[代码复制可用]wfdb查看ECG信号MITBIH数据库

先来个总体导图

在这里插入图片描述

除了绿色框内的部分,其余均可通过wfdb.rerecord等类似的方式使用。
绿色框内的部分,其分支表示包含的数据的类型,如果要使用dict类型数据里的属性,比如units等
可以通过以下方式导出:

data[1][‘units’]

如果是使用数据,通过以下方式

data[0]

不过就是字典类型的读取,应该不算是wfdb包的使用,所以在导图中用绿色框覆盖

官方文档:WFDB Programmer’s Guide

wfdb读文件

如果有wfdb包可以直接使用从步骤2开始,否则先更新下载wfdb包
pip install --upgrade wfdb
验证导入是否成功
import wfdb
wfdb.show_ann_classes()

如果导入成功会看到如下界面
在这里插入图片描述

查看不同类型的文件
# 查看不同文件的类型
f1 = open("C:\\data_0_1.atr","rb")
a = f1.read()
print("atr:")
print(a)
f1.close()
f2 = open("C:\\data_0_1.dat","rb")
b = f2.read()
print("dat:")
print(b)
f2.close()
f3 = open("C:\\data_0_1.hea","rb")
c = f3.read()
print("hea:")
print(c)
f3.close()

ECG信号的hea文件是注释文件,包含患者的信息有:编号,导联,采样率,年龄,用药,患病类型等,以二进制形式存储

hea:
b’data_0_1 2 200 27402\ndata_0_1.dat 16 17823.21157810434(1109)/mV 16 0 993 5202 0 I\ndata_0_1.dat 16 9140.353077717731(7227)/mV 16 0 5631 48840 0 II\n# non atrial fibrillation\n’

dat文件是电位的数值,但是通常以二进制的形式存储

dat:
b’\xe1\x03\xff\x15\xad\x04d\x16\xb6\x04\xeb\x15\x03\x05\x9c\x15e\x04\xf7\x14w\x03J\x14\t\x03A\x14g\x03\xd5\x13。。。’

atr文件包含注释信息,如心率变化的记录,R峰的记录等,也是以二进制的形式存储

atr:
b’\x1e\x04\xab\x04\xa3\x04\xac\x04r \xc7\x04\xab\x04k \xcb\x04\xac\x04\xa8\x04\xa4\x04\xa1\x04\xa4\x04\xa5\x04\xa6\x04\xa4\x04\xa5\x04\xa8\。。。

查看文件的长度
print("atr,dat,hea"),len(a),len(b),len(c)
#输出结果
(None, 312, 109608, 172)

注意dat的长度有时候会很长,所以使用jupyter编辑的时候可能会报错,不打印出完成dat内容即可,可以看一下dat长度,便于后续数据处理即可。

注意,这里的长

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这里提供一个使用深度学习模型(卷积神经网络)对ECG信号进行分类预测的Python代码示例: ```python import os import wfdb import numpy as np from sklearn.utils import shuffle from sklearn.metrics import classification_report from keras.utils import to_categorical from keras.models import Sequential from keras.layers import Dense, Conv1D, MaxPooling1D, Flatten # 设置数据路径和类别标签 data_path = "/path/to/data" class_labels = ["N", "A", "V", "L", "R"] # 读取数据 def load_data(): files = os.listdir(data_path) ecg_signals = [] ecg_labels = [] for filename in files: record = wfdb.rdrecord(os.path.join(data_path, filename)) annotation = wfdb.rdann(os.path.join(data_path, filename), 'atr') signal = record.p_signal[:,0] ecg_class = annotation.symbol for i in range(len(ecg_class)): if ecg_class[i] in class_labels: ecg_signal = signal[i*360:(i+1)*360] ecg_signals.append(ecg_signal) ecg_labels.append(ecg_class[i]) return ecg_signals, ecg_labels # 对数据进行预处理 def preprocess_data(ecg_signals, ecg_labels): ecg_signals = np.array(ecg_signals) ecg_signals = np.expand_dims(ecg_signals, axis=-1) ecg_labels = [class_labels.index(label) for label in ecg_labels] ecg_labels = to_categorical(ecg_labels) ecg_signals, ecg_labels = shuffle(ecg_signals, ecg_labels) return ecg_signals, ecg_labels # 构建卷积神经网络模型 def build_model(): model = Sequential() model.add(Conv1D(32, 3, activation='relu', input_shape=(360, 1))) model.add(Conv1D(64, 3, activation='relu')) model.add(MaxPooling1D(2)) model.add(Flatten()) model.add(Dense(128, activation='relu')) model.add(Dense(len(class_labels), activation='softmax')) model.compile(optimizer='adam', loss='categorical_crossentropy', metrics=['accuracy']) return model # 训练模型 def train_model(ecg_signals, ecg_labels): model = build_model() model.fit(ecg_signals, ecg_labels, validation_split=0.2, epochs=10, batch_size=32) return model # 评估模型 def evaluate_model(model, ecg_signals, ecg_labels): ecg_labels = np.argmax(ecg_labels, axis=1) predictions = model.predict(ecg_signals) predictions = np.argmax(predictions, axis=1) print(classification_report(ecg_labels, predictions, target_names=class_labels)) # 加载数据 ecg_signals, ecg_labels = load_data() # 预处理数据 ecg_signals, ecg_labels = preprocess_data(ecg_signals, ecg_labels) # 训练模型 model = train_model(ecg_signals, ecg_labels) # 评估模型 evaluate_model(model, ecg_signals, ecg_labels) ``` 在这个示例中,我们使用WFDB库读取ECG信号数据,然后使用Keras构建一个卷积神经网络模型。我们使用交叉熵损失和Adam优化器训练模型,并使用分类准确度评估模型性能。最后,我们使用标准的分类报告评估模型的性能。

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