科研绘图系列：R语言单细胞聚类气泡图（single cell bubble）

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分类专栏： SCI科研绘图系列文章标签： r语言聚类数据可视化

于 2024-07-21 16:32:09 首次发布

本文链接：https://blog.csdn.net/H20230717/article/details/140588424

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介绍

单细胞的标记基因气泡图是一种用于展示单细胞数据中特定基因表达情况的可视化方法。它通常用于展示细胞亚群中标记基因的表达水平，帮助研究者识别和区分不同的细胞类型。在这种图表中，每个细胞亚群用不同的颜色表示，而基因表达水平则通过气泡的大小来表示，从而直观地展示不同细胞亚群中基因表达的差异。

加载R包

knitr::opts_chunk$set(message = FALSE, warning = FALSE)

library(tidyverse)
library(ggtree)
library(patchwork)
library(ggdendro)
library(cowplot)

rm(list = ls())
options(stringsAsFactors = F)
options(future.globals.maxSize = 10000 * 1024^2)


cell_types <- c("Neuron", "Microglia", 
               "Fibroblast", "Astrocyte")

cell_colors <