使用python玩转dicom文件——医学图像处理工具pydicom入门教程

从医院采集的超声数据因为时间跨度大、设备差异等原因比较乱，想着找找工具怎么把这些dicom格式的文件整理一下，于是瞄准了pydicom这一工具。中文资料也很鱼龙混杂，干脆自己去他们的官方文档直接学习。安装方式是很简单的在anaconda中pip install pydicom

参考资料：pydicom官方文档
版本：pydicom 2.0.0

数据读取

数据读取使用dmread()

import pydicom

fpath='us13.DCM'
dcm=pydicom.dcmread(fpath)

有时可能会出现以下报错

raise InvalidDicomError("File is missing DICOM File Meta Information "
  pydicom.errors.InvalidDicomError: File is missing DICOM File Meta Information header or the 'DICM' prefix is missing from the header. Use force=True to force reading.

这是由于dicom文件中信息缺失造成的或者此文件不是dicom文件但包含了dicom数据，在确信此文件包含dicom数据的情况下根据提示应该调用force参数强行读取。

dcm=pydicom.dcmread