cellranger出来细胞数过少(100个左右)先看summary.web查看问题
发现Low Fraction Valid Barcodes是因为Chemistry设置有问题。别人github上不同样品有不同的chemistry和ref参数,严格按照其要求设置参数,OD1和OD2是因为歪打正着刚好设对了chemistry得到的细胞是正确的没有报错。注意当前跑程序的位置,home空间太小了跑cellranger也会报错。ref参考版本看官网教程,不要自己瞎猜。
不设置参数,cellranger会自动识别chemistry,但是设置错误就会导致barcode不匹配。