附件：Easyseq源码（[0]filter）

#!/usr/bin/perl
use Bio::SeqIO;
use Bio::Seq;
use Tie::File;
use Cwd;
$location_dir=getcwd;
    $location_dir=~s/\//\\/;
    @file = glob("$location_dir\\*.filter");
    foreach $file(@file){
    open(DATA,"<$file") or die "Can't open $file";
    @list = <DATA>;
    foreach $list (@list){
    @list_elm=split(" ",$list);
    if($list_elm[0]=~/Seq_N/){
      $Seq_N=$list_elm[1];
    }
    if($list_elm[0]=~/Seq_min_length/){
      $Seq_min_length=$list_elm[1];
    }
    if($list_elm[0]=~/Seq_max_length/){
      $Seq_max_length=$list_elm[1];
    }
    }
    close DATA;
    }
    $location_dir=getcwd;
    $location_dir=~s/\//\\/;
    @file = glob("$location_dir\\database\\*.fa");
      $dirpath="$location_dir\\filtered";
    mkdir ($dirpath); 
foreach $file(@file){
    $fa=Bio::SeqIO->new(-file=>$file,-format=>'fasta');
    print " successful import $file\n";
 while($seq_obj=$fa->next_seq){
    $id=$seq_obj->id;
    $seq=$seq_obj->seq;
    $length=$seq_obj->length;
    $seq_length=@seq;
    $desc=$seq_obj->desc;
    $seqs=$seq;
    $N_count=$seq=~s/N//i;
    $N_ratio=$N_count/$length;

    if($N_ratio<=$Seq_N){
    if($Seq_min_length<=$length){
    if($length<=$Seq_max_length){
    open WH, ">>$dirpath\\database.filtered";
    print WH ">$id $seq_desc\n";
    print WH "$seq\n";
    close WH;  
    }   
    }
    }

 }
}