使用MarsBaR创建ROI（基于MATLAB或者SPM）

通常在脑成像数据处理中，会把某些ROI中的信号提取出来，来和行为或是其它脑区数据做相关。

功能连接，就是把某个脑区做成ROI，也叫种子点，提取出其信号随时间点变化的序列，然后用这个序列去和全脑体素做相关，相关较强的脑区就是与这个种子点功能连接显著的脑区。

一、下载安装MarsBar。

二、在MATLAB中点击设置路径，添加文件，加入MarsBar文件路径。

三、进行平滑预处理

四、在MATLAB中输入marsbar，弹出MarsBaR界面

 

 

根据激活创建ROI

点击ROI definition->Get SPM cluster(s)，选择spm.mat文件

（做过一阶分析之后的spm.mat文件）

在弹出来的窗口选择需要的contrast（T或F检验）

选择多重比较矫正（我选择的是FDR  p<0.005）

回车会后出现结果图。

在激活图区域右击选择goto global maxima来选择可视皮质中的激活群集。

点击Write ROI -> Write one cluster -> 选择默认值

选择默认选项，回车保存到想要位置。

点击View，查看ROI，选中刚才保存的ROI.mat文件，查看结果。

将生成的ROI的MAT文件转换成image格式

选中要转换的.mat文件

在弹出的框中选中Base space for ROIs

选中转换后的image文件要存储的位置。

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