HiOmics云平台 | 零代码转录组在线分析工具，零基础生信小白的福音！！

工具链接：https://www.henbio.com/tools

转录组测序（RNA-seq）是生命科学研究中一项广泛应用的技术，它在众多生命科学领域都发挥了重要作用。转录组学研究能够为基因组学提供关键的功能信息补充，并且为揭示生物学系统的基本原理打开了一扇窗口。

为了帮助那些没有任何编程基础的用户轻松进行转录组数据分析，HiOmics云平台推出了转录组一键式分析工具。用户可以利用二代双末端原始测序数据（fastq文件），通过该工具完成质量控制、样本相关性分析、主成分分析（PCA）、基因表达量测定、基因表达差异分析以及转录组KEGG/GO/GSEA富集分析等一系列流程。用户只需在网页上进行简单的鼠标点击操作，经过5个步骤，就能以最高效的方式、最低的成本完成转录组数据分析。

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进入【云分析流程化】→【转录组分析】

第一步：转录组质控和定量分析

数据准备

按照以下格式输入包含样本和数据文件信息的表格，共有四列：

1）第一列：样本名称（SampleId）。

2）第二列：双端测序的第一个文件名称（Read1），文件通常以R1.fq.gz或1.fastq.gz等结尾。

3）第三列：双端测序的第二个文件名（Read2），文件通常以R2.fq.gz或2.fastq.gz等结尾。

4）第四列：样本分组名称（Group）。

用户可以先在Excel中整理这些信息，然后使用复制（Ctrl+C）和粘贴（Ctrl+V）操作将数据输入到网页的表格输入框中。

数据上传

数据文件所在目录：选择样本描述文件中的Read1、Read2对应的测序文件所在的目录。在分析前，应先把需要分析的数据文件上传到平台特定目录，确保所有需要一起分析的文件位于同一个目录里面。

选择样本物种→点击【运行】，服务器运算后输出hisat2比对+featureCounts定量流程等结果文件，其中的rna_quantify_result.tar.gz文件要用作为下一步分析的输入数据文件。

输出结果为质量控制、参考基因组比对、样本相关性分析、主成分分析（PCA）以及基因表达量测定、基因表达矩阵。

第二步：转录组基因表达差异分析

点击【转录组基因表达差异分析】→选择上一步【转录组质控和定量分析】后得到的rna_quantify_result.tar.gz文件→设置【样本分组比较方案】【差异倍数】【差异显著性统计方法】【显著性阈值】等参数→点击【运行】

输出结果为差异基因绘制的热图、火山图，以及名为04.DiffGenesAnalysis.tar.gz压缩包文件，作为下一步富集分析的输入数据文件。

第三步：转录组KEGG富集分析

点击【转录组KEGG富集分析】→选择上一步【转录组基因表达差异分析】后得到的04.DiffGenesAnalysis.tar.gz文件→设置【样本分组比较方案】【物种名称】【显著性统计方法】【差异显著性统计方法】【显著性阈值】等参数→点击【运行】

输出结果为KEGG富集分析结果表、柱形图、散点图、通路示意图

第四步：转录组GO富集分析

点击【转录组GO富集分析】→选择第二步【转录组基因表达差异分析】后得到的04.DiffGenesAnalysis.tar.gz文件→设置【样本分组比较方案】【物种名称】【显著性统计方法】【差异显著性统计方法】【显著性阈值】等参数→点击【运行】

输出结果为GO富集分析结果表、柱形图、散点图、气泡图

第五步：转录组GSEA分析

点击【转录组GSEA富集分析】→选择第二步【转录组基因表达差异分析】后得到的04.DiffGenesAnalysis.tar.gz文件→设置【样本分组比较方案】【物种名称】等参数→点击【运行】

输出结果为GSEA富集分析结果表、点图、分析图

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