GHZ2443063059的博客

一次搞定 VASP 安装 + 插件集成 + 高性能优化，彻底告别“makefile噩梦”和“集群作业卡死”。下面我也会详细的介绍每个插件的安装例如：VASPkit、ASE 3.22.x、p4vasp、VASPsol、VTST Tools、Bader Charge、LOBSTER、Wannier90、Phonopy、Ovito、CatKit；这11款是核心常用的插件。

💻 为什么选择高性能工作站？在高校、研究所、企业研发中，传统服务器昂贵且运维复杂、个人笔记本效率过低带不动，而高性能工作站可以成为您的“实验室超算替代方案”：✔ 更低成本：一台工作站即可替代数十万元服务器✔ 即插即用：软件全套预装，开机即可投入科研✔ 适配所有主流软件：VASP、Gaussian、GROMACS、CP2K、Materials Studio 等

本文针对Mac电脑（M系列芯片）安装Schrodinger软件的特殊需求，提供了一套完整的安装方案。目前该软件在macOS平台安装面临三大难点：M芯片架构特殊、官方文档稀缺、依赖环境复杂。文章详细解析了从获取DMG安装文件、配置环境变量到License授权的全流程，并验证了Maestro、Glide、Desmond等核心模块的可用性。相比于Windows系统，macOS安装虽然存在技术门槛，但在命令行操作和图形渲染方面具有独特优势。文末为需要远程协助的用户提供了技术支持渠道。

CP2K是一款功能强大的量子化学和固体物理模拟软件包，支持多种理论方法（DFT、MP2、RPA等）和模拟技术（分子动力学、蒙特卡洛等）。其核心优势在于大规模并行计算和线性缩放的电子结构方法，特别适用于固态、液态及生物系统的原子模拟。最新版本为2025.1，可通过GitHub获取源码。安装需配置Linux环境（如Ubuntu WSL2），包含工具链编译、MPI并行支持及GPU加速（CUDA/HIP）。测试表明，该软件能高效处理复杂计算任务，并提供多种优化选项。用户可根据需求选择CPU或GPU版本，并通过官方渠

摘要：文章介绍了高性能计算(HPC)领域Slurm作业调度系统与CP2K分子模拟软件的经典组合。Slurm作为集群资源管理器，具有资源分配、作业管理和调度仲裁三大核心功能，其架构包括主控制守护进程slurmctld、节点守护进程slurmd等组件。CP2K是一款支持DFT、分子模拟的开源软件，需要结合Slurm实现高效并行计算。文章还对比了Slurm与其他HPC软件的兼容性，并提供了多节点部署建议，强调Slurm与CP2K组合在科学计算中的高效性和稳定性。最后提供了远程安装服务的联系方式。

      BIOVIA Discovery Studio 是由达索系统（Dassault Systèmes）推出的高端分子模拟与药物设计平台，广泛应用于结构生物学、分子对接、虚拟筛选、蛋白质工程等研究领域。它集成了从蛋白质建模、小分子筛选到分子动力学模拟的一整套工具链，为科研人员提供了可视化、模块化、自动化的工作环境。

在分子模拟领域，PDBFixer 是被广泛应用的工具：PDBFixer 用于修复蛋白质结构文件，然而，在实际部署和使用过程中，很多用户会遇到这样的问题：我的电脑没有 NVIDIA 显卡，还能安装PDBFixer 吗？服务器上** CUDA 驱动不同步**，模拟报错怎么办？是选择 CPU 版 还是 GPU 加速版的PDBFixer ，如何权衡？本文将从 平台架构、安装方式、性能对比、适用场景 四个维度，全面解析 PDBFixer  在 CPU 和 GPU 版本上的区别，并提供一套实用的选择指南。

在结构生物学、药物设计和酶工程等研究领域，识别蛋白质的活性位点和结合口袋（binding pockets）是一项至关重要的任务。​幸运的是，科研人员可以借助多种先进的计算工具，快速、高效地完成这些预测分析工作。​本文将全面介绍 款主流的蛋白质结合位点预测软件，包括它们的核心功能、使用特点、适用场景以及官网地址，帮助大家快速选择合适的工具。​

VMD 2.0 是分子可视化软件发展的一个重要里程碑。其更高效的用户界面、卓越的渲染技术、显著的计算性能提升与灵活的扩展性，注定会在未来的科研应用中发挥重要作用。期待 VMD 2.0 的后续更新，以及windwos、mac版本的出现。

随着分子建模和计算生物学的快速发展，分子对接（Molecular Docking）、结合位点预测、相互作用分析以及动力学研究等领域的工具越来越重要。这些工具不仅帮助研究人员理解分子间的相互作用机制，还能加速药物设计和优化过程。NRGSuite-Qt，作为PyMOL的一个新插件，提供了一个集成多种功能的平台，使得分子建模和模拟的各个方面都能够得到高效且便捷的处理。

是一个用于修复和优化 PDB（Protein Data Bank） 文件的工具。PDB 文件用于存储蛋白质、核酸等生物分子和其三维结构数据，它们是分子建模、模拟以及其他生物学和化学分析中非常重要的文件格式。由于实验数据在获取时的种种限制（如X射线晶体学或NMR技术无法提供完整的结构信息），许多 PDB 文件可能存在缺失的残基、非标准残基或原子，甚至错误的结构。 通过自动化修复这些问题，生成一个完整、可靠、适合后续分析和模拟的 PDB 文件。它是基于 Python 的工具，用户可以在命令行中使用，也可以通过

在本篇中，我将介绍如何使用 **GROMACS** 进行以下操作：1. **分子对接** 提取最佳结合能的对接结果，然后抽取配体。2. 安装Linux（Ubuntu | CentOS）版本的Grace、VMD1.9.4 、Gromacs2024.1 CUDA支持的 **GPU加速版**；3. 对膜蛋白进行分子**动力学模拟**4. VMD查看**系统结构文件图像**（md.gro）5. VMD查看**轨迹文件图像**（md.trr）6. RMSD、RMSF

Generate an image of 1LZC with cartoon form coloured in an N-terminal to C-terminal rainbow (elem C). Show the ligand in ball and sticks view coloured with a purple backbone and coloured by element. Label all the side chains of the residues which are inte

Show all the residues within 3.5 Å of the ligand in 1LZC? Label these residues and identify the specific atoms that form H-bonds with the ligand (submit an image). Identify any hydrophobic interactions and explain which residues are involved? (20 marks)

E35和D52：两者都与配体相互作用。E35作为质子供体，而D52则稳定过渡态。相互作用：与配体及周围残基形成氢键和静电相互作用。

α螺旋（L25-E35）：11个残基。大约3圈，符合α螺旋的周期性（每圈3.6个残基）。β链（S50-G54）：反平行，基于图中箭头的方向。S50-G54有5个残基；与其他β链相比确认最少残基数。图中高亮显示了这些选定区域，展示了二级结构元素（α螺旋和β链），确定其结构特性。