非因解读 | DSP空间转录组技术揭示食管鳞状细胞癌三级淋巴样结构的预后价值及分子特征

食管鳞状细胞癌(oesophageal squamous cell carcinoma,ESCC)是中国第三大常见恶性肿瘤。研究发现,肿瘤微环境(tumor microenvironment,TME)中的免疫细胞与患者的预后有关。肿瘤浸润T细胞(tumor infiltrating lymphocyte, TIL)作为癌症免疫治疗的研究重点,为不同类型的癌症(包括ESCC)抗肿瘤免疫作出了重要贡献。然而,肿瘤浸润B细胞的作用却很少被探索。TME中的B细胞通常形成三级淋巴结构(tertiary lymphoid structures,TLSs),在肿瘤适应性免疫中起关键作用。然而,TLSs在ESCC患者中的预后价值和分子特征尚未明确。

为了深入研究TLSs在ESCC患者中的预后价值和分子特征,中山大学肿瘤防治中心文静课题组在《Clinical and Translational Medicine》(IF:8.554)杂志上发表题为“The prognostic value and molecular properties of tertiary lymphoid structures in oesophageal squamous cell carcinoma”的文章,文中作者采用的数字空间多组学分析技术(Digital Spatial Profiler,DSP)由非因生物提供!

TIPS:成熟的TLS是一个具有生发中心(GC)的次生淋巴样滤泡,分为两个区,以中心母细胞为主的暗区(DZ)和中心细胞、滤泡树突状细胞为主的亮区(LZ);未成熟TLS为无GCs的淋巴细胞簇。

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研究目的

基于H&E染色玻片,研究者开发了一种深度学习(DL)TLS分类模型,以更精确和有效地评价TLS的存在和成熟状态;采用数字空间多组学分析技术(Digital Spatial Profiler,DSP)对ESCC中不同成熟状态下TLSs的细胞组成和分子特征及其对肿瘤细胞的潜在影响进行研究。

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实验设计

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