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代谢组数据分析八:其他分析
代谢组分析之八:其他功能分析R包原创 2024-04-28 20:08:44 · 384 阅读 · 0 评论 -
代谢组数据分析七:溯源分析
微生物群及其代谢产物在维持人类健康与疾病发展中扮演着至关重要的角色。然而,深入了解微生物组和代谢物之间错综复杂的相互作用一直是一个具有挑战性的任务。尤其是在研究肠道代谢物时,确定代谢物的来源——是源自肠道微生物的代谢活动还是宿主自身的代谢过程——是一个无法回避的关键问题。原创 2024-04-28 20:02:42 · 356 阅读 · 0 评论 -
代谢组数据分析六:基于报告分数的功能分析
“基于广义报告者得分的分析(GRSA)”方法是一种无需阈值的方法,适用于所有类型的生物医学特征,如基因、化学化合物和微生物种类。它基于拓扑学做功能富集分析。原创 2024-05-21 10:49:29 · 134 阅读 · 0 评论 -
代谢组数据分析五:功能分析
代谢物通路包含了基因、催化酶或代谢物等上下游关系的先验知识,通过将关心的代谢物比对到通路上,再根据如超级几何分析等数学方法计算受影响的代谢物是否能够影响通路。代谢物富集分析的目的是为了解析某些差异代谢物是否落在某些pathway上(可简单理解为单个差异代谢物解释pathway较弱,同一pathway的代谢物共同解释该通路变化则证据较为robust,在很多生物领域均存在类似的处理逻辑),进而影响pathway的功能。基于pathway可分析代谢物的上下游基因或酶等影响,最终阐明作用机制。原创 2024-04-28 19:58:50 · 432 阅读 · 0 评论 -
代谢组数据分析四:差异分析
代谢组差异分析是代谢组学研究中不可或缺的一环,其目的在于通过比较不同组别间的代谢物表达水平,筛选出具有显著差异的代谢物标记物。这些标记物能够作为生物体生理或病理状态的重要指示,为疾病的诊断、治疗和预防提供有价值的线索。原创 2024-04-28 19:54:05 · 745 阅读 · 1 评论 -
代谢组数据分析三:降维分析
差异分析的目的是为了筛选代谢物标记物,常用的方法有以下几种(更多信息请参考倍数变化法 (Fold Change),也有基于log2的Fold change,计算组间倍数变化;T检验,计算组间均值的t统计量差别;PLS-DA或OPLS-DA的VIP(Variable Importance for the Projection,变量投影重要度),计算代谢物在投影平面坐标的重要度打分,个人理解有点类似主成分的特征系数。原创 2023-12-03 08:36:22 · 1005 阅读 · 0 评论 -
代谢组数据分析二:数据预处理
代谢组学质谱数据主要包含了通过质谱技术获得的代谢组数据,这些数据通常以质谱峰度谱(mass spectrometry peak intensity profiles)的形式呈现,并使用峰强(intensity)作为主要的量化指标。然而,这些原始的峰强(Raw intensity)数据在进行假设检验或线性回归等统计方法之前,通常需要经过一系列的数据预处理步骤,以确保数据的准确性、可靠性和可解释性。原创 2023-08-15 18:26:12 · 1853 阅读 · 0 评论 -
代谢组数据分析一:从质谱样本制备到MaxQuant搜库
质谱样本指标到搜库比对鉴定物质原创 2024-05-01 14:57:23 · 865 阅读 · 3 评论