附件：Easyseq源码（[6]cut）

#!/usr/bin/perl
use Bio::SeqIO;
use Bio::Seq;
use Tie::File;
use Cwd;
$location_dir=getcwd;
    $location_dir=~s/\//\\/;
    @file = glob("$location_dir\\*.filter");
    foreach $file(@file){
    open(DATA,"<$file") or die "Can't open $file";
    @list = <DATA>;
    foreach $list (@list){
    @list_elm=split(" ",$list);
    if($list_elm[0]=~/location_start/){
      $location_start=$list_elm[1];
    }
    if($list_elm[0]=~/location_end/){
      $location_end=$list_elm[1];
    }
    }
    close DATA;
    }
    $location_dir=getcwd;
    $location_dir=~s/\//\\/;
    @file = glob("$location_dir\\database\\*.fa");
      $dirpath="$location_dir\\cutted";
    mkdir ($dirpath); 
foreach $file(@file){
    $fa=Bio::SeqIO->new(-file=>$file,-format=>'fasta');
    print " successful import $file\n";
while($seq_obj=$fa->next_seq){
    $id=$seq_obj->id;
    $seq=$seq_obj->seq;
    $length=$seq_obj->length;
    $seq_length=@seq;
    $desc=$seq_obj->desc;
    $seqs=$seq;
    @seqs=split("",$seqs);
    @now=@seqs[$location_start-1..$location_end-1];
    $now=join('', @now);
    $files=$file;
    $files=~s/\://g;
    $num=$files=~s/\\/_/g;
    $files=~s/\.fa//; 
    @files=split("_",$files);
    open WH, ">>$dirpath\\$files[$num].cutted";
    print WH ">$id $desc\n";
    print WH "$now\n";
    close WH;  
 }
}