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原创 R outer()函数
FUN = "*" 中的*可以是运算符号,例如"+“,”-"等等。直观来说是一个将x中每一个元素与y进行计算。可以将xy元素相组合。
2023-07-10 11:02:44
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原创 解决VScode链接远程服务器的报错问题
但是修改文件实在太麻烦了,转向了vscode。2. kill掉所有跟被锁住的这文件有关的进程。3. home目录下删除被锁住那个文件。1. 利用ps -aux 列出所有的进程。说啥啥啥文件锁住了,然后也删不掉 😦。4. 重启vscode。
2023-06-15 11:29:57
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原创 ImmuCellAI | 免疫浸润计算工具 R包学习
ImmCellAI是一个从基因表达数据集（包括RNA-Seq和芯片数据）中估计24种免疫细胞丰度的工具，其中24种免疫细胞由18种T细胞亚型和6种其他免疫细胞组成。B细胞、NK细胞、单核细胞、巨噬细胞、中性粒细胞和DC细胞。此外，ImmuCellAI可用于估计不同人群免疫细胞浸润的差异，以及预测患者对免疫检查点阻断疗法的反应。同时拥有人和小鼠版本。人版本:ImmuCellAI (Advanced Science 2020 , ESI high citation paper) 的小鼠版本。
2023-01-06 11:03:44
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原创 influencePlot() 中 id.method = “identify“的一系列报错
中 P185函数不能正确的识别点的问题。有些点可以选择,大部分的都是如下的警告。
2022-11-04 15:12:47
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原创 关于assocstats()中Phi-Coefficient:na的原因
今天更一个关于《R语言实战》书中assocstats()代码结果不一致的问题。
2022-11-01 18:05:42
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原创 R 语言 关于 “&“ 突然不能使用的问题
这是由于列名有了NA值,通过colnames() 函数检查一下列名是否出现了问题,删除掉即可解决。今天"&"符号突然不能使用,提示error。
2022-10-12 15:59:59
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原创 R 循环中对矩阵进行赋值和获取矩阵名的方法
如上代码所示,我的目的是将group2-5同group1合并,并单独输出,这时候我将合并矩阵(data)利用。我们想将每次循环的结果输出为一个矩阵,可以全部输出到list中,在做后续处理,也可以直接输出。仍如上例，那我改如何在每次循环内获取不同的矩阵跟group1去合并呢？函数去获取循环的矩阵名。
2022-09-28 12:01:47
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原创 Hallmark数据的处理及list与data.frame之间的转换
GSEA Msig DB 数据库 Hallmark 数据的处理及list的转化
2022-09-19 21:14:56
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原创 linux 复制文件夹下的所有内容到目标文件夹
但是如果被复制的的文件夹下还有文件夹的话,则需要加上 -r。在linux 下可以使用cp 命令去复制内容
2022-09-01 14:49:34
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原创 R语言 sprintf() 函数
C函数sprintf的包装器，该函数返回一个字符向量，其中包含文本和变量值的格式化组合。就是返回包括输入值的一组格式化字符串。
2022-08-19 10:01:39
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原创 R 对于表格中有不同分类的数据的处理办法
对于分割来说,一定要找到一定的分割条件,再通过这些条件去想办法分割。在这个例子中，我们发现标题可以用来分割，只要已第12行的标题分上下就好了。log2和normalized count数据在一个sheet中。虽然可以手动分开再处理，但是次次这么做工作量非常大。...
2022-08-18 15:04:51
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原创 R语言 pathway内gene id转化的
今天在处理爬下来各个通路数据库的数据时，发现各个通路的gene并不是gene symbol，而是gene id
2022-08-17 17:54:07
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原创 strsplit()分割字符串 当分割对象是竖线
会造成每一个字符都分开，这是因为“|”是一个运算符，意思为“或”，所以此时要用转义符“\”再做各geneid转化之前,将geneid分割。
2022-08-17 11:04:49
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原创 R语言 处理excal时关于列名中有空格的情况
今天在处理EXCAL表格的时候，遇到列名有空格的情况，引起报错，排查许久才明白是这个原因在成的。
2022-08-16 10:35:07
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原创 ggplot报错 stat_count() can only have an x or y aesthetic
要传递 **stat=“identity”**这个参数。
2022-08-15 16:50:41
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原创 Rstudio 彩虹括号的设置
Rstudio提供了很多代码高亮的设置,彩虹括号便是其中之一。没有使用彩虹括号,不容易区分各个括号。使用过后,容易区分。
2022-08-10 16:33:24
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原创 R语言 ifelse()结果返回两次
这是因为ifelse()总是会返回一个值,print()被当成一个函数被调用,从而输出"Passed",但是 print()也在返回他自己的的值。在R中使用ifelse()时出现返回值异常,将结果返回两次。
2022-08-10 09:44:58
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原创 R语言正则表达式与零宽断言
计算机科学的一个概念。正则表达式通常被用来检索、替换那些符合某个模式(规则)的文本，又称规则表达式，是根据字符串规律按照一定法则，简介表达一组字符串的表达式。几乎所有高级的编程语言都支持正则表达式，正则表达式也广泛运用于文本挖掘、数据预处理等方面。其深刻含义为以简驭繁，通常是从貌似无规律的字符串中发现规律，进而概括性地表达它们所共有的规律和模式。它包括了自能匹配自身的普通字符（如英文字母、数字、标点等）和被转义了的特殊字符（即元字符）。.........
2022-08-05 11:40:57
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