分子对接前准备（一）小分子mol文件下载及运用openbable格式转化

【准备大分子蛋白】（以PI3K为例）

打开PDB网站，链接如下

RCSB PDB: Homepage

搜索框输入PI3K后如下

点击1E7U，进入后点击右上方Download Files，选择PDB Format下载

【准备小分子蛋白】（以Compound CID：64971药物成分为例），在pubchem搜索小分子

点开2D结构，点击Download Coordinates

保存SDF格式

下载好的SDF格式需转化为PDB格式

【下载OpenBable 3.1.1】

下载好后打开Openbable 软件，如下图所示

在左侧input format下方框点击下拉三角符号，选择下载的SDF格式，如下图

在图中蓝色矩形小框点击选择之前下载好的小分子文件，点击打开

打开后如图所示，左侧显示相关信息

随后在output format下方框旁边的下拉三角选择pdb格式，点击中间的CONVERT按钮进行转换，转换成功后output below会显示转换后的信息，转换成功的文件一般储存于下载好的小分子文件内。