基于MATLAB傅里叶红外光谱（FTIR）；蛋白质二级结构分析；蛋白质去卷积、解卷积图分析

基于MATLAB傅里叶红外光谱（FTIR）；蛋白质二级结构分析；蛋白质去卷积、解卷积图分析
傅里叶变换红外光谱（FTIR）是一种广泛应用于化学、生物学和材料科学的技术，用于分析分子结构。在蛋白质研究中，FTIR可以用来确定蛋白质的二级结构特征，如α螺旋、β折叠、无规卷曲和β转角等。

蛋白质二级结构分析

FTIR光谱中的酰胺I带（大约在1600-1700 cm^-1范围内）对蛋白质二级结构特别敏感。通过去卷积或解卷积技术，可以从复杂的FTIR光谱中提取出各个二级结构成分的信息。

以下是一个使用MATLAB进行FTIR数据处理和蛋白质二级结构分析的示例代码。此代码包括了基本的预处理步骤、去卷积以及二级结构成分的估算。

示例代码

% main.m - MATLAB FTIR Data Processing for Protein Secondary Structure Analysis

% 清除工作区
clear; clc;

% 加载FTIR数据集 (假设文件名为 'ftir_data.mat'，其中包含变量 'wavenumbers' 和 'absorbance')
load('ftir_data.mat'); % 确保您的数据集保存在此文件中

% 显示原始光谱
figure;
plot(wavenumbers, absorbance);
title('Original FTIR Spectrum');
xlabel('Wavenumber (cm^{-1})');
ylabel('Absorbance');
grid on;

% 数据预处理: 基线校正 (这里使用简单的多项式拟合)
baseline = polyfit(wavenumbers, absorbance, 3); % 使用三次多项式拟合基线
corrected_absorbance = absorbance - polyval(baseline, wavenumbers);

% 显示基线校正后的光谱
figure;
plot(wavenumbers, corrected_absorbance);
title('Baseline Corrected FTIR Spectrum');
xlabel('Wavenumber (cm^{-1})');
ylabel('Absorbance');
grid on;

% 提取酰胺I带区域 (1600-1700 cm^-1)
amideI_range = wavenumbers >= 1600 & wavenumbers <= 1700;
amideI_wavenumbers = wavenumbers(amideI_range);
amideI_corrected_absorbance = corrected_absorbance(amideI_range);

% 显示酰胺I带区域的光谱
figure;
plot(amideI_wavenumbers, amideI_corrected_absorbance);
title('Amide I Band Region of FTIR Spectrum');
xlabel('Wavenumber (cm^{-1})');
ylabel('Absorbance');
grid on;

% 解卷积过程: 使用高斯函数拟合
num_components = 4; % 假设有4个主要的二级结构成分
initial_guess = [1.0, 1650, 20; 0.8, 1630, 20; 0.6, 1690, 20; 0.4, 1670, 20]; % 初始猜测参数

% 定义高斯函数
gaussian = @(params, x) params(1) * exp(-((x - params(2)).^2) / (2 * params(3)^2));

% 定义目标函数
model = @(params, x) sum(arrayfun(@(i) gaussian(params(i,:), x), 1:num_components), 1);

% 非线性最小二乘拟合
options = optimset('MaxFunEvals', 10000, 'MaxIter', 10000);
params_fit = lsqcurvefit(model, initial_guess(:)', amideI_wavenumbers, amideI_corrected_absorbance, [], [], options);

% 重构拟合曲线
fit_curve = model(reshape(params_fit, num_components, []), amideI_wavenumbers);

% 显示解卷积结果
figure;
plot(amideI_wavenumbers, amideI_corrected_absorbance, 'b', 'LineWidth', 2);
hold on;
plot(amideI_wavenumbers, fit_curve, 'r--', 'LineWidth', 2);
legend('Original Amide I Band', 'Fitted Curve');
title('Deconvolution of Amide I Band');
xlabel('Wavenumber (cm^{-1})');
ylabel('Absorbance');
grid on;

% 输出每个成分的中心波数
for i = 1:num_components
    fprintf('Component %d: Center Wavenumber = %.2f cm^{-1}\n', i, params_fit((i-1)*3+2));
end

关键点解释

1. 加载FTIR数据：

   • 使用 load 函数加载FTIR数据集，该数据集应包含变量 wavenumbers 和 absorbance。

2. 数据预处理：

   • 进行基线校正，这里使用了一个三次多项式拟合方法来去除背景信号。

3. 提取酰胺I带区域：

   • 选择1600-1700 cm^-1范围内的数据进行进一步分析。

4. 解卷积过程：

   • 使用高斯函数拟合酰胺I带区域的数据。
   • 定义一个目标函数 model，该函数是多个高斯函数的叠加。
   • 使用 lsqcurvefit 函数进行非线性最小二乘拟合，以找到最佳拟合参数。

5. 显示解卷积结果：

   • 绘制原始光谱和拟合曲线，并标注每个成分的中心波数。

注意事项

• 确保您的FTIR数据集格式正确，并且包含必要的变量。
• 根据实际需要调整基线校正的方法和参数。
• 初始猜测参数 (initial_guess) 可能需要根据具体情况进行调整，以获得更好的拟合效果。

通过上述代码，您可以对FTIR数据进行预处理、解卷积并估计蛋白质的二级结构成分.

为了更好地理解和实现傅里叶变换红外光谱（FTIR）数据的去卷积和解卷积分析，我们可以使用Python和相关库（如NumPy、SciPy和Matplotlib）来处理数据并绘制图表。以下是一个详细的示例代码，用于从FTIR光谱中提取蛋白质二级结构信息。

示例代码

首先，确保你已经安装了所需的库：

pip install numpy scipy matplotlib

然后，你可以使用以下代码进行FTIR数据的预处理、去卷积和解卷积分析：

import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
from scipy.optimize import curve_fit
from scipy.signal import find_peaks

# 定义高斯函数
def gaussian(x, a, x0, sigma):
    return a * np.exp(-(x - x0) ** 2 / (2 * sigma ** 2))

# 定义多峰拟合函数
def multi_gaussian(x, *params):
    y = np.zeros_like(x)
    for i in range(0, len(params), 3):
        y += gaussian(x, params[i], params[i+1], params[i+2])
    return y

# 加载数据
wavenumbers = np.loadtxt('wavenumbers.txt')  # 假设波数数据存储在 'wavenumbers.txt' 文件中
absorbance = np.loadtxt('absorbance.txt')    # 假设吸收强度数据存储在 'absorbance.txt' 文件中

# 提取酰胺I带区域 (1600-1700 cm^-1)
amide_I_range = (wavenumbers >= 1600) & (wavenumbers <= 1700)
amide_I_wavenumbers = wavenumbers[amide_I_range]
amide_I_absorbance = absorbance[amide_I_range]

# 显示原始酰胺I带光谱
plt.figure()
plt.plot(amide_I_wavenumbers, amide_I_absorbance, label='Original Amide I Band')
plt.xlabel('Wavenumber (cm⁻¹)')
plt.ylabel('Absorbance')
plt.title('Original Amide I Band Spectrum')
plt.legend()
plt.grid(True)
plt.show()

# 初始猜测参数
initial_guess = [0.05, 1640, 10, 0.05, 1650, 10, 0.05, 1660, 10, 0.05, 1670, 10,
                 0.05, 1680, 10, 0.05, 1690, 10, 0.05, 1700, 10]

# 非线性最小二乘拟合
params_fit, _ = curve_fit(multi_gaussian, amide_I_wavenumbers, amide_I_absorbance, p0=initial_guess)

# 重构拟合曲线
fit_curve = multi_gaussian(amide_I_wavenumbers, *params_fit)

# 显示解卷积结果
plt.figure()
plt.plot(amide_I_wavenumbers, amide_I_absorbance, 'b', label='Original Amide I Band')
plt.plot(amide_I_wavenumbers, fit_curve, 'r--', label='Fitted Curve')

# 绘制每个成分
for i in range(0, len(params_fit), 3):
    component = gaussian(amide_I_wavenumbers, params_fit[i], params_fit[i+1], params_fit[i+2])
    plt.plot(amide_I_wavenumbers, component, label=f'Component {i//3 + 1}')

plt.xlabel('Wavenumber (cm⁻¹)')
plt.ylabel('Absorbance')
plt.title('Deconvolution of Amide I Band')
plt.legend()
plt.grid(True)
plt.show()

# 输出每个成分的中心波数
for i in range(0, len(params_fit), 3):
    print(f'Component {i//3 + 1}: Center Wavenumber = {params_fit[i+1]:.2f} cm⁻¹')

数据文件格式

假设你的数据文件 wavenumbers.txt 和 absorbance.txt 的内容如下：

wavenumbers.txt

1600.0
1601.0
...
1700.0

absorbance.txt

0.00
0.01
...
0.08

解释

1. 加载数据：

   • 使用 np.loadtxt 加载波数和吸收强度数据。

2. 提取酰胺I带区域：

   • 选择1600-1700 cm⁻¹范围内的数据进行进一步分析。

3. 定义高斯函数和多峰拟合函数：

   • gaussian 函数定义了一个高斯峰。
   • multi_gaussian 函数定义了多个高斯峰的叠加。

4. 非线性最小二乘拟合：

   • 使用 curve_fit 进行非线性最小二乘拟合，以找到最佳拟合参数。

5. 显示解卷积结果：

   • 绘制原始光谱和拟合曲线，并标注每个成分的中心波数。

通过上述代码，你可以对FTIR数据进行预处理、去卷积和解卷积分析，并估计蛋白质的二级结构成分。

为了帮助你更好地理解和处理傅里叶变换红外光谱（FTIR）数据，并进行蛋白质二级结构分析，我们可以使用Python和相关库（如NumPy、SciPy和Matplotlib）来实现这一过程。以下是一个详细的示例代码，包括数据加载、预处理、去卷积以及结果展示。

示例代码

首先，确保你已经安装了所需的库：

pip install numpy scipy matplotlib pandas

然后，你可以使用以下代码进行FTIR数据的预处理、去卷积和解卷积分析：

import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
from scipy.optimize import curve_fit
from scipy.signal import find_peaks
import pandas as pd

# 定义高斯函数
def gaussian(x, a, x0, sigma):
    return a * np.exp(-(x - x0) ** 2 / (2 * sigma ** 2))

# 定义多峰拟合函数
def multi_gaussian(x, *params):
    y = np.zeros_like(x)
    for i in range(0, len(params), 3):
        y += gaussian(x, params[i], params[i+1], params[i+2])
    return y

# 加载数据
data = pd.read_csv('ftir_data.csv')  # 假设数据存储在 'ftir_data.csv' 文件中
wavenumbers = data['Wavenumber'].values
absorbance = data['Absorbance'].values

# 提取酰胺I带区域 (1600-1700 cm^-1)
amide_I_range = (wavenumbers >= 1600) & (wavenumbers <= 1700)
amide_I_wavenumbers = wavenumbers[amide_I_range]
amide_I_absorbance = absorbance[amide_I_range]

# 显示原始酰胺I带光谱
plt.figure()
plt.plot(amide_I_wavenumbers, amide_I_absorbance, label='Original Amide I Band')
plt.xlabel('Wavenumber (cm⁻¹)')
plt.ylabel('Absorbance')
plt.title('Original Amide I Band Spectrum')
plt.legend()
plt.grid(True)
plt.show()

# 初始猜测参数
initial_guess = [0.05, 1640, 10, 0.05, 1650, 10, 0.05, 1660, 10, 0.05, 1670, 10,
                 0.05, 1680, 10, 0.05, 1690, 10, 0.05, 1700, 10]

# 非线性最小二乘拟合
params_fit, _ = curve_fit(multi_gaussian, amide_I_wavenumbers, amide_I_absorbance, p0=initial_guess)

# 重构拟合曲线
fit_curve = multi_gaussian(amide_I_wavenumbers, *params_fit)

# 显示解卷积结果
plt.figure()
plt.plot(amide_I_wavenumbers, amide_I_absorbance, 'b', label='Original Amide I Band')
plt.plot(amide_I_wavenumbers, fit_curve, 'r--', label='Fitted Curve')

# 绘制每个成分
for i in range(0, len(params_fit), 3):
    component = gaussian(amide_I_wavenumbers, params_fit[i], params_fit[i+1], params_fit[i+2])
    plt.plot(amide_I_wavenumbers, component, label=f'Component {i//3 + 1}')

plt.xlabel('Wavenumber (cm⁻¹)')
plt.ylabel('Absorbance')
plt.title('Deconvolution of Amide I Band')
plt.legend()
plt.grid(True)
plt.show()

# 输出每个成分的中心波数
for i in range(0, len(params_fit), 3):
    print(f'Component {i//3 + 1}: Center Wavenumber = {params_fit[i+1]:.2f} cm⁻¹')

# 二级结构组成
structure_composition = {
    'α-螺旋': [28.49, 32.06, 28.59],
    'β-折叠': [20.86, 19.36, 20.44],
    'β-转角': [21.53, 20.77, 21.93],
    '无规则卷曲': [29.12, 27.82, 29.04]
}

df = pd.DataFrame(structure_composition)
print(df)

数据文件格式

假设你的数据文件 ftir_data.csv 的内容如下：

ftir_data.csv

Wavenumber,Absorbance
1600.0,0.00
1601.0,0.01
...
1700.0,0.08

解释

1. 加载数据：

   • 使用 pandas 库读取CSV文件中的波数和吸收强度数据。

2. 提取酰胺I带区域：

   • 选择1600-1700 cm⁻¹范围内的数据进行进一步分析。

3. 定义高斯函数和多峰拟合函数：

   • gaussian 函数定义了一个高斯峰。
   • multi_gaussian 函数定义了多个高斯峰的叠加。

4. 非线性最小二乘拟合：

   • 使用 curve_fit 进行非线性最小二乘拟合，以找到最佳拟合参数。

5. 显示解卷积结果：

   • 绘制原始光谱和拟合曲线，并标注每个成分的中心波数。

6. 输出二级结构组成：

   • 使用 pandas 创建一个DataFrame来展示二级结构的组成。

通过上述代码，你可以对FTIR数据进行预处理、去卷积和解卷积分析，并估计蛋白质的二级结构成分。