待更新的问题

文章主要讨论了在使用R语言进行富集分析时遇到的问题,包括clusterProfiler包中的富集条目一致性、文字溢出、绘图错误等。同时,提到了数据重塑过程中reshape2和tidyr包的使用,如melt和pivot_longer函数。此外,还涉及了dplyr包的函数应用,如split()以及any_of和all_of。文章还介绍了stats包的aggregate函数在数据分组和统计中的应用。
摘要由CSDN通过智能技术生成

富集相关

compareCluster

clusterProfiler 包中

  • 富集条目可以挑选重复的问题
  • 富集条目不一致的问题
  • 文字溢出问题
  • 网格图绘图错误的问题
  • 网格图使用genesymb绘制的问题
  • 自动换行的问题

一些R function 的问题

重铸的问题

  • reshape2::melt
  • tidyr::pivot_longer(cols = -id, names_to = “variable”, values_to = “value”)
    其中,cols参数指定要转换的列,names_to参数指定新列的名称,values_to参数指定新值的名称。

切片的问题

  • split()

dplyr 相关问题

  • any_of
  • all_of

stats::aggregate()

Splits the data into subsets, computes summary statistics for each, and returns the result in a convenient form.

Usage
aggregate(x, …)
Default S3 method:
aggregate(x, …)
S3 method for class ‘data.frame’
aggregate(x, by, FUN, …, simplify = TRUE, drop = TRUE)
S3 method for class ‘formula’
aggregate(formula, data, FUN, …,
subset, na.action = na.omit)
S3 method for class ‘ts’
aggregate(x, nfrequency = 1, FUN = sum, ndeltat = 1,
ts.eps = getOption(“ts.eps”), …)

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