R语言课程练习记录

例1.

数据大概是这个样子：

1）用 readr 包中的函数读取 mouse genes 文件
2）选取常染色体的基因
3）画以下两个基因长度 boxplot :
按染色体序号排列，从 1 开始
按基因长度中值排列，从短 -> 长 …

遇到的问题：

tibble和data frame的区别？

tibble不会自动针对每列生成因子

分别读入tibble和data frame数据？

mouse.tibble <- read_delim( file = "mouse_genes_biomart_sep2018.txt", delim = "\t", quote = "" )
mouse_gene<-read_tsv("data/talk04/mouse_genes_biomart_sep2018.txt")

如何按照条件筛选指定的行？

1. 用which读取指定行（tibble和data frame都可以，这里以data frame为例）

mouse_gene_MT<-mouse_gene[which(mouse_gene$`Chromosome/scaffold name` == “MT”),] #选取线粒体上的染色体
mouse_gene_MT<-mouse_gene[which(mouse_gene$`Chromosome/scaffold name`%in% c("1","2")),] #选取1，2号染色体上的基因

data frame的返回值为data frame；tibble的返回值为tibble（函数is_tibble()检验）