技术干货 | 单细胞+时空组学如何破解哺乳动物再生之谜？Science研究拆解

一、研究背景与技术选型

为什么壁虎能断尾重生，而高等哺乳动物却不能？为了回答这个百年难题，研究团队选择了耳廓这一哺乳动物特有器官作为模型，并采用了当前最前沿的组学技术组合：

• 单细胞RNA测序 (scRNA-seq)：解析伤口处每种细胞类型的基因表达谱。

• 时空组学 (Stereo-seq)：精确定位基因表达发生的具体位置，还原细胞互作的空间背景。

二、数据分析流程与关键发现

1. 数据生成：分别获取兔和小鼠耳廓损伤后多个时间点的scRNA-seq和Stereo-seq数据。

2. 细胞图谱构建与对比：通过生物信息学方法，鉴定并对比两个物种在修复过程中出现的细胞类型及其动态变化。

3. 差异分析锁定目标：分析发现，小鼠伤口处视黄酸信号通路显著下调。进一步聚焦到该通路的关键合成酶基因 Aldh1a2。

4. 进化基因组学分析：比较两个物种Aldh1a2基因的调控区域（增强子），发现小鼠丢失了多个与再生相关的关键增强子。

5. 功能验证：通过基因操作和外源补充进行功能挽救实验。

三、给开发者的启示

本项研究是多组学数据整合驱动生物学发现的典范。其技术难点在于海量数据的处理、整合与可视化。

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