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原创 【txt文本加密】使用 cryptography 库实现加密和解密

cryptography 库是一个强大的 Python 库,用于实现加密和解密功能。它提供了各种加密算法,包括对称加密、非对称加密、哈希函数等。

2024-07-21 18:19:15 191

原创 【细胞分割 + 图谱配准】论文综述

分享几篇顶会/顶刊论文,解析方法和效果。

2024-06-17 20:56:58 162

原创 艾伦脑图谱(Allen Brain Atlas)

艾伦脑图谱(Allen Brain Map):由艾伦脑科学研究所(Allen Institute for Brain Science)开发的大脑图谱,目前已生成多个 艾伦大脑参考地图集(Allen Brain Reference Atlases)。

2024-06-17 20:53:43 383

原创 【py文件加密】将 .py 文件编译成 .pyd 文件

py是明文且易读,pyc不易读但易被反编译,pyd不易读且不易被反编译(用于代码加密)。

2024-06-02 21:37:05 1776

原创 wandb安装与使用 —— 用于跟踪、可视化和协作机器学习实验的工具

wandb(Weights&Biases, W&B):用于跟踪、可视化和协作机器学习实验的工具,支持在线和离线。它提供了一个简单的 Python API,可以轻松地将实验数据发送到云端,并通过 Web 应用程序进行访问和可视化。

2024-06-02 21:36:06 3628

原创 Python解释器的命令行参数

Python解释器支持多种命令行参数,可以用于控制解释器的行为、调试、优化以及传递参数给脚本。

2024-05-22 10:41:15 383 1

原创 Keras中model.predict()与model()的区别

keras_model() 将 Keras 模型对象当作函数一样调用,将输入数据作为参数传递给它,从而直接获取预测结果。而predict() 方法是 Keras 模型对象的一个函数,用于进行推理并获取预测结果。

2024-04-22 21:23:15 1700

原创 argparse模块(详解)

argparse 是 Python 标准库中用于解析命令行参数的模块。提供了一种简单而灵活的方式来处理命令行输入,并帮助用户构建具有参数选项和帮助信息的命令行界面。

2024-04-22 21:20:57 1733

原创 scipy数值计算(全)

SciPy:是基于NumPy构建的数学算法和便利函数的集合。是一个专注于科学计算的库,而不是图像处理,因此没有提供读写图像的API。

2024-03-19 11:07:09 466

原创 DeepSlice:基于CNN的组织切片配准 —— 用于矫正切割角度

DeepSlice: 快速全自动配准小鼠脑成像到体积图谱

2024-02-04 10:29:15 1040 2

原创 (7)医学图像配准综述:SimpleITK + SimpleElastix + Elastix + ITKElastix + PyElastix

常见的图像配准工具包括、SimpleITK、SimpleElastix、Elastix、ITKElastix和PyElastix。这些工具提供了强大的图像配准功能,支持医学、生物学等领域的图像处理和分析,为研究和临床应用提供了重要支持。

2024-02-04 10:12:42 1379

原创 (6)Elastix图像配准:可视化配准工具

主要介绍了三个可视化配准工具:(1)elastix-napari:基于napari的Elastix图像配准(2)SlicerElastix:基于3D slice的Elastix图像配准(3)BIRDS:基于ImageJ的Elastix双通道图像配准

2024-01-30 14:28:07 1158

原创 (5)Elastix图像配准:点集配准(局部区域的精度微调)

图像配准:基于固定图像和移动图像的相关特征进行度量与变换。因此,通过手动指定局部的点坐标位置,将(初次)配准较差的图像实现(二次)局部区域的精度微调。

2024-01-27 18:39:58 779 2

原创 (3)Elastix图像配准:2D图像

利用Elastix实现对2D图像的配准,探索如何利用该工具对二维图像进行精准注册,提升图像配准的实用性和效果。

2024-01-27 10:53:31 482

原创 (4)Elastix图像配准:3D图像

利用Elastix实现对3D图像的配准,深入研究如何应用Elastix工具实现对三维图像的准确注册,以满足复杂数据集的配准需求。

2024-01-25 13:52:12 1051

原创 (2)Elastix图像配准:参数文件(配准精度的关键)

(1)理解参数文件的每一个参数,才能实现图像的精确配准。(2)Elastix参数文件:由多个组件组成,每个组件包括多个参数。包括:移动图像、固定图像、金字塔、图像采样器、重采样器、插值器、重采样插值器、度量、优化器、变换、配准结果。

2024-01-25 09:15:43 957

原创 skimage图像处理(全)

skimage(全称scikit-image):是一个基于 scipy 和 numpy 构建的,专注于图像处理和计算机视觉的Python库。提供了一系列用于图像处理函数,包括图像滤波、边缘检测、图像分割、特征提取、图像配准等。

2024-01-02 18:48:05 3211

原创 pyinstaller打包exe(单文件 + 多文件)

PyInstaller用于将一个或多个 Python 脚本(.py)打包成独立可执行文件(.exe)的工具,用户不需要安装 Python 解释器和脚本所需的所有依赖项,即可运行。

2024-01-02 09:11:14 2919

原创 Python文件操作(txt + xls + json)

使用Python的内置库和第三方库进行文件操作:TXT文件、Excel文件、JSON文件

2023-12-07 17:40:27 1245

原创 Python获取坐标的常用方法

在 Python 中,获取坐标的方法取决于你处理的数据类型。

2023-12-07 10:52:14 2121

原创 在Python中调用imageJ开发

原生ImageJ仅支持JS脚本(JAVAScript),而ImageJ的衍生版本Fiji支持Python脚本编程。

2023-11-20 10:50:54 1465 6

原创 Git使用教程

Git 是一个离线工具(在本地计算机上),而 GitHub 是一个在线平台(Web端)。(1)Git 是一个分布式版本控制系统,用于跟踪和管理代码库的不同版本。(2)GitHub 是一个基于互联网的代码托管平台,用于协作开发和托管 Git 仓库。

2023-11-20 10:47:54 346

原创 PyQt5新手教程(五万字)

PyQt是Python编程语言的一个GUI(图形用户界面)工具包,它允许开发人员使用Python语言创建桌面应用程序。PyQt是基于Qt库的Python封装,Qt是一个流行的C++框架,用于开发跨平台的应用程序。

2023-11-01 11:31:35 14368 2

原创 tensorflow-gpu安装(详解)

TensorFlow(中文名:张量流)是一个由Google开发的开源机器学习框架,广泛用于深度学习和机器学习任务。

2023-11-01 11:30:37 6236 18

原创 深入浅出:Python内存管理机制

python采用自动内存管理机制:又叫垃圾回收器(garbage collector,gc)。负责定期地扫描并自动回收不再使用的内存和对象,使得开发者可以专注于程序逻辑,而不必担心内存管理问题。

2023-10-23 09:47:31 4391 3

原创 (1)Elastix图像配准:算法原理 + 环境配置 + 使用教程(详解)

Elastix:是一个基于ITK库开发用于医学图像配准的开源工具。它支持多种配准算法,包括刚性、相似性、仿射和非线性配准,适用于不同类型的图像配准任务。Elastix使用参数文件来配置配准算法和参数设置,用户可以根据需求自定义参数文件。它提供了命令行接口,也可以与Python等语言集成。

2023-09-29 07:25:33 2884 16

原创 多线程并发计算 + 多进程并行计算

进程是操作系统中的一个执行单元;多进程是同时运行多个进程的机制;线程是进程中的一个执行单元;多线程是在一个进程中同时运行多个线程

2023-09-27 08:18:46 2164 1

原创 Python项目实战:基于区域生长的分割算法

区域增长算法是一种用于图像分割方法,将相邻像素按照一定的相似性合并成一个区域。

2023-09-25 22:53:52 1212

原创 【Python虚拟环境】新建 + 激活 + 安装 + 查看 + 退出 + 删除 + 复制 + 导出 + 导入

(1)创建虚拟环境(2)激活虚拟环境(3)退出虚拟环境(4)查看虚拟环境(5)删除虚拟环境(6)删除虚拟环境(7)导出虚拟环境(8)导入虚拟环境

2023-08-16 09:47:12 14963

原创 tifffile图像处理

3D灰度图像转换为3D彩色图像:使用颜色映射的方式,将灰度值映射到彩色空间中的特定颜色。

2023-08-16 09:46:10 1432

原创 napari图像可视化

napari:基于 Python 编写的快速、交互式多维图像查看器。

2023-08-16 00:00:00 2599

原创 Python项目实战:基于matplotlib与mayavi的3D可视化(点云+等值面)

3D可视化是一种用于呈现三维数据的方法,它可以帮助我们更好地理解和分析复杂的空间结构和关系。在科学、工程、医学和其他领域,3D可视化常用于展示和研究体数据、空间模型、分子结构等。

2023-07-15 18:16:03 5402 1

原创 在windows环境下安装支持CUDA的opencv-python

使用官方预构建源代码配置支持GPU模块的opencv-python,不使用Visual Studio。

2023-06-30 18:34:39 5926 26

原创 【项目实战】三维重建:基于RGB-D数据集的TSDF算法

从理论到实战:详细介绍三维重建的基础知识 + TSDF算法原理 + 基于深度图的项目实战

2023-05-30 00:27:09 5823 23

原创 Opencv C++图像处理(全)

备注:以下源码均可运行,不同项目涉及的函数均有详细分析说明。

2023-04-29 00:04:15 8087 2

原创 【Pytorch项目实战】之ResNet系列:resnet18、resnet34、resnet50、resnet101、resnet152

该项目共有五个文件,都保存在同一个路径下:网络模型:resnet.py、附属代码1:_internally_replaced_utils.py、附属代码2:utils.py、模型实现(.py)、项目实战(.py)。

2023-04-22 03:00:00 3664 1

原创 yolo目标追踪:卡尔曼滤波 + 匈牙利匹配算法 + deepsort算法

目标追踪是在目标检测算法的基础上,对每一帧的图像所检测到的目标都进行追踪。反而言之,只有当目标检测算法检测到当前目标才能进行目标追踪,故追踪效果的好坏取决于目标检测效果。

2023-04-08 01:30:00 6080 2

原创 yolov7目标追踪:基于自定义数据集完成检测

目标追踪包含两个阶段:(1)基于自定义数据集,训练yolo目标检测模型;(2)基于检测模型,将实时检测结果传递到StrongSORT追踪算法中,该算法在OSNet基础上结合运动和外观信息,可以跟踪yolo模型检测到的任何物体。

2023-04-05 23:16:27 1768 22

原创 yolov7目标检测:基于自定义数据集完成检测、训练、测试

主要分三步:(1)环境配置与文件配置(2)检测(3)训练。其中,检测和训练都是可以独立进行的。检测是依赖于权重文件即可运行,而训练是基于自定义训练数据集和超参数生成权重文件。

2023-03-25 20:39:11 5314 13

原创 matplotlib绘图(2D and 3D)

Matplotlib 是一个用于创建二维图形和图表的 Python 库。它是一个功能强大且广泛使用的数据可视化工具,特别适用于数据分析、科学计算、工程绘图和数据可视化等领域。

2023-03-23 01:00:00 2304 1

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