在集群上安装QTLtools

感谢橙子牛奶糖提供了完整的安装QTLtools的攻略，我根据需要修改了一些内容。

下载并解压QTLtools

wget https://qtltools.github.io/qtltools/binaries/QTLtools_1.3.1_source.tar.gz
tar xzvf QTLtools_1.3.1_source.tar.gz
cd qtltools/

查找文件

find <path> -name "program_options.hpp" 2> test1
find <path> -name "libboost_program_options.a" 2> test2

在指定路径<path>上查找这两个文件，并将文件路径分别保存为test1和test2文件。

如果之前已经安装过其他的包，比如qctools，则“program_options.hpp"文件会在该包的路径下。如果没有查找到"libboost_program_options.a"文件，则可以在github上下载，并将文件名改为”libboost_program_options.a“，代码如下。

wget https://github.com/BeamMW/boost-linux/blob/master/stage/lib/libboost_program_options.a?raw=true
mv 'libboost_program_options.a?raw=true' libboost_program_options.a

然后再次运行查找文件的代码，就可以更新test1和test2文件了。

添加BOOST_INC和BOOST_LIB

BOOST_INC=<path saved in test1 file>
BOOST_LIB=<path saved in test2 file>

安装R

以下修改自橙子牛奶糖安装R的攻略。

wget https://cran.r-project.org/src/base/R-4/R-4.2.0.tar.gz
tar xzvf R-4.2.0.tar.gz  
cd R-4.2.0/  
./configure  
cd src/nmath/standalone/  
make

在安装R的时候，可能遇到一些报错，按照这个攻略来操作就可以了。

如果没有src文件夹，可以mkdir src新建一个，然后cd src 就可以了。

R可以选择更高的版本，如4.2.0版本，可以通过这个命令来下载：wget https://cran.r-project.org/src/base/R-4/R-4.2.0.tar.gz

zlib最新版本可以通过这个命令下载：wget http://zlib.net/zlib-1.2.12.tar.gz

bzip最新版本可以通过这个命令下载：wget https://sourceware.org/pub/bzip2/bzip2-latest.tar.gz

xz最新版本可以通过这个命令下载：wget https://tukaani.org/xz/xz-5.2.5.tar.gz

pcre最新版本可以通过这个命令下载：wget https://github.com/PCRE2Project/pcre2/releases/download/pcre2-10.40/pcre2-10.40.tar.gz

libcurl最新版本可以通过这个命令下载：wget  --no-check-certificate https://curl.se/download/curl-7.84.0.tar.gz

./configure --prefix=/opt/R --enable-R-shlib --with-readline=no

如果还是报错，可能还需要安装libXt-devel，通过该命令下载：wget http://mirror.centos.org/centos/7/os/x86_64/Packages/libXt-devel-1.1.5-3.el7.x86_64.rpm

安装gcc，通过该命令下载，可更改为合适版本。

wget http://mirror.centos.org/centos/8-stream/AppStream/aarch64/os/Packages/gcc-gfortran-8.5.0-2.el8.aarch64.rpm

有时需要指定路径

./configure --prefix=$HOME/src/R-4.2.0 --with-readline=no --with-x=no --enable-R-shlib LDFLAGS="-L/$HOME/src/zlib-1.2.12/lib -L/$HOME/src/bzip2-1.0.6/lib -L/$HOME/src/xz-5.2.2/lib -L/$HOME/src/pcre-8.38/lib -L/$HOME/src/curl-7.47.1/lib" CPPFLAGS="-I/$HOME/src/zlib-1.2.12/include -I/$HOME/src/bzip2-1.0.6/include -I/$HOME/src/xz-5.2.2/include -I/$HOME/src/pcre-8.38/include -I/$HOME/src/curl-7.47.1/include"

在尝试了诸多方法后，在集群上安装R还是出现了原始报错：configure: error: --with-x=yes (default) and X11 headers/libs are not available

试了好多方法还是没有成功，因为我使用的集群权限限制，很多操作无法运行，希望大家能够顺利安装R。

添加RMATH_INC和RMATH_LIB

在指定路径<path>上查找"libRmath.a"文件，并将文件路径分别保存为test3文件。

find <path> -name "libRmath.a" 2> test3

然后把路径添加到RMATH_INC和RMATH_LTB。

RMATH_INC=<path>/R-4.2.0/src/include  
RMATH_LIB=<path>/R-4.2.0/src/nmath/standalone

添加HTSLD_INC和HTSLD_LIB

下载并安装htslib-1.3.1.tar.bz2。

wget https://github.com/samtools/htslib/releases/download/1.3.1/htslib-1.3.1.tar.bz2
tar xjvf htslib-1.3.1.tar.bz2  
cd htslib-1.3.1/  
./configure  
make

把"libhts.a"文件所在路径添加到HTSLD_INC和HTSLD_LIB中。

HTSLD_INC=<path>/Libraries/htslib-1.3.1 
HTSLD_LIB=<path>/Libraries/htslib-1.3.1

将以上路径添加至QTLtools的Makefile

准备好以上的路径后，返回QTLtools的路径。

在QTLtools路径下找到Makefile文件，通过nano Makefile或者vi Makefile的方法将上述所有路径添加进去，然后保存文件并退出。

安装QTLtools

最后，设置安装路径，安装QTLtools。

make
make DESTDIR=<path> install

测试QTLtools

安装后，测试是否安装成功。

QTLtools --help