使用SPM12对fMRI数据进行预处理和统计分析

预处理：

一、时间矫正

点击SliceTiming

图像观察软件：MRIcroN

打开fMRI图像数据

Windows->information

Number of Slices：

 

TR：

TA：根据公式TR-（TR/Number of Slices）

eg:Slice order:1:2:36 2:2:36

Reference Slice:一般是选中间层 Number of Slices/2  （除不尽向下取整）

Filename Prefix:前缀  即出来的图像的前缀是什么

RUN

二、头动校正：Realign（Est&Res）

Data->Session->选中刚才时间矫正过的文件 过滤处填a->done

其余参数不需要改动，因为前人已经验证过参数是最有效的。

头动大的话就把数据去掉。

运行结束后生成一个txt文件，记录在每一个时间点头动的情况，把txt文件导入到matlab里面去读取就可以看到头动的变化。

RUN

三、空间配准：

功能像配准到结构像 Coregister

Reference Image：T1像（空间分辨率比较高）

Source Image：刚刚做过头动校正的那些文件选中，头动校正之后不会生成新的文件，还是a开头的功能像。

RUN

结构像配准到功能像 Normalise

把像配准到标准空间 Normalise->Est&Wri

Image to Align -> T1像 （mean）

Image to Write -> 刚才配准完的图像

Affine Regularisation -> East Asian brains （亚洲脑）emmm亚洲的比一定比欧洲的好用
RUN

结构像 anat

四、空间平滑：

平滑前wr开头

swr是平滑后

Images to smooth:选择配准之后的文件

FWHM：选择体素大小的二倍

 

统计分析：

一、一阶分析：

点击Specify 1st-level

Directory: 要存储数据的地方

Units for design:Seconds  Scans=Seconds/TR+1

Interscan interval:扫描时间  eg：2秒扫一个

Data&Design： 实验设计

New Session：实验Session

Scans：数据平滑完之后的数据都导进去（S开头的）

Conditions:设计实验条件

生成一个spm.mat的文件，里面有刚刚设计的参数

调用文件去做估计

点击Estimate（采用一般线性模型去做一个估计，来得到每一个体素的激活情况）

选中刚才出来的Select SPM.mat

RUN

生成beta值文件  即每一个Condition下的系数

点击Result

把SPM.mat的文件导进去 去做一个统计分析的矩阵

可以选T检验或者F检验

设计统计分析

 done

调参