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RSS订阅原创 孟德尔随机化（四）—— 终于搞定！遇到 Error in if (nrow(d) == 0) return(NULL) : 参数长度为零 该怎么办！帮你完美解决！
俺要要要终于回来啦！！！今天！咱就帮助大家解决一个困扰多日的问题！是什么呢！铛铛铛铛！就是近期大家在孟德尔随机化分析中最常遇到的或！相信大家一定遇到过！因为我发现，私信和留言，还有交流群内，都快被这个问题刷屏了，而且似乎也没有什么好的解决方案出现！这是咱们使用之前在中的方法在线从 GWAS 数据库下载数据时会遇到的情况，真是让我们一筹莫展、二脸懵逼、三阳开泰、四处碰壁、「五」可奈何、六六不顺、七上八下、「八」酒消愁、「九」命呀！咱不慌！今天！一个偶然的情况下，我突然灵光乍现！就那么一试！哎呀！果然！搞定！
2024-07-11 17:03:22
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原创 数据挖掘 | Count数据去除批次效应后不是整数甚至还出现负值导致无法进行差异分析怎么办？
很多小伙伴们遇到了Count数据批次处理后不是整数甚至还出现负值的问题，这就导致无法使用某些包包进行差异分析。那该怎么办呢？ComBat-seq帮你搞定！走！一起看看去！
2024-04-25 21:50:48
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原创 孟德尔随机化（三）—— 再也不用担心网络或其他各种报错啦 | 从数据库下载数据到本地的数据处理方法
很多小伙伴们反映在使用代码下载数据时会遇到各种网络或其他报错问题，令人头大的那种！不要慌！从数据库下载数据到本地的数据处理方法这就来啦！
2024-04-19 15:03:25
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原创 看完不会来揍我 | 孟德尔随机化（二）—— 代码实操 | 附代码注释 + 结果解读
最近真的是超超超超超超超级多的小伙伴们在咨询孟德尔随机化相关的问题和课程，意想不到的那种多！那我怎么办嘞！整呗！主打的就是一个宠粉！
2024-04-15 17:23:57
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原创 R高级绘图 | P8 | 最最最最最简单的ROC曲线绘制并计算AUC的方法
不知为何！这两天超多小伙伴们询问ROC曲线相关问题，有的小伙伴觉得ROC曲线很复杂，画起来很麻烦；有的小伙伴提到不同模型训练得到的预测结果进行ROC曲线绘制时各种格式报错；也有来自非生物医学领域的小伙伴们也用到了ROC曲线，所以前来学习！今天，咱们就给大家介绍一种最最最最最最最最最简单的ROC曲线绘制方法！不管你是什么模型跑出来的结果，咱都百搭！不仅简单，而且万能！
2024-04-08 20:30:12
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原创 看完不会来揍我 | R包的下载与安装 | 再也没有一个包可以逃出你的手掌心啦
经常会有小伙伴们在群里提到一些R包安装相关的问题，真的是五花八门的报错内容和玄幻事件！我可太懂了！！！今天，就给你们一次性解决所有R包安装相关问题！！！！！
2024-04-02 19:08:02
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原创 如何快速下载GEO数据并获取其表达矩阵与临床信息 | 附完整代码 + 注释
GEO数据库可以说是大家使用频率贼高的数据库啦！那它里面的数据怎么下载大家知道嘛！今天给大家展示一种快速获取它的表达矩阵和临床信息的方法！
2024-03-26 22:50:12
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原创 R语言绘图 | 带标签的火火火火火火火山图 | 标记感兴趣基因 | 代码注释 + 结果解读
在火山图中，我们有时候会想要标注出自己感兴趣的基因，这个时候该怎么嘞！还有还有，在添加标签时，可能会遇到元素过多或位置密集导致标签显示不全，或者虽然显示全了但显得密集杂乱，不易阅读的情况。这可咋整捏！话不多说，直接开干！（本节内容同时适用于其他散点型图表）
2024-03-18 20:06:11
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原创 怎么判断你的模型是好是坏？模型性能评估指标大全！（二）
模型性能评估指标，大家一定不陌生！很多小伙伴们都说难，但是它真的很重要很重要很重要！它会对我们的模型有很多的指导，也会给我们真正做模型的时候提供一些指导性的思想，不然我们看到别人的东西只能跟着人家的思路走，不能有自己的想法，或者说没办法去”批判“他做得好还是不好！这多憋屈呀！来！咱学！给它学得透透的！
2024-03-14 23:13:08
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原创 生存预后不显著？最佳阈值来帮你！| 附完整代码 + 注释
大家在进行生存预后分析时发现结果不显著，是不是当头一棒！两眼一黑！难不成这就代表我们的研究没意义吗？NONONO！别慌！说不定还有救！快来看看最佳阈值能不能捞你一把！
2024-03-13 22:29:22
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原创 怎么判断你的模型是好是坏？模型性能评估指标大全！
模型性能评估指标，大家一定不陌生！很多小伙伴们都说难，但是它真的很重要很重要很重要！它会对我们的模型有很多的指导，也会给我们真正做模型的时候提供一些指导性的思想，不然我们看到别人的东西只能跟着人家的思路走，不能有自己的想法，或者说没办法去”批判“他做得好还是不好！这多憋屈呀！来！咱学！给它学得透透的！今天的分析会略微包含一丢丢数学相关内容，大家不要怕！冲！当然，不了解这些也没关系，不会影响大家应用！当然，了解它们一定会让我们更开心对不啦！
2024-03-12 22:35:47
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原创 MSigDB数据库 | 富集分析需要的基因集该去哪里找？如何选择适合自己数据的基因集？
富集分析可以说是我们的老帮手了！进行富集分析，就不能不提基因集，那基因集我们该去哪里找呢？我们又该如何选择适合自己数据的基因集呢？咱们今天就来浅浅唠一唠！最常见的操作就是去MSigDB数据库找现成的基因集，当然也可以自定义基因集，那既然有现成的，我们为什么还要多此一举去自定义呢？因为呀，总会有新发现的基因集或其它感兴趣的基因的集合对不对，甚至有些物种没有现成的基因集，我们只能自制，所以在之后我会教大家怎么制作自定义基因集，有需求的小伙伴们也可以催催我哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈！！！
2024-03-12 15:20:31
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原创 看完不会来揍我 | 生存分析详解 | 从基础概念到生存曲线绘制 | 代码注释 + 结果解读
大名鼎鼎的生存分析来咯！今天我就不叭叭叭了，咱们直接开始冲！（字有点多，希望大家不要嫌弃！）
2024-03-08 16:04:19
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原创 孟德尔随机化（一）| 随处可见的孟德尔随机化到底是什么？
近来咱们的各大群中，经常有小伙伴们会问到孟德尔随机化相关的问题，鉴于它的出现频率过高，咱们就不得不来唠唠喽！
2024-02-06 23:18:28
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原创 R高级绘图 | P2 | 带显著性标记的相关性气泡图 | 这也太高级了吧
新系列 —— R高级绘图，准备整理所有曾经绘制过的图图和未来需要的图图们的代码！预计这个系列会囊括所有常见图形，只提供高级绘图代码，基础绘图主要在 R语言绘图 系列中进行介绍，这个系列咱们主打：需要XX图？没问题！来这里！找到你要画的图！点进去！直接复制粘贴RUN！更新顺序随机，小伙伴们有急需想要的图图也可以后台告诉我！我给它优先更新！
2024-02-05 20:22:43
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原创 Linux 终端命令行配色修改 | 助你告别屏幕盯太久眼神涣散无法聚焦的痛苦！
今天的我想把新服务器账号的命令行更改一下配色，然后...然后...然后...就没有然后了，脑子就瓦特了！硬是想不起来那行命令，然后苦哈哈去之前的账号里复制粘贴去了哈哈哈哈哈，顺便分享一下！增加大家肉眼的快乐！！！
2024-01-31 22:14:38
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原创 R高级绘图 | P1 | 带边缘分布散点图 | 代码注释 + 结果解读
新系列 —— R高级绘图，准备整理所有曾经绘制过的图图和未来需要的图图们的代码！预计这个系列会囊括所有常见图形，只提供高级绘图代码，基础绘图主要在 R语言绘图系列中进行介绍，这个系列咱们主打：需要XX图？没问题！来这里！找到你要画的图！点进去！直接复制粘贴RUN！更新顺序随机，小伙伴们有急需想要的图图也可以后台告诉我！我给它优先更新！
2024-01-31 22:04:09
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原创 干货满满 | 给生信小白的入门小建议 | 掏心掏肺版
经常有小伙伴们会问到，**“我该如何入门生信”、“生信小白该怎么开始上手”、“不知道从哪里开始学”、“可以先不学R语言和Linux吗”**等等问题。其实入门这个问题叭，有点庞大，一句两句还真说不清！今天，咱们就来碎碎念一波！
2024-01-30 15:47:35
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原创 差异分析三巨头 —— DESeq2、edgeR 和 limma 包 | 附完整代码 + 注释
前面我们介绍了[看完还不会来揍/找我 | TCGA 与 GTEx 数据库联合分析 | 附完整代码 + 注释](https://mp.weixin.qq.com/s/VUDl2PUtMVz4kO0CBPSTIg)，很多粉丝朋友私信想要我分享一下如何利用得到的混合矩阵进行差异表达分析，那今天我们就一鼓作气！把最最最经典的三个差异分析工具 —— DESeq2, edgeR 和 limma 包，以及如何通过得到的差异基因绘制火山图、热图等等，给大家进行一个详细的介绍！
2024-01-28 19:50:12
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原创 【中英双语】Illumina测序原理详解 | 边合成边测序/Sequencing by Synthesis
很多朋友们问我视频讲解时用的笔记可不可以分享，那当然必须是可以呐！但我当时其实没有好好记录，只是打了个草稿就开讲啦！既然大家有需求，俺就重新整理了一下，希望可以帮到大家！
2024-01-28 19:45:55
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原创 数据挖掘 | 批次效应的鉴定与处理 | 附完整代码 + 注释 | 看完不会来揍我
数据整合后，批次效应的处理是非常重要的！这里面的学问可大着呢！这不！今天！超级无敌保姆级的批次处理教程来咯！快来看看有没有新鲜的知识叭！
2024-01-27 22:08:59
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原创 R语言绘图 | 列线图/诺莫图（Nomogram）和校准曲线（Calibration）| 代码注释 + 结果解读
前面已经介绍了高级森林图的画法，今天我们就来介绍另一种用于可视化Logistic或Cox回归分析结果的方式 —— 列线图（Alignment Diagram），也称诺莫图（Nomogram）。
2024-01-25 16:01:24
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原创 科研人/学术狗专属微信红包封面你抢到了嘛！
之前有提到系统奖励了6000个红包……红包封面！很多小伙伴们都说想要哈哈哈哈哈哈哈哈哈，那我必须满足对不对！主打的就是一个宠粉！
2024-01-25 14:12:49
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原创 R语言绘图 | 高级森林图（Forest Plot）| 多种方法详解 | 代码注释 + 结果解读
森林图（Forest Plot）用于可视化比较多个研究结果的效应大小和置信区间，通常用于汇总和比较不同研究的结果，特别是在荟萃分析（Meta-Analysis）中。当然，我们之前构建过的也可以用森林图展示结果。森林图提供了一种方式来呈现多个研究的数据，可以帮助我们更好地理解不同研究之间的一致性和差异性，以及整体效应的大小。我们先介绍一下森林图，大家如果不需要的话，也可以跳过这部分直接去看代码实现部分哟！
2023-12-22 23:46:05
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原创 使用 git 命令行上传项目到 GitHub（以 R 包为例）
今天我们介绍的内容为如何使用 git 命令行上传项目到 GitHub，其中会涉及到一些关于 R 包发布的简单介绍。其实这篇笔记是因为想要介绍如何将 R 包上传分享给他人使用才有的，而 GitHub 上传项目步骤都是相同的，不管是 R 包还是其他，所以就正好借这个机会，详细介绍一下上传项目到 GitHub 啦！
2023-06-27 00:02:29
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原创 要知道的命令：htop 助你心中有数 | Linux 系统下 htop 命令详解
这几天在跑超级超级巨大的计算量的东西，然后就挠心挠肺地想知道我的进程怎么样啦、计算资源够不够啦等等！所以就极其地频繁使用htop！应该说是我就挂着没退出过哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈！然而，它这个界面吧，虽然大致有数，但也不是全懂，所以就想了解一下。查了半天吧，又想着，学都学了，干脆系统总结一下得了，造福自己造福大家！嗯！所以！我带着我的笔记来啦！接下来请收看 —— htop助你心中有数
2023-05-22 01:06:30
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原创 R · R 包开发 | 保姆级教程
为啥子要开发包？嘿嘿嘿嘿嘿！！！1. 让一套常用函数及其使用说明文档更加容易取用。2. 创造一个能解决重要分析问题（比如数据可视化）的程序（一套相关函数）。3. 传世之作，福泽天下！4. 方便自己！5. ......
2023-03-08 03:57:17
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原创 R Markdown 的使用｜保姆级教程
R Markdown是R语⾔环境中提供的Markdown编辑⼯具，⽤R Markdown撰写⽂章，既可以像⼀般的Markdown编辑器⼀样编辑⽂本，也可以插⼊代码块，并将代码运⾏结果输出在Markdown⾥。这种格式我们称之为R Markdown格式，简称为Rmd格式，相应的源⽂件扩展名为.Rmd。输出格式可以是HTML、docx、pdf等。
2022-11-29 12:03:12
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原创 命令的选项参数太复杂记不住？使用 alias 给命令定义别名
俺在之前发了tree的平替，它不是超级长嘛，这不有位超级无敌帅气的大善人告诉我用alias设置个别名就好啦，这不来交作业了！首先alias是什么呢？alias命令用于设置命令的别名，也可以是命令带选项参数，利用它我们就可以不必记住太多复杂的选项参数，只需将它们设置成别名就好啦！若仅输入alias，则可列出目前所有的别名设置。语法：alias [别名]=[指令名称]理论存在，实践开始！首先，准备好定义别名的命令，咱这里就以tree为例，详见这里alias treee="find . -pr
2022-05-06 17:33:05
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原创 Linux 下不能用 tree 命令怎么办？
一般遇到这个问题，各路大神是不是都会告诉你是因为没有安装。$ tree-bash: tree: command not found那确实，没有这个命令，我要是没安装的话确实需要安装一下，哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈！但是，咱们为什么不能用呢？是因为不会安装吗？并不是！网上教程真是一抓一大把，可惜呐，我辜负了大神们的良苦用心！家人们！咱就是说！我不能装！纯纯是因为！莫！得！权！限！「我指的是服务器，我指的是我这种小菜鸟」什么yum install tree -y啦apt-get insta
2022-05-06 15:19:00
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原创 【R ·我的报错日常】Error in grid.Call(C_convert, x, as.integer(whatfrom), as.integer(whatto), : Viewport ha
如果你出现下方所示报错，莫慌！Error in grid.Call(C_convert, x, as.integer(whatfrom), as.integer(whatto), :Viewport has zero dimension(s)你绝对想不到是什么原因，我折腾一个小时，又是查资料，又是改参数，研究半天也一脸懵逼，解决问题的一瞬间简直是捶胸顿足，一口老血没喷上来！请往下看！是不是一片白花花！你猜怎么着！把它的面积拉大一点就好了！拉大一点就好了！就好了！请往下看，见证奇迹
2022-04-04 23:41:24
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原创 利用 bioconda 管理生物信息软件
1 了解 conda，anaconda，miniconda，bioconda1.1 condaconda是一个软件模块管理工具，也是一个可执行命令，其核心功能是包管理与环境管理，可以用来管理Python, R, Ruby, Lua, Scala, Java, JavaScript, C/ C++, FORTRAN等语言的模块。在python中使用比较多，有点类似于pip工具。conda的用途：快速安装、运行和升级包及其依赖项在计算机中便捷地创建、保存、加载和切换环境1.2 anaconda
2022-03-26 09:01:07
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