MATLAB添加工具包NIFTI（详细）及脑MRI 重采样

一：将要添加的工具包解压好
我这里要添加的文件包为： NIfTI_20140122

二：找到自己电脑MATLAB的安装目录，找到toolbox文件夹，将解压好的工具包复制到toolbox文件夹中
我这里的安装目录是：E:\MATLAB\R2019a\toolbox

三：打开MATLAB程序，给新添加的工具包设置路径
（1）以中文版为例，在主界面找到“设置路径”按钮

（2）点击“设置路径”，弹出设置界面
第一步：点“添加文件夹”
（注：如果要工具包中有多个子文件夹，则点“添加并包含子文件夹”）

第二步：找到安装目录下toolbox中复制过来的工具包，添加

第三步：添加好文件后，MATLAB搜索路径下便会出现添加好的新工具包路径，点“保存”，再“关闭”

四：预设
主界面中找到”预设“按钮，点击打开，找到”常规“，点击”更新工具箱路径缓存“，再点”应用“，最后”确定“即可

五：测试
在MATLAB命令行窗口输入： nifti
回车有输出即为工具包添加成功

或者使用 which nifti, 有路径输出即正确

六，NIfTI_20140122脑图谱重采样

——数据可以4维

reslice_nii('BN_Atlas_246_1mm.nii','BN_Atlas_246_8mm.nii',8,1,0,2)

从左到右，第一个为输入图像路径，第二个为输出图像路径，第三个为重采样尺寸，这里为8，表示重采样到8mm的体素尺寸，第五个为插值方法。1：三线性插值（默认），2：最近邻插值，3：Fischer的Bresenham插值。图谱采样为了不增加一些小数，label都是整数，所以一般用最近邻插值。

本文使用如下方式：将尺寸大小**(192,24,192),分辨率为(1,1,1)的模板和Atlas，分别降采样到(97,113,97)(2,2,2)😗*

reslice_nii('JHU_SS_b0_padding.nii.gz','JHU_SS_b0_padding_2mm.nii.gz',2,1,0,2)
% Usage: reslice_nii(old_fn, new_fn, [voxel_size], [verbose], [bg], [method], [img_idx])
reslice_nii('AspectsAtlas_padding.nii.gz','AspectsAtlas_padding_2mm.nii.gz',2,2,0,2)

如下图所示：
模板重采样前：(192,24,192)(1,1,1)

** 模板重采样后：(97,113,97)(2,2,2)**

Atlas采样前：(192,24,192)(1,1,1)

Atlas重采样后：(97,113,97)(2,2,2)