Seurat官网教程实践日志

1.为什么画出来的PCA图完全与教程颠倒？

为什么你画的Seurat包PCA图与别人的方向不一致？ | 生信菜鸟团

可能是随机种子的原因

set.seed(5)
rnorm(5)
[1] -0.84085548 1.38435934 -1.25549186 0.07014277 1.71144087

set.seed(5)
rnorm(5)
[1] -0.84085548 1.38435934 -1.25549186 0.07014277 1.71144087

随机数是一样的，不管我们在序列中走了多远，它们都是一样的。

Tip：在运行模拟时使用set.seed函数，以确保所有结果、图形等都是可复制的。

经过初步探索，发现将seed设置为NULL就可以与文章中的图一致

总之，如果你发现自己在使用Seurat包重复某一文章或者别人的教程还是官网的示例时，发现自己画出来的图与原有的方向呈镜像或者上下颠倒，可以试着改一下这个随机种子。

set.seed(NULL)
> print(pbmc[["pca"]], dims = 1:5, nfeatures = 5)
PC_ 1 
Positive:  MALAT1, LTB, IL32, CD2, ACAP1 
Negative:  CST3, TYROBP, LST1, AIF1, FTL 
PC_ 2 
Positive:  CD79A, MS4A1, TCL1A, HLA-DQA1, HLA-DRA 
Negative:  NKG7, PRF1, CST7, GZMA, GZMB 
PC_ 3 
Positive:  HLA-DQA1, CD79A, CD79B, HLA-DQB1, HLA-DPB1 
Negative:  PPBP, PF4, SDPR, SPARC, GNG11 
PC_ 4 
Positive:  HLA-DQA1, CD79A, CD79B, HIST1H2AC, HLA-DQB1 
Negative:  VIM, S100A8, S100A6, S100A4, S100A9 
PC_ 5 
Positive:  GZMB, FGFBP2, NKG7, GNLY, PRF1 
Negative:  LTB, VIM, AQP3, PPA1, MAL 
> set.seed(42)
> print(pbmc[["pca"]], dims = 1:5, nfeatures = 5)
PC_ 1 
Positive:  MALAT1, LTB, IL32, CD2, ACAP1 
Negative:  CST3, TYROBP, LST1, AIF1, FTL 
PC_ 2 
Positive:  CD79A, MS4A1, TCL1A, HLA-DQA1, HLA-DRA 
Negative:  NKG7, PRF1, CST7, GZMA, GZMB 
PC_ 3 
Positive:  HLA-DQA1, CD79A, CD79B, HLA-DQB1, HLA-DPB1 
Negative:  PPBP, PF4, SDPR, SPARC, GNG11 
PC_ 4 
Positive:  HLA-DQA1, CD79A, CD79B, HIST1H2AC, HLA-DQB1 
Negative:  VIM, S100A8, S100A6, S100A4, S100A9 
PC_ 5 
Positive:  GZMB, FGFBP2, NKG7, GNLY, PRF1 
Negative:  LTB, VIM, AQP3, PPA1, MAL 
> set.seed(2)
> print(pbmc[["pca"]], dims = 1:5, nfeatures = 5)
PC_ 1 
Positive:  MALAT1, LTB, IL32, CD2, ACAP1 
Negative:  CST3, TYROBP, LST1, AIF1, FTL 
PC_ 2 
Positive:  CD79A, MS4A1, TCL1A, HLA-DQA1, HLA-DRA 
Negative:  NKG7, PRF1, CST7, GZMA, GZMB 
PC_ 3 
Positive:  HLA-DQA1, CD79A, CD79B, HLA-DQB1, HLA-DPB1 
Negative:  PPBP, PF4, SDPR, SPARC, GNG11 
PC_ 4 
Positive:  HLA-DQA1, CD79A, CD79B, HIST1H2AC, HLA-DQB1 
Negative:  VIM, S100A8, S100A6, S100A4, S100A9 
PC_ 5 
Positive:  GZMB, FGFBP2, NKG7, GNLY, PRF1 
Negative:  LTB, VIM, AQP3, PPA1, MAL 

设置随机数后并没有任何变化。