软件包下载:
wget ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz
解压:
tar-xzf sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz
运行程序在解压文件夹中的bin文件夹中:
ps:在运行程序之前,先检查linux系统的GLIBC的版本。本人下载的软件需要GLIBC 2.7。
若系统中GLIBC不匹配,会提示libc.so.6: version `GLIBC_2.7' not found,需自己下载安装较新的版本。
运行命令:
1)简单地转换:..../fastq-dump..../srafile.sra 直接将sra转为fastq
2)单端测序:..../fastq-dump --fasta ..../srafile.sra
3)双端测序:..../fastq-dump --split-3 ..../srafile.sra 生成两个子文件
4)直接下载文件:..../fastq-dump -X -Y dataaccession 根据数据编号可直接从NCBI上下载数据,-X接显示的行数,-Y标准输出