GQT安装在集群上无法使用报错解决

做GWAS或QTL有可能会用到一个比较老的工具GQT，这个工具还有meta的功能，但网上关于这个工具的介绍非常之少。如果之前有安装过这个比较冷门的工具，会发现，cp工具里的包之后并不能直接使用，这篇就介绍一些报错解决的方法。注意，这里是想在集群HPC上使用GQT，且之前已经有GQT.tar.gz并成功安装了，但cp后无法正常使用。

1. 无法打开 libhts.so.3

运行--help之后报错。

GQT/bin/gqt --help

报错：

error while loading shared libraries: libhts.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory

解决方法：

查找libhts.so.3的位置，将路径改成libhts.so.3所在的位置。我的文件再htslib文件夹下。

find -name "libhts.so.3"
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:~/software/GQT/htslib/lib/

如果没有安装libhts，可以自行下载安装。

2. 无法打开 libcrypto.so.10

再次运行help后。

报错：

error while loading shared libraries: libcrypto.so.10: cannot open shared object file: No such file or directory

解决方法：

查找libcrypto.so.10的位置。

find -name "libcrypto.so.10"

发现没有该文件，所以需要安装openssl，执行以下代码，生成libcrypto.so文件。

wget https://www.openssl.org/source/old/1.0.1/openssl-1.0.1e.tar.gz
tar -zxvf openssl-1.0.1e.tar.gz
rm openssl-1.0.1e.tar.gz
cd openssl-1.0.1e
./config shared zlib-dynamic
make

创建软连接。

ln -s libssl.so.1.0.0 libssl.so.10
ln -s libcrypto.so.1.0.0 libcrypto.so.10

把文件复制到目标文件夹下。

cp openssl-1.0.1e/libssl.so.10 ~/software/GQT/htslib/lib/
cp openssl-1.0.1e/libcrypto.so.10 ~/software/GQT/htslib/lib/

这边说明一下，我尝试放在usr/bin下，但其实在GQT运行的时候，还是希望libcrypto.so.10在前面设置的文件路径中（可以看到以下报错），所以需要将该文件复制到目标文件夹下。

version `libcrypto.so.10' not found (required by /users/k20065666/software/GQT/htslib/lib/libhts.so.3)

完成上述步骤后，再次尝试。

GQT/bin/gqt --help

现在就可以看到GQT的help内容了，然后接下来就可以做分析啦。

其实解决这些问题主要靠Google，直接粘贴报错内容，然后看大神们如何解决这些问题。逐个尝试，总会找到方法的。