在R语言里用ggplot2做箱式图和散点图笔记

一、画箱式图

###加载R包
library(ggpubr)
library(ggplot2)
###加载数据
getwd()
load(file = "D:/BaiduNetdiskDownload/果子生信/Guozi_Maincourse/2021-test/2021.9.24/data/TCGA_steal_data.Rdata")

###加入比较数据,这里是把subgroup列里其他元素和normal比较，将数据储存在my_comparisons中
my_comparisons <- list(
  c("Basal", "Normal"), c("Her2", "Normal"),
  c("LumA", "Normal",c("LumB","Normal"))
)
###画图，用ggboxplot函数，第一个参数是文件名，设定X轴、Y轴，
ggboxplot(
  TCGA_steal_data, x = "subgroup", y = "ESR1",
###颜色分类以subgroup列为准，后面是颜色参数，拿不准可以用帮助文件查看 
   color = "subgroup", palette = c("aaas"),
###在箱式图上加点
add = "jitter" )+
####后面是增加比较数据并给标尺
  stat_compare_means(comparisons = my_comparisons, method = "t.test")

生成的图片

二、画散点图

###加载R包
library(ggpubr)
library(ggplot2)
###加载数据
getwd()
load(file = "D:/BaiduNetdiskDownload/果子生信/Guozi_Maincourse/2021-test/2021.9.24/data/TCGA_steal_data.Rdata")
###画图，用ggboxplot函数，第一个参数是文件名，设定X轴、Y轴，
ggplot(
  TCGA_steal_data, aes(x = ESR1, y = BRCA1))+
###颜色分类、形状分类以subgroup列为准
  geom_point(aes(color =subgroup, shape =subgroup))+
###设定颜色参数
  scale_color_manual(values = c("red", "blue", "orange","violet", "green" ))

结果图

 导出结果

## 加载R包
library(export)
## 导成PPT可编辑的格式
graph2ppt(file="dotplot2.pptx")

## 导成AI可以编辑的状态
graph2eps(file="dotplot2.eps")
graph2pdf(file="dotplot2.pdf")
graph2png(file="dotplot2.png")
graph2tif(file="dotplot2.tif")

 总结，当函数里参数搞不懂可以复制函数，然后？函数，查看帮助文档，找到所需参数查看使用方法

本图中数据来自果子学生信课程，但里面的代码都是我自己总结注释的，算是学习笔记吧，希望能对大家有所帮助