Full Preprocessing Tutorial 【kaggle学习】

原文连接https://www.kaggle.com/gzuidhof/full-preprocessing-tutorial/notebook

主要包含以下内容：

• 图像加载
• 像素值转换为HU值
• Resampling（重采样）
• 3D绘图
• 肺分割
• 正则化
• Zero centering

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加载图像

def load_scan(path):
    slices = [dicom.read_file(path + '/' + s) for s in os.listdir(path)]
    slices.sort(key=lambda x: float(x.ImagePositionPatient[2]))
    try:
        slice_thickness = np.abs(slices[0].ImagePositionPatient[2] - slices[1].ImagePositionPatient[2])
    except:
        slice_thickness = np.abs(slices[0].SliceLocation - slices[1].SliceLocation)

    for s in slices:
        s.SliceThickness = slice_thickness

    return slices

其中path为文件路径，将path下的文件名拿到后与path拼接，读取结果直接保存在list中。

ImagePositionPatient表示图像的左上角在空间坐标系中的x,y,z坐标,单位是毫米. 如果在检查中,则指该序列中第一张影像左上角的坐标。
SliceLocation表示实际的相对位置，单位为mm。
SliceThicknes表示层厚，单位为mm。

通过ImagePositionPatient的Z方向上的值推测出Z方向上的像素尺寸，也就是切片的厚度。最后只用一个for循环将所有切片的厚度赋值。

在读取文件时遇到了一个错误：