FynnBio的博客

2023年5月8日，非因生物空间组新成员——Xenium亚细胞空间原位分析技术平台首运行顺利完成。

研究团队利用单核DSP WTA空间全转录组分析技术和nCounter数字化多重基因表达谱分析技术针对24例不同治疗方式下的胰腺导管腺癌肿瘤样本，构建了一个高分辨率的免疫微环境空间分子图谱，研究结果提供了对常规疗法如何调节PDAC肿瘤微环境的肿瘤、免疫和基质成分的见解。通过 nCounter 多重基因表达分析技术对四个不同治疗组进行免疫表达谱差异分析，发现不同的治疗方案之间的差异和相关性，进一步联合差异分析后发现部分相关基因在FOLFIRINOX结合放疗组内的上调，同时伴随CD8和免疫检查点的上调。

然后，从中选择8例患者的组织切片，利用DSP空间全转录组技术获取与肿瘤组织相距不同距离的神经细胞的空间转录组表达谱，探究其变化的趋势，挖掘差异表达的基因并进行通路的功能分析，阐明了神经细胞和肿瘤细胞之间的相互作用，并发现癌症诱导的组织损伤能够调节神经突触的生成，并支持以神经-肿瘤距离来对PNI进行重新分类。研究确定了肿瘤和基质区域的特异性蛋白特征，生存分析表明，原发性肿瘤区域的CD25与生存率降低有关，而孕酮受体（PR）与OS改善有关，这些蛋白质特征，对HNSCC和淋巴结转移的发展具有预测和预后意义。

研究揭示了肺癌中局部肿瘤内微生物群的空间分布，及其与促进肿瘤生长信号的相关性，并提出减少肺癌患者的局部细菌负荷可能有潜在的治疗价值。然后根据单细胞测序分析的结果，利用病人配对的FFPE样本结合RNA Scope技术对新冠病毒进行原位杂交显色、同时通过荧光抗体显色描绘组织微环境，并结合DSP空间全转录组技术(WTA策略)进行了基于荧光形态学的感兴趣区域(ROI)选择，并对病毒侵染区域的PanCK阳性(上皮组织)与PanCK阴性(免疫基质细胞)区域的不同细胞构成、差异表达基因等信息进行深入全面的分析。

研究者观察到基质区间内数字计数和α-SMA的QIF评分之间有很强的一致性（R=0.68，P=3.3e-14），两种测定之间的高度一致性（图2E）。然后，使用中位截止点，研究者确认，与α-SMA基质表达低的患者相比， 通过单变量分析（图2F），高基质α-SMA表达的患者在DFS方面的表现明显较差[HR，3.12;本研究鉴定、表征并验证了α-SMA作为一种新的生物标志物，可预测曲妥珠单抗治疗后早期HER2阳性乳腺癌患者的复发，并为产生基于TME的新型伴随诊断测试奠定了基础。的研究性论文（图1）。

根据tSNE的总体基因表达概况，对所有AOI进行降维分析，差异表达基因的火山图分析、无监督聚类的基因表达热图分析等，最终找到了在上皮区和基质区特异性表达的基因，并通过IHC对这些基因进行了验证(图2)。这些与肿瘤相关的蛋白质可以作为CRC早期发现和适当分期的有希望的候选生物标志物。（1）早期结直肠癌(如pT1结直肠癌)特别适合用空间方法进行分析，因为同一病变内存在不同的组织，包括正常粘膜组织、不同程度发育异常组织以及肿瘤组织，从而代表恶性转化的早期过程，这是阐明支持CRC肿瘤发生的生物学过程的独特模型。

为了进一步探究FF样品的最佳提取方法，非因研发团队将表征良好的CLB1裂解缓冲液与方法5进行比较：使用相同的抗体比较FF组织样品的提取方法5-8，结果发现方法5对于FF组织样品裂解物读数的相关性非常高（R2≥ 0.93，p < 0.01，图 3b），所以非因研发团队继续使用已建立的方法5（不含磷酸酶抑制剂的AGLyse）在三个平行的乳腺组织选择中应用AP治疗，每个组织有3个独立的重复。随后在临床标本中验证该工作程序的重复性和特异性，表明其在基于组织的磷酸蛋白分析方面的潜力，具有进一步的临床意义。

脑转移(BrMs)是中枢神经系统(CNS)恶性肿瘤的主要组成部分，其中肺癌占所有脑转移的50%左右。一旦癌症扩散到大脑(肺癌晚期的常见事件)，治疗方案就非常有限，且BrMs患者的5年生存期< 5%。肿瘤微环境(TME)在促进癌细胞迁移和侵袭基底膜以启动转移，并促进癌细胞在转移部位的定植和生长方面起着至关重要的作用。脑转移位(或肿瘤支持的TME)的存在，维持了患者体内转移癌细胞的存活。鉴于BrMs高发率和高死亡率的普遍性，迫切需要确定患者分层的预后生物标志物，干预的治疗靶点，以及治疗反应的基因组和转录组相关性

01研究背景急性髓系白血病（AML）是一种血液系统恶性肿瘤，其特征在于造血系统中白血病细胞的增殖和积累失调。AML 的诱导治疗依赖于强化化疗，化疗耐药白血病复发是急性髓系白血病（AML）患者最常见的死亡原因之一，骨髓中的归巢/移植（BM）是AML细胞通过与基质细胞成分相互作用获得化学抵抗力的关键步骤。然而，许多患者在传统化疗后预后较差。据报道，许多因素参与了AML化疗药物耐药的发展：ABC转运蛋白，凋亡失调，基因突变和骨髓（BM）生态位，但所涉及的确切机制仍有待确定。METTL3介导的m6 A 修饰在体内外

对复杂的肿瘤微环境蛋白质组进行准确的量化分析和特征表征，需要两类蛋白标志物：一种是细胞类型鉴定标志物（如各类细胞特异性表面抗原及组合）；关于肿瘤微环境空间蛋白研究的常见技术平台主要分为两类：基于质谱的空间蛋白组学技术和基于荧光抗体的空间蛋白组学技术（，基于荧光标记抗体染色的超多标组织成像技术，通过专利保护的染色成像方法，突破了H&E染色、免疫组化和传统免疫荧光10个biomarkers以内的限制，对肿瘤免疫微环境进行更精细划分（细胞邻域），单细胞分辨率下分析微环境细胞类型、占比以及细胞间的通讯。

目前，乳腺癌的亚型模式是采用激素受体（HR）、人表皮生长因子受体-2（HER2）的表达状态来进行分子分型，同时也预测其内分泌治疗、抗 HER2 靶向治疗等疗效。近年来，乳腺癌的新型靶向治疗的快速发展，极富前景，包括 PARP 抑制剂、PI3K 抑制剂、mTOR 抑制剂及免疫治疗等，但 HR 和 HER2 的状态并不足以精准预测这些新型治疗的疗效。因此，基于目前已有的新型治疗策略对乳腺癌进行再分型迫在眉睫。I-SPY2 试验平台是一项针对高风险早期乳腺癌的持续

为了深入研究TLSs在ESCC患者中的预后价值和分子特征，中山大学肿瘤防治中心文静课题组在《Clinical and Translational Medicine》（IF：8.554）杂志上发表题为“The prognostic value and molecular properties of tertiary lymphoid structures in oesophageal squamous cell carcinoma”的文章，文中作者采用的数字空间多组学分析技术（Digital Spatial

单细胞空间蛋白组分析是一项基于荧光标记抗体染色的超多标组织成像技术，该技术将多重蛋白表达谱的定性、定量信息与单细胞组织原位信息进行整合，可在一张病理切片上基于组织及细胞原位对多达60 种蛋白进行多种分析。

单细胞空间蛋白组分析是一项基于荧光标记抗体染色的超多标组织成像技术，该技术将多重蛋白表达谱的定性、定量信息与单细胞组织原位信息进行整合，可在一张病理切片上基于组织及细胞原位对多达60 种蛋白进行多种分析。非因生物建立的单细胞空间蛋白组分析平台为临床病理组织的空间细胞生物学和蛋白功能深度分析提供了全新的分析手段，平台拥有350+ 经严格验证的抗体资源库，支持结合研究方向和研究热点设计灵活的整体实验方案，是肿瘤微环境、免疫学肿瘤生物学、神经生物学、病理标志物诊断的全新研究利器。

本文应用非因生物数字化空间分析技术（DSP）,对6例不同PRFT肾细胞癌（RCC）患者的FFPE样本(样本策略)进行空间转录组分析，研究表明，接受抗VEGF治疗的中国mRCC患者的身体成分，尤其是PRFT，与预后显著相关。本研究提出的纳入PRFT的IMDC模型具有更好的临床预测价值。

溃疡性结肠炎(UC)是炎症性肠病的主要形式。目前，UC的发病率全球范围内正在不断增加。虽然许多因素已被报道与UC相关，但对UC的病理认识仍然不足。肠嗜铬细胞(enterochromaffin, EC)作为肠内分泌系统的主要组成部分，在溃疡性结肠炎中起着关键作用，然而EC细胞的稀缺和分散分布严重限制了现有方法对其功能的研究。为了深入研究EC细胞在UC中的确切作用，2022年4月山东大学高等医学研究院李石洋课题组联合山东大学齐鲁医院消化内科实验室，在《Frontiers in Cell and Developm