关于HTML5在线播放x.264编码的mp4格式文件的长时间缓冲问题

为了兼容iphone及ipad，我把在线播放的格式都改为了x.264编码的mp4格式，用jwplayer播放。但发现一个问题：
就是播放视频的时候，都是等视频完全加载（或者说下载）完毕以后才开始播放，缓冲很长时间。

在google找答案，发现是因为我转换的mp4文件索引信息在文件底部，就造成了要读取到索引信息的时候才开始播放。网上提供了一个解决办法：http://renaun.com/blog/code/qtindexswapper/
就是用这个工具改一下索引的位置。改了以后发现mp4只读取很少部分就开始播放了，大大减少了缓冲

但我觉得把文件转换为mp4，再用TIndexSwapper改索引有些麻烦（因为是给客户用，转两次比较麻烦），想有个一次性转换加改索引的办法，于是找到了Any Video Converter这个软件带有改索引的功能：

开启这个功能后，比如100M的文件，用firebug观测，用Any Video Converter转换的视频并不需要全都读取完才播放，而是大概加载70M开始播放，说明索引已经不在文件底部了。但相同的视频，用别的软件转为mp4，再用TIndexSwapper改索引却只需加载1-2M就开始播放了，边播放边继续加载。

我的问题是，都是改索引到头部以便快速加载，为什么Any Video Converter的要家在80%左右才开始播放呢？现在不管youtube或者youku都开始用x.264编码的mp4格式，应该很普及了啊，有什么更好的一次性转换软件吗？

这是另一个fix工具，http://howbits.com/stream-mp4-website-h264-high/
但我想找的是转换以后就自动fix的