CESM2.2_CLM5.0 singlepoint 单点模拟

（使用MobaXterm）

1. Create Case 

$ cd /workdir/hcdu/CESM/cime/scripts/
$ ./create_newcase --case ~/CESM_Clm/US_NR1_2014 --res CLM_USRDAT --compset I1PtClm50SpRsGs --mach sofie --run-unsupported    

# 这个compset专适用单点模拟，除CLM外大部分模块都关闭

# 查询compset别称参考：$CESM/components/clm/cime_config/config_compset.xml

# case名称不是默认格式（e.g. I1850CLM50SP），则加最后 run unsupported 

2.0 关于一些总体的xml设置

路径 $CESM/cime/config/cesm/machines

config_machines.xml        关于运行机器的设置，包括输入输出目录（search [机器名]）

config_compilers.xml        关于编译工具的设置

config_batch.xml              关于批命令运行的设置（search [机器名]）

2. Case xml变量设置（before case.setup）

./xmlquery [variablename] 查询变量

./xmlchange [variablename] 设置变量

在$CASEROOT路径下

$ ./xmlchange DATM_MODE=CLM1PT    #运行模式为单点模拟
$ ./xmlchange DATM_CLMNCEP_YR_START=2014    #运行起始年份
$ ./xmlchange DATM_CLMNCEP_YR_END=2014      #运行结束年份
$ ./xmlchange RUN_STARTDATE=2014-01-01    #运行起始日期

# DATM_CLMNCEP_YR_ALIGN为并齐年份，默认与起始年份相同

$ ./xmlchange ATM_DOMAIN_PATH=~/data/CESM_Clm/US_NR1/domain_US_NR1_2014/    
$ ./xmlchange LND_DOMAIN_PATH=~/data/CESM_Clm/US_NR1/domain_US_NR1_2014/    
              # domain文件路径
$ ./xmlchange ATM_DOMAIN_FILE=domain.lnd.US_NR1_2014.210923.nc
$ ./xmlchange LND_DOMAIN_FILE=domain.lnd.US_NR1_2014.210923.nc              
              # domain文件名
$ ./xmlchange DIN_LOC_ROOT=/workdir/MODCESM/tcraig/IRESM/inputdata/    
              #inputdata路径
$ ./xmlchange DIN_LOC_ROOT_CLMFORC=~/data/CESM_Clm/US_NR1/forcingdata_US_NR1_2014/    
              #输入的大气forcing data路径
$ ./xmlchange CLM_FORCE_COLDSTART=on    # 强制冷启动：开
$ ./xmlchange CLM_BLDNML_OPTS='-bgc bgc'    # 生物化学设置

# domain文件制作借助 $CESM/cime/tools/mapping/gen_domain_files/ 工具

（参考文章：Clm5地表数据制作）

# 开启强制冷启动，则无视起始数据inidata

# 制作起始数据使用Spinup模式，CLM_ACCELERATED_SPINUP=on

$ ./xmlchange STOP_OPTION=nyears    # 单次运行单位
$ ./xmlchange STOP_N=1    # 运行次数

# 单趟运行n次设置的运行单位，结束后resubmit再运行

# REST_OPTION、_N为resubmit之后的设置，默认与STOP_一致

$ ./xmlchange NTASKS=1    # 调用CPU核心数（每个模块）
$ ./xmlchange --force JOB_QUEUE=debug    # 更改队列
$ ./xmlchange --force JOB_QUEUE=debug

# 运行两次更改队列，是因为模型会有两个进程case.run、case.st_archive

$ ./case.setup

3. 编写user_nl_ 、准备streams文件（before case.build）

打开$CASEROOT/user_nl_clm，写入（或者使用 echo " " >>）

hist_mfilt = 365
hist_nhtfrq = -24
fsurdat = "/home/hcdu/data/CESM_Clm/US_NR1/surfdata_US_NR1_2014/surfdata_US_NR1_2014_hist_78pfts_CMIP6_simyr2000_c210926.nc"

use_cn = .true.

# hist_mfilt 单个输出文件中的结果个数（default=1）

# hist_nhtfrq 数据结果的时间频率/分辨率 n（default n=0, monthly）

   n>0 : n * half hour || n<0 : (-n) * hour

# 上面的设置：单个输出文件记录365个（1年）的日数据

# 单个文件设置输出结果数过多可能会影响输出（本实验最终调整hist_mfilt=31）

# fsurdat为陆面数据surfdata_*.nc的路径，需要双引号

# surfdata制作借助$CESM/components/clm/tools/工具 （参考文章：Clm5地表数据制作）

# user_cn打开clm模型的碳氮运算

#！！！强烈建议前往官网好好看看各项参数CESM_CLM5.0参数

在$CASEROOT下

$ ./preview_namelists
$ cp ./CaseDocs/datm.streams.txt.CLM1PT.CLM_USRDAT user_datm.streams.txt.CLM1PT.CLM_USRDAT
$ cp ./CaseDocs/datm.streams.txt.topo.observed user_datm.streams.txt.topo.observed
$ cp ./CaseDocs/datm.streams.txt.presaero.clim_2000 user_datm.streams.txt.presaero.clim_2000

执行后在./CaseDocs、./BuildConf/datmconf 中生成datm.streams.txt文件：

a) 气象数据stream文件。官方文档：Precip, Solar，TPHWL等；

    单点模拟自己输入：CLM1PT.CLM_USRDAT

b) 地形stream文件：.topo.observed；气凝胶stream文件：.presaero.clim_2000

将三个stream文件复制到$CASEROOT，加上user_前称

打开user_datm.streams.txt.CLM1PT.CLM_USRDAT（另外两个stream文件不用改动），改动filepath、fileNames、variableNames

注意：

！variableNames下不要有空行，其中前一列为输入文件里的变量名，后一列为模型变量名

！forcing data里的长、短波辐射数据不能有负值

复制./CaseDocs下的datm_in的内容到user_nl_datm，为对user_datm.streams.txt.CLM1PT.CLM_USRDAT的说明

$ ./preview_namelists
$ ./check_input_data

再次运行./preview_namelists，模型根据修改后的stream文件，更新./BuildConf下文件的信息，其中关键的是datm.input_data_list的内容

执行./check_input_data检查输入数据，同时检查输入forcing data是否齐全

$ ./case.build --skip-provenance-check

4. case.submit ✔

$ ./case.submit

【参考文章】cesm单点模拟_by咯咯咯-鸽鸽鸽https://blog.csdn.net/z894730988/article/details/118816783https://blog.csdn.net/z894730988/article/details/118816783run cesm2.1.3 with my own forcing dataset_by大余海生https://blog.csdn.net/jerry003/article/details/111356760https://blog.csdn.net/jerry003/article/details/111356760

P.S. 回来更一下，这个singlepoint的模型虽然能跑，但是有一个问题，就是想要的量输出一直是0……T_T

可能是两个方面的问题：

surfdat文件中地表的初始植被为（LAI=）0；气象输入文件制作有问题

！！！

于是针对这两个问题，改用了另一种更快捷简便的制作domain与surfdat文件的方式、采用了一种伪单点模式运行气象数据（即把气象数据塞入模型自带的全球气象数据格网中），再整理一篇文章总结一下

建议仔细阅读 ==》CLM5.0单点模拟#成功运行模式#（更新完善中）https://blog.csdn.net/Arr3n/article/details/120891088?spm=1001.2014.3001.5502