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软件包下载： wget ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz 解压： tar-xzf sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz 运行程序在解压文件夹中的bin文件夹中： ps：在运行程序之前，先检查lin
2017-03-07 09:12:05
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原创 BWA and Bowtie
BWA——Burrows-Wheeler Aligner Installation 下载：http://sourceforge.net/projects/bio-bwa/files/ 压缩文件 解压缩：$tar xvfj bwa-0.7.12.tar.bz2 转至目录：$cd bwa-0.7.12 编译：$make 测试：$./bwa #正常情况下会出现帮助信息 Run
2017-03-02 20:50:45
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原创 FastQC
软件下载： http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/ 下载为一个zip文件； Linux中安装： 1.unzip对文件解压得到FastQC文件夹 2.打开FastQC文件夹，用chmod u+u fastqc命令，给fastqc这个主程序增加可执行属性 3.命令行运行 fastqc [-o output
2017-03-02 17:14:29
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原创 Note:R+Python数据科学实战(2)
用plyr和ggplot2进行数据处理和绘图： (plyr包) ddply输入一个data frame返回一个data frame dlply输入一个data frame返回一个list e.g: uniqMakes=dlply(gasCar4,~year,function(x) unique(x$make)) #dlply将数据框按照~year来划分; e.g: byYear
2017-03-01 21:38:59
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原创 minor base提取代码
从全基因组minor alelle中提取基因区minor base #此类的txt文件，若直接用read.csv导入，并不能进行行列操作(非[i,j])，因为此时的数据是由\t间隔的字符串； #用strsplit("file","symble")命令将向量中的每个元素间隔开； #用do.call(rbind/cbind,file)来将向量转换为行列的格式，便于之后的操作； #用which(
2017-02-28 10:49:34
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原创 Note:R+Python数据科学实战(1)
Chapter 2（汽车数据的可视化分析）: #在开始处设置好文件路径 e.g: setwd("C:/Users/Sherlock13/Desktop/data_practice/") #用read.csv的命令来导入数据，相较于read.table，个人觉得csv更常用，并适用于任何操作系统； #若数据是zip压缩文件，可通过unz("filename.zip","filenam
2017-02-23 20:23:29
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空空如也
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