是对IT行业感兴趣的新人，都欢迎加入我们的的圈子（技术交流、学习资源、职场吐槽、大厂内推、面试辅导），让我们一起学习成长！

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我们学习Python必然是为了找到高薪的工作，下面这些面试题是来自阿里、腾讯、字节等一线互联网大厂最新的面试资料，并且有阿里大佬给出了权威的解答，刷完这一套面试资料相信大家都能找到满意的工作。Python所有方向的技术点做的整理，形成各个领域的知识点汇总，它的用处就在于，你可以按照上面的知识点去找对应的学习资源，保证自己学得较为全面。└─README.md ------------------ 项目说明文档。└─run.py --------------------- 项目启动入口。
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