生信小虫-CSDN博客

原创电子烟和传统香烟对人体的不同影响并分析它们停止使用后的变并化与生信

研究使用多组学方法，包括代谢组学、转录组学、DNA甲基化组学、蛋白质组学和脂质组学，深入分析了各组间的分子差异。此外，前吸烟者和电子烟用户表现出一种介于不吸烟者和吸烟者之间的中间分子特征。然而，一些电子烟用户和前吸烟者的生物标记物暴露水平显示出双重使用(同时使用传统烟草和电子烟)的可能性。这项研究验证了深入的生物体暴露特征描述对理解吸烟和电子烟的健康风险减缓的必要性，为未来的烟草危害减少研究提供了有价值的参考。研究发现，使用电子烟和放弃吸烟的个体的分子变化与他们的实际暴露情况相关。

2024-11-28 17:57:53 270

原创通过粪便微生物移植（FMT）来治疗早期断奶羔羊腹泻的多组学机制与生信

此外，双歧杆菌的丰度与腹泻指数量存在显著负相关。在现代密集化饲养系统中，羔羊的消化系统发展不完全，导致其对传染病的抵抗力较弱，因而易受应激影响，易感染细菌，以致发生腹泻，甚至带来高死亡率和可观的经济损失。此外，FMT组和健康对照组的血清炎症因子（如IL-1β、TNF-α和IL-6）显著降低，展示了健康粪便细菌对腹泻羔羊炎症标记物的不良影响。通过16S rRNA基因测序和代谢组学分析，研究发现FMT显著改变了羔羊肠道微生物结构，并影响了肠道中优势菌门的丰度，例如厚壁菌门、放线菌门、变形菌门和拟杆菌门。

2024-11-28 17:56:08 410

原创化学暴露组研究：通过全面的化学环境暴露检测及生物反应分析与生信

化学暴露组研究旨在通过全面的化学环境暴露检测及生物反应分析，来揭示这些暴露与人类健康之间的关系。质谱分析技术，因其高灵敏度和高分辨率的特点，适用于对暴露组的多组学研究。文章综述了当前质谱在暴露组测量中的应用，包括代谢组学、蛋白质组学及质谱成像技术。低分辨率质谱（LRMS）常用于靶向分析，但其能力受限于化学物质的已知特征，高分辨率质谱（HRMS）则提供了更好的分辨率和灵敏性，适用于可疑和未知筛查。通过质谱技术，研究人员可以更好地理解暴露与健康结果的关联，帮助揭示由化学暴露引起的疾病的病因。

2024-11-28 17:55:12 352

原创 “transomics2cytoscape“：一个用于自动化和可解释的2.5维跨分子组网络可视化的R Bioconductor包

当前跨分子组分析需要复杂的视觉化方式来显示多个组学数据的相互关系，一般依赖于耗时的人工工作。本文介绍的软件能载入路径图数据库中的图层，并以堆栈的方式在三维空间呈现，连接不同组学层中的调控路径，使得用户可以从传统路线路线上解读多样的组学数据。通过自动化工作流程，不仅提升了图形的再现性，也避免了手动作图中的人力依赖。首先是关于急性胰岛素作用在大鼠肝癌细胞中的跨分子组网络。该软件源代码可在GitHub上获取，并被认为在显示多层次生物化学网络上具备良好潜力和兼容性，适用于多组学数据的研究。

2024-11-28 17:54:18 217

原创结直肠癌（CRC）患者肠道微生物组、宿主基因组及转录组之间的关系与生信

在这项研究中，作者进行了多组学分析，以探讨结直肠癌（CRC）患者肠道微生物组、宿主基因组及转录组之间的关系。该研究采集了41名CRC患者的粪便样本和匹配的肿瘤和正常粘膜组织，利用多组学技术进行深度分析。结果显示，22种与CRC相关的肠道微生物被鉴定，其中一些物种与具有显著突变的基因如TP53、APC、KRAS和SMAD4有关。此外，研究分析了细菌与癌症临床表现之间的相互作用，以及功能基因与不同丰度物种的关联，揭示了微生物与肿瘤基因表达间的复杂关系。

2024-11-28 17:53:13 265

原创 Scbean：一个专为单细胞多组学数据分析设计的Python库

其模型利用Tensorflow的GPU加速能力能轻松处理数百万细胞的数据。此外，Scbean提供详细的使用说明和教程，支持研究者更易于上手，并计划继续开发更稳健的多组学数据分析工具，帮助生物研究者更加高效而准确地解决生物学问题。单细胞多组学技术的快速发展为研究生物学的基本问题提供了宝贵资源，但多组学数据的特性，如高维性、稀疏性和固有噪声，增加了计算挑战。总之，Scbean是一个强大的单细胞数据分析和整合工具，支持GPU加速，兼容现有工具，并通过详细的教程协助用户洞察单细胞数据的复杂性。

2024-11-28 17:52:16 338

原创人肾近曲小管上皮细胞在受伤后的修复能力和部分细胞未能如常修复而转变为促进炎症和纤维化的表型现象与生信

为了实现这一目标，作者开发了一种正则化回归方法，结合多组学数据构建基因调控网络，特别是在健康到修复失败状态的转变过程中，识别出重要的调控元素。分析表明，failed repair proximal tubule (FR-PT)状态的细胞可能在未完全修复的慢性肾病和年龄或糖尿病肾病中积累，并揭示了相关转录因子和调控元件的网络。了解肾脏病理的分子机制可能指向新的治疗手段。总的来说，这项研究通过多组学数据和创新的计算方法，为识别肾脏疾病修复失败的重要因子提供了新途径并为疾病靶向治疗铺平了道路。

2024-11-28 17:51:28 400

原创脂肪肝（steatotic liver）供体在肝脏移植（LT）与生信

结果表明，高脂肪供体移植组表现出较差的肝功能，包括更高的细胞凋亡水平和血清转氨酶水平。通过蛋白质组学分析，研究发现脂肪酸结合蛋白4（FABP4）是一个诱导缺氧的蛋白，它增加了脂肪肝供体对IR损伤的敏感性。研究中，作者建立了小鼠肝移植模型，并进行4D无标记定量蛋白组学分析，筛选出加重脂肪肝移植损伤的分子靶点。但是，脂肪肝供体对缺血-再灌注（IR）损伤更为敏感，从而导致移植后的预后不佳。总之，研究确认FABP4是一个能加重脂肪肝IRI的重要蛋白，FABP4的抑制剂可能成为脂肪肝移植损伤的重要治疗靶点。

2024-11-28 17:50:25 251

原创大脑血脑屏障（BBB）的分子基础与生信

在这项研究中，研究者们首先从成年小鼠脑组织中获取大脑内皮细胞，进行了详细的转录组、蛋白质组和表观基因组分析，并且通过单细胞RNA测序，解剖了脑内皮细胞的功能异质性。研究团队还在正常的小鼠和人脑组织中验证了这些富集蛋白质和转录因子的表达，并评估了在患有阿尔茨海默病的小鼠中这些表达的变化。血脑屏障在维持脑健康与疾病防控中至关重要。Yu及其团队通过整合多组学分析，生成了成年小鼠大脑内皮细胞的详尽分子图谱，并在正常小鼠和人脑组织中验证了其发现，探索了其在阿尔茨海默病小鼠中可能的相关性。

2024-11-28 17:47:07 346

原创抗生素引发的肠道菌群失调可能在神经精神疾病的发病机制中起到病因性作用与生信

本研究旨在评估抗生素引起的肠道菌群失调是否会在常用于研究社交性和压力反应的非人类灵长类模型——普通狨猴——中引发与肠脑轴相关的代谢物和行为变化。独特的是，后期抗生素处理导致肠道中的梭菌属增加，这在至今的啮齿动物和人类研究中尚未观察到。本研究填补了非人类灵长类模型在抗生素诱导的肠道菌群失调与行为变化因果关系研究上的空白。此外，抗生素处理后狨猴的肠道代谢物中几种神经递质（如GABA和5-羟色胺）及在啮齿动物中被认为是肠脑轴交流的调节因子的短链脂肪酸和胆汁酸的浓度发生显著变化。

2024-11-28 17:46:09 545

原创多组学分析揭示了微生物群在鸡体内对脂肪和肌肉合成的调控与生信

转录组分析发现，涉及肌肉形成的基因在特定病原自由鸡中高表达，而在无菌鸡中低表达，表明无菌鸡的肌肉发育能力较弱。而涉及脂肪合成的基因在无菌鸡中表现出较高的表达水平，表明无菌鸡的脂肪合成能力更强。代谢组分析则显示，无菌鸡和特定病原自由鸡在62种差异代谢物方面存在显著差异，且部分代谢物与脂质代谢和肌肉发育相关的基因呈正相关。这项研究通过多组学方法全面揭示了鸡体内肠道微生物群对脂肪和肌肉合成的影响，为利用微生物调控家禽肌肉和脂肪发育提供了科学依据。

2024-11-28 17:44:47 230

原创肥胖：2型糖尿病、冠心病及癌症与生信

利用秀丽隐杆线虫和高脂饮食小鼠模型，研究发现F. venenatum能延长秀丽隐杆线虫的寿命，改善免疫反应，并通过下调脂肪合成相关基因减少脂质代谢。此外，粪便代谢组学分析显示，F. venenatum组粪便中初级胆汁酸和胆固醇排泄量增加，这可能与脂质消化减少和肝脏脂肪积累减少有关。此外，实验结果表明，在F. venenatum作用下，脂肪合成通路显著下调，而脂肪分解通路显著上调。通过这些机制，F. venenatum可能作为一种可持续的替代蛋白质，具有抗肥胖补充剂的应用潜力。

2024-11-28 17:43:44 220

原创晚发性阿尔茨海默病(AD)与生信

晚发性阿尔茨海默病(AD)是全球主要的痴呆症病因，预计到2050年将影响超过1.5亿人。早期诊断，对于提供治疗窗口以进行疾病修改干预至关重要，而常规的临床诊断面临困难，因而新兴的血液生物标志物成为关注焦点。这篇综述文章讨论了最新的多组学血液生物标志物研究进展及其应用于AD风险评估的潜力。血液生物标志物包括基因组、蛋白质组和代谢组的分析，提供了对个体在疾病发展全过程中的风险动态评估。利用全基因组关联研究（GWAS）所生成的多基因风险评分（PRS）可以帮助分类个体的遗传风险状况。这种分析能够揭示与AD相关的

2024-11-28 17:42:42 659

原创离子迁移质谱 (IM-MS) ：一种快速的气相分离技术与生信

然而，不同的 IM 装置对此转换方法不一，尤其是波动迁移（TWIM）设备，其需要校准过程以获得 CCS 值，这个过程如果校准物质与分析物结构不相似，可能产生偏差。在多组学混合物中，需要多种校准物质以获得最精确的 CCS 值。MOCCal 校准每个实验到达时间，使用三种特定类别的校准曲线，通过校准值与趋势线的差异（Å²），选择最佳校准曲线。实验中，MOCCal 使用提供的多种校准标准生成参数化的校准曲线，处理复杂生物样品例如 NIST SRM1950 的提取物，并总结其在实验准确性和数据校准中显著的优势。

2024-11-28 17:41:52 960

原创 omicSynth：一个旨在使用多组学数据来识别神经退行性疾病（NDDs）的潜在药物靶点的开放资源

然而，目前可供患者使用的疾病修饰疗法仍然稀缺。通过Mendelian随机化方法，该研究鉴定了多种NDDs（包括阿尔茨海默病、渐冻人症、路易体痴呆、帕金森病以及进行性核上麻痹）相关的基因靶点，并通过多层次测试修正确认了若干个基因的潜在药物靶点。研究中，作者使用了广泛的组学数据集，包括基因、蛋白质、染色质和甲基化QTL数据，并使用全国范围内的基因组关联研究（GWAS）来识别风险基因。通过omicSynth，研究者们希望能够提供一个创新性的平台，帮助加速药物开发和重新用途的研究，特别是在那些证据不足的领域。

2024-11-28 17:41:05 235