文献阅读与实操预习

Comparative genomic and functional analysis of Akkermansia muciniphila and closely related species

目标	执行
Characterization of Akkermansia strains and closely related species	NCBI上选取23株 Akkermansia属与4株 Verrucomicrobia属，下载genome与annotation文件
Genomic quality assessment	CheckM
dDDH（The digital DNA-DNA hybridization） values	GGDC 2.0
Phylogenetic analysis	全基因组建树——CVTree3；比对建树？——fastme；单拷贝直系同源基因建树——orthomcl聚类，MEGA建树，得到3个图
Population structure	STRUCTURE 2.3.4
Variant calls: SNPs	有点复杂，参考原文，很详细
Pan-genome analyses	PROKKA注释GFF3，Roary，得到两个图：gene accumulation curve（ggplot2）；Venn图
Identification of functional categories for core and strain-specific genes	COG注释
Analyses of gene clusters and genomic islands	有点复杂，不过用到了orthomcl，得到一个图：synteny maps （R package genoPlotR）

实操预习：

• checkM
• 安装与使用

conda create -n py27 python