图像配准-弹性变换利用Python库-PyElastix快速实现弹性配准

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一. 环境准备

系统选择：Windows、mac、Linux均可

准备步骤：

• 安装Pyelastix库 pip install pyelastix or conda install pyelastix -c conda-forge
• 下载Elastix执行文件并配置到系统路径
• 开始使用

其中下载Elastix执行文件并配置到系统路径步骤如下：
进入官网：https://elastix.lumc.nl/，下载对应系统的文件

Windows系统：

1. 解压下载好的文件
2. 将文件夹复制到C盘Program Files或Program Files (*86)路径下

Linux/Mac

1. 解压下载好的文件
2. 添加路径到系统变量

vim ~/.bashrc
export EKASTIX_PATH=/path/bin/elastix:$ELASTIX_PATH
export LD_LIBRARY=/path/lib:$LD_LIBRARY

至此环境配置完成

二、开始使用

完整代码如下

# 导包
import pyelastix
import imageio
import matplotlib.pyplot as plt
import cv2 as cv

# 读取数据
im1 = imageio.imread('chelsea.png')
im2 = imageio.imread('chelsea_morph1.png')

# 选择一个通道，转为浮点型
im1 = im1[:,:,1].astype('float32')
im2 = im2[:,:,1].astype('float32')

# 调用pyelastix库中的get_default_params方法获取默认参数值，主要参数：
# NumberOfResolutions(int)
# MaximumNumberOfIterations (int)
# MaximumNumberOfIterations (int)等
# 通过 params.变量名来设置参数值
params = pyelastix.get_default_params()
params.NumberOfResolutions = 3
print(params)

# 开始配准，register(浮动图像，参考图像，上面设置的变量)
im3, field = pyelastix.register(im1, im2, params)

# 可视化结果
fig = plt.figure(1);
plt.clf()
plt.subplot(231); plt.imshow(im1)
plt.subplot(232); plt.imshow(im2)
plt.subplot(234); plt.imshow(im3)
plt.subplot(235); plt.imshow(field[0])
plt.subplot(236); plt.imshow(field[1])
# 保存结果
cv2.imwrite('filename.jpg',im3)
# Enter mainloop
if hasattr(plt, 'use'):
    plt.use().Run()  # visvis
else:
    plt.show()  # mpl