使用 Transformers 进行图分类

本文介绍了如何利用Transformers库中的Graphormer模型进行图分类任务,包括数据预处理、模型加载和训练过程。示例中使用了OGB的ogbg-molhiv数据集,并展示了如何从HuggingFaceHub加载和处理图数据。训练过程使用了TrainerAPI,文章鼓励读者分享自己的模型和数据集到社区。

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在之前的 博文 中,我们探讨了图机器学习的一些理论知识。这一篇我们将探索如何使用 Transformers 库进行图分类。(你也可以从 此处 下载演示 notebook,跟着一起做!)

您可以通过点击 阅读原文 查看文段中提到的链接

目前,Transformers 中唯一可用的图 transformer 模型是微软的 Graphormer,因此本文的例子将会基于该模型。我们期待看到大家会使用并集成哪些其他模型进 🤗。

软件

要学习本教程,需要安装 datasets 和  transformers (版本号 >= 4.27.2),你可以使用 pip install -U datasets transformers 来安装。

数据

你可以使用自己的图数据集,也可以使用 Hub 上已有的数据集。本文我们主要使用已有的数据集,你也可以随时 添加你的数据集 到 Hugging Face!

数据加载

从 Hub 加载图数据集非常简单。这里,我们加载 OGB 库中的 ogbg-mohiv 数据集 (该数据集是斯坦福 开放图基准 (Open Graph Benchmark,OGB)  的一部分):

from datasets import load_dataset

# There is only one split on the hub
dataset = load_dataset("OGB/ogbg-molhiv")

dataset = dataset.shuffle(seed=0)

这个数据集含三个拆分,trainvalidationtest,所有这些拆分每一行都表示一个图,每个图包含 5 个数据列 (edge_indexedge_attrynum_nodesnode_feat),你可以通过执行 print(dataset) 来查看。

如果你还安装了其他图处理库,你还可以用这些库把图可视化出来,并进一步检查数据集。例如,使用 PyGeometric 和 matplotlib:

import networkx as nx
import matplotli
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