分子对接前准备：大小分子加氢

用pymol打开PI3K分子：点击File—open打开PI3K PDB格式文件

删除水分子：在pymol>框中输入：remove solvent，除蛋白结构中的小分子配体：remove organic,Select选择PI3K，点击save, 储存为PI3K_REV.pdb.

用AutoDockTools打开“PI3K_REV.pdb”

加氢：Edit→Hydrogens→Add，点击OK，后覆盖保存为“PI3K_REV.pdb”。

设置PI3K为大分子蛋白，点击Grid→Macromolecule→Choose，保存成“PI3K_REV.pdbqt”。

处理小分子

删掉PI3K蛋白质，edit->delete,导入小分子，与蛋白质导入相同的步骤，同样的进行加氢处理，ligand->input->choose,选择小分子作为ligand

 

同时对扭转键进行检测。ligand->torsion tree->detect root，得到如下结果

ligand->torsion tree->choose torsions>Done

红色的是不可以被扭转的，绿色的是可以扭转的

输出小分子，ligand->output->save as 64971.pdbqt,得到小分子的pdbqt格式的文件。