2020年08月_Esctrionsit

原创 1B/1R易位是什么

1BL/1RS是指通过将黑麦的1R染色体短臂，易位到小麦1B染色体长臂，而形成的小麦-黑麦易位染色体。由于1R短臂上带有抗小麦叶锈病、秆锈病、条锈病和白粉病基因，含有1BL/1RS的种质在世界小麦育种中得到了广泛应用。我国广泛利用的1B/1R系主要来自70年代初引入的“洛类”品种。然而，随着时间推移，今天1R短臂上携带的抗病基因已丧失抗病性，但大量带有1B/1R的品种仍在生产和育种中应用。有研究表明，来自于“洛类”系统的1BL/1RS易位染色体在周麦18和郑麦9023遗传背景下对产量及其相关性状没有显著正

2020-08-02 18:33:25 1015

原创 SnpHub搭建（四） | SnpHub实例的上线

在装好了环境（SnpHub搭建 | CentOS 7下配置SnpHub所需系统环境）、准备好了数据（SnpHub搭建 | 数据预处理与样本描述文件准备）、填好配置文件（SnpHub搭建 | 手动处理数据后的配置文件填写）之后，就可以准备将SnpHub实例上线使用了。0. 目录1. Shiny-Server的安装2. Shiny-server的简单配置与SnpHub实例上线3. Shiny-server配置其他应用路径1. Shiny-Server的安装**官方介绍：**Open Source Shi

2020-08-01 14:40:32 269

原创 SnpHub搭建（三） | 手动处理数据后的配置文件填写

在完成了数据的手动预处理和样本描述文件的准备（处理教程：SnpHub搭建 | 数据预处理与样本描述文件准备）之后，就可以开始配置SnpHub实例了。0. 目录1. SnpHub框架下载2. 填写配置文件不需要或信息缺失时的处理3. 特殊配置项目3.1 使用自定义路径的SAMtools工具集与seqkit3.2 引入其他位置的R lib1. SnpHub框架下载可以从GitHub上进行SnpHub框架的下载。下载方法可以是直接用git clone，也可以下载为zip文件。git clone https

2020-08-01 14:39:35 270

原创 SnpHub搭建 | 数据处理中可能出现的问题

1. VCF文件中出现了position顺序不对（未排好序）使用bcftools sort进行排序bcftools sort xxx.vcf -Oz -o xxx.sorted.vcf.gz2. bcftools在写文件时，因为contig未出现在header中而报错使用bcftools reheader的-f参数，将参照基因组fasta的fai文件中的contig信息加入vcf的header中。bcftools reheader -f ref.fasta.fai xxx.vcf.gz -o

2020-08-01 14:38:12 307 1

原创 SnpHub搭建（二） | 数据预处理与样本描述文件准备

SnpHub提供了一个自动化的数据预处理脚本，在填写了配置文件后运行脚本即可（细节在这里https://esctrionsit.github.io/snphub_tutorial/content/Setup/quick_deploy.html）。但是，对于某些情况，手动预处理数据仍有优势。因此，本文将介绍SnpHub所需数据的手动预处理步骤。同时，还将介绍SnpHub所需的样本描述文件的格式。本文采用的数据集搭建的SnpHub实例可点击此处查看。0. 目录1. 数据准备2. 索引FASTA与GFF33

2020-08-01 14:37:19 553

原创 SnpHub搭建（一） | CentOS 7下配置SnpHub所需系统环境

SnpHub（主页：http://guoweilong.github.io/SnpHub/）是一款针对大规模基因组变异数据的数据库模型，提供在线的快速检索与轻量级的分析、可视化功能。目前，SnpHub已于GigaScience杂志在线发表（https://doi.org/10.1093/gigascience/giaa060）。本文将介绍SnpHub所需系统环境的配置方法和一些问题的解决方案。考虑到CentOS 7系统作为一款稳定可靠且开源免费的Linux发行版系统，在服务器中十分常见。同时，一些依赖项在C

2020-08-01 14:35:42 394

原创文献阅读 | Tracing the ancestry of modern bread wheats

Pont C, Leroy T, Seidel M, et al. Tracing the ancestry of modern bread wheats[J]. Nature genetics, 2019, 51(5): 905-911.1. 文章结论1.1 小麦基因组多样性为了探索目前能够进入小麦基因池中的多样性的起源与模式，坐着组装了一个世界范围的、拥有487个基因型的、包含wild diploid and tetraploid relatives, domesticated tetrapl.

2020-08-01 14:33:03 698

原创文献阅读 | Distribution of Parental Genome Blocksin Recombinant Inbred Lines

Martin O C. Distribution of Parental Genome Blocks in Recombinant Inbred Lines[J]. Genetics, 2011, 189(2): 645-654.整体上，作者通过理论计算，得出了RIL群体中，单倍型块的长度分布、数量分布等统计学特征，并经过与实际实验的验证证明了理论结果的准确性。在计算上，作者通过马尔可夫过程来简化计算过程，并给出了相关代码文件。作者证明了块的长度分布类似指数分布，证明了用指数分布近似RIL情况是合理的.

2020-08-01 14:30:54 191

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