miniconda创建虚拟环境

 

生信大白记第5记-miniconda创建虚拟环境

在linux服务器中创建虚拟环境，允许你为每个项目创建独立的Python环境，这样你可以为不同的应用程序或服务安装不同的依赖版本，而不会相互干扰。在不同的虚拟环境下进行不同的项目分析。

在服务器上使用虚拟环境的主要原因包括：

1. 隔离依赖

虚拟环境允许你为每个项目创建独立的Python环境，这样你可以为不同的应用程序或服务安装不同的依赖版本，而不会相互干扰。例如，一个项目可能需要Django 2.2，而另一个项目可能需要Django 3.0。虚拟环境可以避免这些版本冲突。

2. 避免全局污染

在服务器上直接在全局Python环境中安装包可能会导致全局环境变得复杂且难以管理。全局环境中的包更新或删除可能会影响到系统中其他依赖这些包的应用程序。使用虚拟环境可以保持全局环境的整洁和稳定。

3. 简化依赖管理

虚拟环境使得依赖管理变得更加简单。你可以使用requirements.txt文件记录项目所需的所有包及其版本，并在其他环境中快速复制这些依赖。这对于部署和迁移应用程序非常重要。

4. 确保一致性

在开发和生产环境中使用虚拟环境可以确保环境一致性。开发人员可以在本地创建与生产环境相同的虚拟环境，从而减少因为环境差异导致的问题。

5. 安全性

在虚拟环境中运行应用程序可以限制其访问全局环境中的包和系统级资源，这在某些情况下可以提高安全性，防止潜在的安全风险影响到系统的其他部分。

6. 便于调试和测试

在虚拟环境中进行测试和调试可以避免对全局环境的影响。你可以在虚拟环境中模拟和测试不同的配置和依赖，确保应用程序在各种环境下的兼容性。

7. 支持多个项目

服务器上可能会运行多个项目或服务，使用虚拟环境可以确保每个项目的依赖和设置是隔离的，从而简化管理和维护工作。

如何在linux服务器上创建虚拟环境？

我们可以借助miniconda这个工具。Miniconda是一个轻量级的Python和R环境管理工具，它包含了最基本的Conda包管理器和Python解释器，而不是像Anaconda那样预装大量的科学计算和数据分析库。Miniconda允许你根据需要安装和管理软件包，提供了更大的灵活性和控制力。通过Miniconda，你可以创建和管理虚拟环境，并通过conda命令安装额外的库。

cd /data1/ganyuli
mkdir software
cd software


##配置miniconda,教程：https://www.jianshu.com/p/738f4f32b1ed

wget https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

bash  Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

Miniconda3 will now be installed into this location:
/home/ganyuli/miniconda3

  - Press ENTER to confirm the location
  - Press CTRL-C to abort the installation
  - Or specify a different location below

[/home/ganyuli/miniconda3] >>> /data1/ganyuli/software/miniconda3





#安装位置
/data1/ganyuli/software/miniconda3

alias condaac='source /data1/ganyuli/software/miniconda3/bin/activate' 

condaac

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config  --set show_channel_urls yes

conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/r/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config  --set show_channel_urls yes


conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/pro
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/r
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config  --set show_channel_urls yes

#https://www.shuzhiduo.com/A/QW5YyXl35m/
conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels defaults
conda config --add channels r
conda config --add channels bioconda

conda config --show channels  

##########以下是conda常用命令，不必照搬
#创建rna流程环境，指定python版本为3，同时下载sra-tools 软件
conda create -n rna_p3 python=3 sra-tools               
conda env list                                      #查看环境
conda activate rna_p3                               #进入conda 环境
conda deactivate                                    #退出当前conda环境

#如果想重命名环境：先新建clone再进行删除
conda create -n rna --clone rna_p3
conda remove -n rna_p3 --all


#conda安装包在线查询 https://anaconda.org/
conda install （-y）软件名            # 安装软件
conda install 软件名=版本号           # 安装特定版本软件
conda search 软件名                   #搜索软件
conda list                           # 列出已安装软件
conda update  软件名                   #更新软件 
conda remove 软件名                   #卸载软件


#若想在脚本中切换conda环境，脚本内容如下，脚本执行完后会自动退回当前环境
source  ~/miniconda3/bin/activate  rna_p3
python --version
conda info --envs
#####命令
python --version
conda info --envs



#如果想要迁移环境中的安装包到其他计算机上，可以导出yaml文件
conda env export --file rna_p3_env.yaml --name rna_p3
conda env create -f rna_p3_env.yaml

生信大白记第5记，就到这里，关注我！

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