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原创 数据分析：转录组差异分析方法总结（DESeq2+limma+edgeR+t-test/wilcox-test）
RNA-seq转录组的差异分析方法总结
2023-07-17 11:01:18
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原创 【工具】isolateR桑格测序数据的自动化处理、分类分析以及微生物菌株库的生成R包
【工具】isolateR桑格测序数据的自动化处理、分类分析以及微生物菌株库的生成R包
2025-03-19 10:06:17
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原创 【文献分享】Maternal balanced energy-protein提供了数据和代码
【文献分享】Maternal balanced energy-protein提供了数据和代码
2025-03-19 09:15:56
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原创 【文献分享】Multi-omic analysis of SDHB-deficient提供了数据和代码
【文献分享】Multi-omic analysis of SDHB-deficient提供了数据和代码
2025-03-18 17:26:18
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原创 【工具】IntelliGenes使用多基因组图谱进行生物标志物发现和预测分析的新型机器学习管道
【工具】IntelliGenes使用多基因组图谱进行生物标志物发现和预测分析的新型机器学习管道
2025-03-13 09:31:24
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原创 【科研绘图系列】python绘制分组点图（grouped dot plot）
【科研绘图系列】python绘制分组点图（grouped dot plot）
2025-03-12 14:06:13
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原创 【科研绘图系列】R语言绘制网络相关图（cor network plot）
这段代码的目的是绘制一个网络图，展示变量之间的相关性。节点表示变量，边表示变量之间的相关性，边的颜色和宽度根据相关系数的大小和方向进行调整。图中还包含了分面、自定义主题样式和注释，使得图表更加美观和信息丰富。
2025-03-12 10:11:23
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原创 【工具】GEOfetch用于从GEO和SRA下载数据和标准化元数据的命令行工具
【工具】GEOfetch用于从GEO和SRA下载数据和标准化元数据的命令行工具
2025-03-08 17:00:27
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原创 【数据分析】转录组基因表达的KEGG通路富集分析教程
KEGG富集分析，可以发现差异基因所涉及的生物学通路，从而深入了解在特定生物学过程中起关键作用的分子机制。例如，在疾病发生发展过程中，哪些代谢通路或信号通路发生了改变，有助于揭示疾病的发病机制。
2025-03-07 10:25:15
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原创 【工具】PhenoMultiOmics酶法反应推断多组学网络可视化web服务器
【工具】PhenoMultiOmics酶法反应推断多组学网络可视化web服务器
2025-03-07 09:48:40
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原创 【文献分享】Vulnerability of amphibians 提供了分析数据和代码
【文献分享】Vulnerability of amphibians 提供了分析数据和代码
2025-03-06 14:55:09
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原创 【工具】SpectroPipeR精简后Spectronaut®DIA-MS数据分析R包
【工具】SpectroPipeR精简后Spectronaut®DIA-MS数据分析R包
2025-03-06 01:00:00
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原创 【文献分享】Coordination of microbe–host提供了分析数据和代码
【文献分享】Coordination of microbe–host提供了分析数据和代码
2025-03-03 10:51:31
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原创 【科研绘图系列】R语言配对区域图（paired boxplot with region）
【科研绘图系列】R语言配对区域图（paired boxplot with region）
2025-03-02 01:00:00
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原创 【数据分析】R语言的广义线性混合模型（GLMM）分析案例
使用R语言进行广义线性混合模型（GLMM）分析，研究全球山脉中外来脊椎动物的丰富度（Alien Richness）及其在不同分类群（如鱼类、两栖动物、爬行动物、鸟类和哺乳动物）中的分布情况，并绘制模型效应大小的可视化图表。
2025-03-01 01:15:00
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原创 【数据分析】转录组基因的GO term的富集分析详解
在获取差异表达基因的数据之后，开展GO（Gene Ontology）term的富集分析。通过这一分析流程，能够精准地识别出不同实验组中过表达基因所关联的显著富集的GO term通路。这些富集的GO term通路为后续的生物学研究提供了关键线索，有助于深入探究基因功能、揭示潜在的生物学机制，从而推动生物学发现的进程。
2025-03-01 00:30:00
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原创 【科研绘图系列】R语言绘制柱状图和森林图（barplot & forest plot）
【科研绘图系列】：R语言绘制柱状图和森林图（barplot & forest plot）
2025-02-28 01:45:00
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原创 【科研绘图系列】R语言绘制桑基图、散点图、火山图、柱状图（sankey scatter volcano barplot）
【科研绘图系列】R语言绘制桑基图、散点图、火山图、柱状图（sankey scatter volcano barplot）
2025-02-26 01:15:00
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原创 【科研绘图系列】R语言绘图教程小提琴图、连线图、云雨图、冲积图和点图以及柱状图
【科研绘图系列】R语言绘图教程小提琴图、连线图、云雨图、冲积图和点图以及柱状图
2025-02-26 00:45:00
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原创 【科研绘图系列】R语言绘制误差棒棒图和散点图（error barplot & scatter plot）
【科研绘图系列】：R语言绘制误差棒棒图和散点图（error barplot & scatter plot）
2025-02-25 01:00:00
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原创 【科研绘图系列】：R语言绘制时间序列图（time series plot）
【科研绘图系列】：R语言绘制时间序列图（time series plot）
2025-02-25 00:30:00
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原创 【科研绘图系列】R语言绘制三维图和散点图（3D plot & scatter plot）
【科研绘图系列】R语言绘制三维图和散点图（3D plot & scatter plot）
2025-02-24 01:00:00
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原创 【数据分析】计算不同分组的统计显著性并增加字母标签可视化结果
在分析不同废物类型间的差异时，我们采用了线性模型，以废物类型为自变量，对数变换后的废物生成量为因变量，以处理数据偏态和异方差性。通过emmeans包计算边际均值，评估废物类型对生成量的平均影响。利用multcomp::cld函数进行多重比较，分配字母标签以展示组间显著性差异，控制I类错误率。最后，使用ggplot2包将结果可视化，结合箱线图和抖动图展示废物生成量分布及组间差异，为决策提供科学依据。这一综合方法确保了分析的准确性和可解释性。
2025-02-24 00:45:00
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在R语言中，安装R包是数据分析过程中不可或缺的一部分 当你需要执行特定的统计测试、可视化或其他任务时，你可能会发现相应的功能已经被封装在一个或多个R包中
2025-01-23
数据分析：转录组差异分析总结（DESeq2+limma+edgeR+t-test/wilcox-test
2024-11-19
科研绘图系列：R语言雨云图展示更多数据分布信息
2024-11-18
科研绘图系列：箱线图加百分比点图展示组间差异
2024-11-16
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