创建1LZC的残留物L25-E35和S50-G54的选择。螺旋中有多少残基螺旋有多少圈?解释是否符合预期的螺旋的周期性?β链与另外两条β链形成一个β薄片，β链的方向是什么?1LZC的哪条β链的残基最少

蛋白质生物学：从序列到结构和疾病

        Create a selection of the residues L25-E35, and S50-G54 of 1LZC. How many residues are in the helix and how many turns of helix are there? Explain if this corresponds to the expected periodicity of an alpha helix? The β-strand forms a β-sheet with two other strands, what is the orientation of the β-strands? Which β-strand of 1LZC has the least number of residues?

同译：

        创建1LZC的残留物L25-E35和S50-G54的选择。螺旋中有多少残基螺旋有多少圈?解释一下这是否符合预期的螺旋的周期性?β链与另外两条β链形成一个β薄片，β链的方向是什么?1LZC的哪条β链的残基最少?

下面给出完整详细的解答：

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首先使用Pymol3.1 创建残留物L25-E35和S50-G54，并将它们涂成红色。

得到：

螺旋残基及螺旋圈数

螺旋中的残基（L25-E35）：

1. 选择包括残基L25到E35，这些残基构成部分α螺旋。
2. α螺旋通常每圈包含3.6个残基。
3. 序列长度为 35−25+1=1135 - 25 + 1 = 1135−25+1=11 个残基。

螺旋圈数：

1. 计算螺旋圈数，将残基数除以α螺旋的周期性。
2. 螺旋圈数 ≈113.6≈3\approx \frac{11}{3.6} \approx 3≈3.611​≈3 圈。
3. 这个结果符合α螺旋的预期周期性，大约每圈3.6个残基。

β链和方向

β链（S50-G54）：

1. 选择包括残基S50到G54，这些残基构成部分β链。
2. β链通常是β片层的一部分，由多个β链通过氢键连接而成。

β链方向：

1. β片层可以是平行的或反平行的。
2. 从图中观察到，β链相反方向排列，表明是反平行方向。
   • 平行： β链朝同一方向排列。
   • 反平行： β链朝相反方向排列。
3. 通过检查1LZC中β链的排列和方向，可以确定其方向。

最少残基数的β链：

1. 通过检查1LZC中的β链，识别残基数最少的β链：
   • S50-G54有5个残基。
2. 与蛋白质中的其他β链相比，确认最少残基的β链。

总结

α螺旋（L25-E35）：

1. 残基数： 11个残基。
2. 螺旋圈数： 大约3圈，符合α螺旋的周期性（每圈3.6个残基）。

β链（S50-G54）：

1. 方向： 反平行，基于图中箭头的方向。
2. 最少残基数的β链： S50-G54有5个残基；与其他β链相比确认最少残基数。

图中高亮显示了这些选定区域，展示了二级结构元素（α螺旋和β链），确定其结构特性。