J_Fun-CSDN博客

原创 sratoolkit_fastq-dump

软件包下载：wget ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz解压：tar-xzf sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz运行程序在解压文件夹中的bin文件夹中：ps：在运行程序之前，先检查lin

2017-03-07 09:12:05 4359

原创 BWA and Bowtie

BWA——Burrows-Wheeler AlignerInstallation下载：http://sourceforge.net/projects/bio-bwa/files/压缩文件解压缩：$tar xvfj bwa-0.7.12.tar.bz2转至目录：$cd bwa-0.7.12编译：$make测试：$./bwa #正常情况下会出现帮助信息Run

2017-03-02 20:50:45 1500

原创 FastQC

软件下载：http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/下载为一个zip文件；Linux中安装：1.unzip对文件解压得到FastQC文件夹2.打开FastQC文件夹，用chmod u+u fastqc命令，给fastqc这个主程序增加可执行属性3.命令行运行 fastqc [-o output

2017-03-02 17:14:29 7896

原创 Note:R+Python数据科学实战(2)

用plyr和ggplot2进行数据处理和绘图：(plyr包)ddply输入一个data frame返回一个data framedlply输入一个data frame返回一个liste.g: uniqMakes=dlply(gasCar4,~year,function(x) unique(x$make))#dlply将数据框按照~year来划分;e.g: byYear

2017-03-01 21:38:59 549

原创 minor base提取代码

从全基因组minor alelle中提取基因区minor base#此类的txt文件，若直接用read.csv导入，并不能进行行列操作(非[i,j])，因为此时的数据是由\t间隔的字符串；#用strsplit("file","symble")命令将向量中的每个元素间隔开；#用do.call(rbind/cbind,file)来将向量转换为行列的格式，便于之后的操作；#用which(

2017-02-28 10:49:34 456

原创 Note:R+Python数据科学实战(1)

Chapter 2（汽车数据的可视化分析）:#在开始处设置好文件路径e.g: setwd("C:/Users/Sherlock13/Desktop/data_practice/")#用read.csv的命令来导入数据，相较于read.table，个人觉得csv更常用，并适用于任何操作系统；#若数据是zip压缩文件，可通过unz("filename.zip","filenam

2017-02-23 20:23:29 1212

空空如也

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