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RSS订阅原创 分子对接前准备：大小分子加氢
删除水分子：在pymol>框中输入：remove solvent，除蛋白结构中的小分子配体：remove organic,Select选择PI3K，点击save, 储存为PI3K_REV.pdb.删掉PI3K蛋白质，edit->delete,导入小分子，与蛋白质导入相同的步骤，同样的进行加氢处理，ligand->input->choose,选择小分子作为ligand。输出小分子，ligand->output->save as 64971.pdbqt,得到小分子的pdbqt格式的文件。同时对扭转键进行检测。
2024-06-27 11:33:56
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原创 分子对接前准备（一）小分子mol文件下载及运用openbable格式转化
随后在output format下方框旁边的下拉三角选择pdb格式，点击中间的CONVERT按钮进行转换，转换成功后output below会显示转换后的信息，转换成功的文件一般储存于下载好的小分子文件内。点击1E7U，进入后点击右上方Download Files，选择PDB Format下载。在左侧input format下方框点击下拉三角符号，选择下载的SDF格式，如下图。在图中蓝色矩形小框点击选择之前下载好的小分子文件，点击打开。下载好后打开Openbable 软件，如下图所示。
2024-06-26 08:47:20
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原创 Win11系统AutoDock MGLtools安装
双击下载好的程序安装，这里的MGLtools尽量安装在默认路径，不然可能会出现卡死的结果，按照提示一直进行，安装结束后桌面会出现以下4个图标，运行AutoDock只需使用AutoDockTools-1.5.7。、在output某个文件时，需要随时观察保存文件夹下的文件是否正确生成，有时AutoDockTools软件会生成不带后缀的无效文件，需要手动重命名修改后缀，再重新替换保存，才可正常运行。下载完成后，双击下载好的程序安装，系统默认安装在C盘，改到D盘。打开后如下图，点击下载，选择相应版本下载。
2024-06-25 10:19:24
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空空如也
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