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原创 要读文献 | bioRxiv | 诺奖得主 David Baker 团队利用 RFdiffusion 进行抗体原子级精度从头设计
David Baker 团队首次利用生成式 AI 从头设计出了全新的抗体,这是一个里程碑时刻,标志着 AI 引导的蛋白从头设计正式进入价值数千亿美元的抗体药市场!今天,咱们就给它精读一波!
2024-11-20 09:45:00
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原创 AlphaFold 3 模型权重/参数申请详解
AlphaFold3 终于开源啦!不过别太激动哈哈哈哈哈,权重还是要额外申请的!咱们今天就来分享一下如何申请 AlphaFold 3 的模型权重/参数!
2024-11-14 20:33:17
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原创 要读文献 | Acta Pharmacol Sin | 上海药物所徐华强团队发表综述:基于生成扩散模型的 AI 驱动抗体设计
今天!咱们主要讨论基于生成扩散模型的抗体设计的最新进展,主要涵盖抗体的从头设计和互补决定区优化等等等等!
2024-11-13 21:25:45
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原创 如何判断通路是激活还是抑制呢?激活 = 上调 / 抑制 = 下调?漏!大漏特漏!
经常有小伙伴们会问到上调下调激活抑制等相关的问题,比如,富集分析结果显示通路激活就代表富集到这个通路的基因都上调了吗?并不是这样的哈!今天,咱们就掰开了揉碎了探讨一下它们!
2024-11-12 18:44:00
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原创 AlphaFold3 开源啦!喜大普奔!
2024年5月8日,AlphaFold3 正式发布!时隔半年,今天,AlphaFold3 终于开源啦!不过别太激动哈哈哈哈哈,权重还是要额外申请的!(让我看看是谁这么有面儿可以申请到哈哈哈哈哈哈)
2024-11-11 21:09:34
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原创 要读文献 | bioRxiv | AlphaFold3在抗体和纳米抗体对接方面有哪些学习成果?哪些问题仍未解决?
超新的文献分享又来啦!今天咱们主要讨论 AlphaFold3(AF3)在抗体和纳米抗体对接上的性能表现,并分析其当前的成功率、局限性及对未来抗体设计的影响。
2024-11-08 19:52:02
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原创 R高级绘图 | 不用 Cytoscape 也能绘制精美的蛋白互作(PPI)网络图啦!| STRING 网站 + R 代码
在进行 PPI 网络图绘制时,我们通常会将 **STRING 网站与 Cytoscape 软件**结合使用。但是经常有小伙伴们苦恼,不太会用 Cytoscape 软件进行处理可咋整呐!
2024-09-19 08:28:16
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原创 火爆全网的扩散模型(Diffusion Model)到底是什么?只看这篇就够了!绝对通俗易懂!草履虫看完都要点头!| 附完整代码 + 详细注释
之前介绍机器/深度学习的时候,因为篇幅限制,咱们总是先深度剖析其原理,然后代码后续出!但是很多小伙伴们反映更希望它们整合在一起!要知道,咱们“要知道”主打一个听劝!所以!从这次开始!咱们就原理代码一起来啦!
2024-08-31 22:01:01
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原创 RStudio 服务器进不去啦咋整!R is taking longer to start than usual.
Reload、Safe Mode、Terminate R 都没用!咱不慌!俺带着解决方案来啦!!!
2024-08-08 16:58:02
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原创 孟德尔随机化(四)—— 终于搞定!遇到 Error in if (nrow(d) == 0) return(NULL) : 参数长度为零 该怎么办!帮你完美解决!
俺要要要终于回来啦!!!今天!咱就帮助大家解决一个困扰多日的问题!是什么呢!铛铛铛铛!就是近期大家在孟德尔随机化分析中最常遇到的或!相信大家一定遇到过!因为我发现,私信和留言,还有交流群内,都快被这个问题刷屏了,而且似乎也没有什么好的解决方案出现!这是咱们使用之前在中的方法在线从 GWAS 数据库下载数据时会遇到的情况,真是让我们一筹莫展、二脸懵逼、三阳开泰、四处碰壁、「五」可奈何、六六不顺、七上八下、「八」酒消愁、「九」命呀!咱不慌!今天!一个偶然的情况下,我突然灵光乍现!就那么一试!哎呀!果然!搞定!
2024-07-11 17:03:22
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原创 数据挖掘 | Count数据去除批次效应后不是整数甚至还出现负值导致无法进行差异分析怎么办?
很多小伙伴们遇到了Count数据批次处理后不是整数甚至还出现负值的问题,这就导致无法使用某些包包进行差异分析。那该怎么办呢?ComBat-seq帮你搞定!走!一起看看去!
2024-04-25 21:50:48
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原创 孟德尔随机化(三)—— 再也不用担心网络或其他各种报错啦 | 从数据库下载数据到本地的数据处理方法
很多小伙伴们反映在使用代码下载数据时会遇到各种网络或其他报错问题,令人头大的那种!不要慌!从数据库下载数据到本地的数据处理方法这就来啦!
2024-04-19 15:03:25
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原创 看完不会来揍我 | 孟德尔随机化(二)—— 代码实操 | 附代码注释 + 结果解读
最近真的是超超超超超超超级多的小伙伴们在咨询孟德尔随机化相关的问题和课程,意想不到的那种多!那我怎么办嘞!整呗!主打的就是一个宠粉!
2024-04-15 17:23:57
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原创 R高级绘图 | P8 | 最最最最最简单的ROC曲线绘制并计算AUC的方法
不知为何!这两天超多小伙伴们询问ROC曲线相关问题,有的小伙伴觉得ROC曲线很复杂,画起来很麻烦;有的小伙伴提到不同模型训练得到的预测结果进行ROC曲线绘制时各种格式报错;也有来自非生物医学领域的小伙伴们也用到了ROC曲线,所以前来学习!今天,咱们就给大家介绍一种最最最最最最最最最简单的ROC曲线绘制方法!不管你是什么模型跑出来的结果,咱都百搭!不仅简单,而且万能!
2024-04-08 20:30:12
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原创 看完不会来揍我 | R包的下载与安装 | 再也没有一个包可以逃出你的手掌心啦
经常会有小伙伴们在群里提到一些R包安装相关的问题,真的是五花八门的报错内容和玄幻事件!我可太懂了!!!今天,就给你们一次性解决所有R包安装相关问题!!!!!
2024-04-02 19:08:02
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原创 如何快速下载GEO数据并获取其表达矩阵与临床信息 | 附完整代码 + 注释
GEO数据库可以说是大家使用频率贼高的数据库啦!那它里面的数据怎么下载大家知道嘛!今天给大家展示一种快速获取它的表达矩阵和临床信息的方法!
2024-03-26 22:50:12
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原创 R语言绘图 | 带标签的火火火火火火火山图 | 标记感兴趣基因 | 代码注释 + 结果解读
在火山图中,我们有时候会想要标注出自己感兴趣的基因,这个时候该怎么嘞!还有还有,在添加标签时,可能会遇到元素过多或位置密集导致标签显示不全,或者虽然显示全了但显得密集杂乱,不易阅读的情况。这可咋整捏!话不多说,直接开干!(本节内容同时适用于其他散点型图表)
2024-03-18 20:06:11
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原创 怎么判断你的模型是好是坏?模型性能评估指标大全!(二)
模型性能评估指标,大家一定不陌生!很多小伙伴们都说难,但是它真的很重要很重要很重要!它会对我们的模型有很多的指导,也会给我们真正做模型的时候提供一些指导性的思想,不然我们看到别人的东西只能跟着人家的思路走,不能有自己的想法,或者说没办法去”批判“他做得好还是不好!这多憋屈呀!来!咱学!给它学得透透的!
2024-03-14 23:13:08
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原创 生存预后不显著?最佳阈值来帮你!| 附完整代码 + 注释
大家在进行生存预后分析时发现结果不显著,是不是当头一棒!两眼一黑!难不成这就代表我们的研究没意义吗?NONONO!别慌!说不定还有救!快来看看最佳阈值能不能捞你一把!
2024-03-13 22:29:22
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原创 怎么判断你的模型是好是坏?模型性能评估指标大全!
模型性能评估指标,大家一定不陌生!很多小伙伴们都说难,但是它真的很重要很重要很重要!它会对我们的模型有很多的指导,也会给我们真正做模型的时候提供一些指导性的思想,不然我们看到别人的东西只能跟着人家的思路走,不能有自己的想法,或者说没办法去”批判“他做得好还是不好!这多憋屈呀!来!咱学!给它学得透透的!今天的分析会略微包含一丢丢数学相关内容,大家不要怕!冲!当然,不了解这些也没关系,不会影响大家应用!当然,了解它们一定会让我们更开心对不啦!
2024-03-12 22:35:47
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原创 MSigDB数据库 | 富集分析需要的基因集该去哪里找?如何选择适合自己数据的基因集?
富集分析可以说是我们的老帮手了!进行富集分析,就不能不提基因集,那基因集我们该去哪里找呢?我们又该如何选择适合自己数据的基因集呢?咱们今天就来浅浅唠一唠!最常见的操作就是去MSigDB数据库找现成的基因集,当然也可以自定义基因集,那既然有现成的,我们为什么还要多此一举去自定义呢?因为呀,总会有新发现的基因集或其它感兴趣的基因的集合对不对,甚至有些物种没有现成的基因集,我们只能自制,所以在之后我会教大家怎么制作自定义基因集,有需求的小伙伴们也可以催催我哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈!!!
2024-03-12 15:20:31
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原创 看完不会来揍我 | 生存分析详解 | 从基础概念到生存曲线绘制 | 代码注释 + 结果解读
大名鼎鼎的生存分析来咯!今天我就不叭叭叭了,咱们直接开始冲!(字有点多,希望大家不要嫌弃!)
2024-03-08 16:04:19
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原创 孟德尔随机化(一)| 随处可见的孟德尔随机化到底是什么?
近来咱们的各大群中,经常有小伙伴们会问到孟德尔随机化相关的问题,鉴于它的出现频率过高,咱们就不得不来唠唠喽!
2024-02-06 23:18:28
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原创 R高级绘图 | P2 | 带显著性标记的相关性气泡图 | 这也太高级了吧
新系列 —— R高级绘图,准备整理所有曾经绘制过的图图和未来需要的图图们的代码!预计这个系列会囊括所有常见图形,只提供高级绘图代码,基础绘图主要在 R语言绘图 系列中进行介绍,这个系列咱们主打:需要XX图?没问题!来这里!找到你要画的图!点进去!直接复制粘贴RUN!更新顺序随机,小伙伴们有急需想要的图图也可以后台告诉我!我给它优先更新!
2024-02-05 20:22:43
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原创 Linux 终端命令行配色修改 | 助你告别屏幕盯太久眼神涣散无法聚焦的痛苦!
今天的我想把新服务器账号的命令行更改一下配色,然后...然后...然后...就没有然后了,脑子就瓦特了!硬是想不起来那行命令,然后苦哈哈去之前的账号里复制粘贴去了哈哈哈哈哈,顺便分享一下!增加大家肉眼的快乐!!!
2024-01-31 22:14:38
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原创 R高级绘图 | P1 | 带边缘分布散点图 | 代码注释 + 结果解读
新系列 —— R高级绘图,准备整理所有曾经绘制过的图图和未来需要的图图们的代码!预计这个系列会囊括所有常见图形,只提供高级绘图代码,基础绘图主要在 R语言绘图系列中进行介绍,这个系列咱们主打:需要XX图?没问题!来这里!找到你要画的图!点进去!直接复制粘贴RUN!更新顺序随机,小伙伴们有急需想要的图图也可以后台告诉我!我给它优先更新!
2024-01-31 22:04:09
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原创 干货满满 | 给生信小白的入门小建议 | 掏心掏肺版
经常有小伙伴们会问到,**“我该如何入门生信”、“生信小白该怎么开始上手”、“不知道从哪里开始学”、“可以先不学R语言和Linux吗”**等等问题。其实入门这个问题叭,有点庞大,一句两句还真说不清!今天,咱们就来碎碎念一波!
2024-01-30 15:47:35
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原创 差异分析三巨头 —— DESeq2、edgeR 和 limma 包 | 附完整代码 + 注释
前面我们介绍了[看完还不会来揍/找我 | TCGA 与 GTEx 数据库联合分析 | 附完整代码 + 注释](https://mp.weixin.qq.com/s/VUDl2PUtMVz4kO0CBPSTIg),很多粉丝朋友私信想要我分享一下如何利用得到的混合矩阵进行差异表达分析,那今天我们就一鼓作气!把最最最经典的三个差异分析工具 —— DESeq2, edgeR 和 limma 包,以及如何通过得到的差异基因绘制火山图、热图等等,给大家进行一个详细的介绍!
2024-01-28 19:50:12
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原创 【中英双语】Illumina测序原理详解 | 边合成边测序/Sequencing by Synthesis
很多朋友们问我视频讲解时用的笔记可不可以分享,那当然必须是可以呐!但我当时其实没有好好记录,只是打了个草稿就开讲啦!既然大家有需求,俺就重新整理了一下,希望可以帮到大家!
2024-01-28 19:45:55
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原创 数据挖掘 | 批次效应的鉴定与处理 | 附完整代码 + 注释 | 看完不会来揍我
数据整合后,批次效应的处理是非常重要的!这里面的学问可大着呢!这不!今天!超级无敌保姆级的批次处理教程来咯!快来看看有没有新鲜的知识叭!
2024-01-27 22:08:59
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原创 R语言绘图 | 列线图/诺莫图(Nomogram)和校准曲线(Calibration)| 代码注释 + 结果解读
前面已经介绍了高级森林图的画法,今天我们就来介绍另一种用于可视化Logistic或Cox回归分析结果的方式 —— 列线图(Alignment Diagram),也称诺莫图(Nomogram)。
2024-01-25 16:01:24
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原创 科研人/学术狗专属微信红包封面你抢到了嘛!
之前有提到系统奖励了6000个红包……红包封面!很多小伙伴们都说想要哈哈哈哈哈哈哈哈哈,那我必须满足对不对!主打的就是一个宠粉!
2024-01-25 14:12:49
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原创 R语言绘图 | 高级森林图(Forest Plot)| 多种方法详解 | 代码注释 + 结果解读
森林图(Forest Plot)用于可视化比较多个研究结果的效应大小和置信区间,通常用于汇总和比较不同研究的结果,特别是在荟萃分析(Meta-Analysis)中。当然,我们之前构建过的也可以用森林图展示结果。森林图提供了一种方式来呈现多个研究的数据,可以帮助我们更好地理解不同研究之间的一致性和差异性,以及整体效应的大小。我们先介绍一下森林图,大家如果不需要的话,也可以跳过这部分直接去看代码实现部分哟!
2023-12-22 23:46:05
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