- 博客(4)
- 资源 (3)
- 收藏
- 关注
RSS订阅原创 vcftools手册重要参数集合
在之前的一篇文章中，我们用到了vcftools来过滤得到的原始vcf文件，不过由于时间关系，过滤的参数还有待优化。其实我后来请教了师兄师姐，得知我们应当先了解vcftools的具体参数，然后选择自己所需参数去过滤数据，随后根据跑出来的树的结果不断调整范围直至吻合心目中理想的结果。所以我去看了原版的vcftools使用手册http://vcftools.github.io/man_latest.html然后总结了一些对于我来说比较用得上的，下面结合最近的计算结果写一写。首先是一些基本选项：•输
2021-11-10 09:38:25
2748
原创 R语言中用ggplot2做泡泡图
怎么说呢，简单是简单，但是把一堆数处理成能画图的数据对新手来讲还是挺有挑战性的以下是加载R包处理数据的内容###加载R包library(dplyr)library(tidyr)library(tibble)library(ggpubr)###读取数据getwd()load(file = "D:/BaiduNetdiskDownload/果子生信/Guozi_Maincourse/2021-test/2021.9.24/data/TCGA_steal_data.Rdata")#处理数
2021-09-26 15:40:21
1689
1
原创 在R语言里用ggplot2做箱式图和散点图笔记
一、画箱式图###加载R包library(ggpubr)library(ggplot2)###加载数据getwd()load(file = "D:/BaiduNetdiskDownload/果子生信/Guozi_Maincourse/2021-test/2021.9.24/data/TCGA_steal_data.Rdata")###加入比较数据,这里是把subgroup列里其他元素和normal比较，将数据储存在my_comparisons中my_comparisons <-
2021-09-26 10:22:55
6629
3
原创 R语言用ggplot2制作火山图笔记
```{r}##加载R包library(ggplot2)library(ggrepel)###加载数据data <- allDiff###加一列genedata$gene <- rownames(data)###确定X轴、Y轴ggplot(data=data, aes(x=logFC, y =-log10(P.Value))) + ## 画点，x轴小于等于1的点为黑色 geom_point(data=subset(data,abs(data$logFC) <= .
2021-09-24 11:04:36
2586
1
world climate2.1-2.5m的处理好的bio气候因子
2022-04-18
空空如也
TA创建的收藏夹 TA关注的收藏夹
TA关注的人