Hakuna_mata_ta_的博客

原创 我的硝化综述

异养硝化研究进展引言随着工农业生产的快速发展, 氮肥的使用量逐年增加，过程中氮损失量达到27%-60%。氮损失是氮循环失衡的表现之一，会导致土壤肥力下降、水体富营养化、温室气体排放等一系列环境问题[1]。亚硝酸氧化细菌催化硝化过程中的第二步，将亚硝酸盐转化为可被众多植物与微生物利用的硝酸盐，是氮循环与生物脱氮的重要一环[1, 2]。传统认为自养亚硝酸氧化细菌是自然界中硝化反应的主要承担者，但近年来的众多研究表明相较于自养亚硝酸氧化细菌，异养亚硝酸氧化细菌具有对环境的高适应力，更高的硝化效率，更短的培养

原创 2021-01-04

checkM报错，RAM不够，lineage-set命令需要32G，加上–reduced tree只要16G左右

原创 如何取消nohup后台程序

ps -aux|grep "iqtree"|grep -v grep|awk "{print $2}"查看第二列任务号然后kill 任务号

原创 2020-12-16 垂死挣扎

orthofinder可视化 根据orthofinder结果中的单拷贝直系同源基因建树我的博客 针对不同基因集（Group）所包含的全部基因提取其蛋白序列，进行COG与KEGG功能注释，阈值 E-value≤1e-5 COG功能归类与富集，KEGG代谢通路分类和富集，阈值 FDR≤0.001 对富集在某功能类别的基因数量 10 以下的 COG和 KEGG 条目忽略不计 以全基因组的 COG和 KEGG富集到每个功能条目的比例作为平均分布水平，将不同基因集富集结果与平均分布..

原创 文献阅读与实操预习

Comparative genomic and functional analysis of Akkermansia muciniphila and closely related species目标执行Characterization of Akkermansia strains and closely related speciesNCBI上选取23株 Akkermansia属与4株 Verrucomicrobia属，下载genome与annotation文件Genomi

原创 2020-11-21 根据orthofinder的结果利用单拷贝直系基因建树

单拷贝直系同源基因多序列比对在orthofinder运行后的结果Single_Copy_Orthologue_Sequences文件夹中有所需要的直系同源基因的序列for i in *.fa; do linsi $i > $i.1; done提取保守序列conda install Gblocksfor i in *.1; do Gblocks $i -t=p -e=.2; done序列合并for i in *.2; do seqkit sort $i > $i.3;.

原创 megahit 返回0结果

base) yuanchao@habri323:~/megahit/assembly$ time megahit -t 8 --k-min 29 --k-max 171 --k-step 20 SRR1976948.abundtrim.subset.pe.fq.gz,SRR1977249.abundtrim.subset.pe.fq.gz-o out2020-09-27 14:57:16 - MEGAHIT v1.2.92020-09-27 14:57:16 - Maximum number of a

原创 2020-9-25 sourmash Kmer

sourmash工作流程设置工作目录mkdir依赖关系，之前安装成功可跳过sudo apt-get -y update && \sudo apt-get install -y python3.5-dev python3.5-venv make \ libc6-dev g++ zlib1g-dev #这里配置失败，可能因为conda环境basezhong已经安装了更高版本的Python 3.8. ~/py3/bin/activatepip install -U p

原创 本地blast

提示：文章写完后，目录可以自动生成，如何生成可参考右边的帮助文档文章目录前言一、shell入门二、blast使用步骤总结前言一、shell入门课程相关文件：git clone https://github.com/edamame-course/edamame-data.git二、blast使用步骤代码如下：# 创建本实验目录并进入mkdir blastcd blast# 下载测试数据curl -O ftp://ftp.ncbi.nih.gov/refseq/M_muscul

原创 Git常用操作

原创 pythonav第八天作业

v=v[::-1]print(v)info = [ {'k1':(1),'k2':{'k9':'oldboy','k10':'一天天'}}, (11,22,33,44), {199,2,3,4,5}, True, ['武沛齐','景女神',{'extra':("alex",'eric',[18,20])}]]print(info[0]["k1"])print(info[0]["k2"]["k9"])print(info[1][3])print(info