BWA and Bowtie

最新推荐文章于 2024-04-27 13:54:17 发布
最新推荐文章于 2024-04-27 13:54:17 发布
阅读量1.5k 收藏
点赞数
分类专栏： Software 文章标签： linux BWA
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/J_Fun/article/details/59674509
版权

BWA——Burrows-Wheeler Aligner

Installation

下载：http://sourceforge.net/projects/bio-bwa/files/压缩文件

解压缩：$tar xvfj bwa-0.7.12.tar.bz2

转至目录：$cd bwa-0.7.12

编译：$make

测试：$./bwa #正常情况下会出现帮助信息


Run

1.获取参考基因组；

2.建立参考基因组的索引：$nohup ../tools/bwa-0.7.12/bwa index Arabidopsis_thaliana.TAIR10.21.dna.genome.fa &；

#设置可执行程序路径 #建立索引的参数 #参考基因组

3.获取DNA序列reads；

4.把DNA序列reads给Map到参考基因组上：

$nohup ../tools/bwa-0.7.12/bwa  mem  Arabidopsis_thaliana.TAIR10.21.dna.genome.fa   ../Arabidopsischipdata/SRR651185.fastq > SRR651185.sam &；

#所用算法 #参考基因组索引的路径设置 #DNA测序reads路径设置 #输出文件

J_Fun
关注
专栏目录
Fasta file indexing and retrival tool-开源
06-06
除了Cdbfasta之外，还有其他开源工具如BWA-MEM、 Bowtie、Hisat2等，它们针对基因组比对提供更高级的功能，但Cdbfasta在简单检索和索引方面表现出色，尤其适用于那些只需要快速查找和提取序列的应用场景。...
短序列比对软件——bwa和bowtie2软件
m0_69574256的博客
11-27 2586
因使用的是老师提供的账号，无sudo权限，老师已将下列软件提前帮我们安装好了，故安装步骤只提供了代码无上机演示图片序列文件为老师提前准备好的，直接复制过来使用的，但文中有给出如何自己获取序列文件。
bwa和bowtie2使用方法
win_win223的博客
11-18 3031
bwa和bowtie比对
转录组数据比对教程 | Bowtie2
BioinfoDu
01-09 981
随着我们教程逐渐发布，我们转录组分析系列教程也逐渐分章节开放。若你有需要，可直接查看转录组上游分析教程[零基础(完)]。个人笔记，可能会出现一些错误！若我们的分享对你有用，希望您可以，这是对小杜最大的支持。Bowtie2和Bwa是用于短reads的比对软件，bowtie2主要用于50-1000bp的reads进行比对，生产SAM文件。在做转录组数据分析前，会过RNA-seq数据中的tRNA等序列，常常使用bowtie2进行过滤。Bowtie2的使用手册。
短序比对工具简介bowtievs BWA vs Subread vs SOAP vs NovoAlign
海骆驼的沙漠
12-27 3958
有趣的是，大部分的short read比对工具都是由中国人写出来的。因此可以说华大基因（BGI， Beijing Genomics Institute, Chinese Academy of Science）是中国NGS测序技术的摇篮。 速度上较有优势的short read（短序）比对工具最早出现的是SOAP（表1）。它很好地解决了一个问题，那就是如何在小内存（4G）的机器上将短序比对至人类
基于BWA，Bowtie2，Salmon和SAMtools、checkm等工具计算宏基因组学序列分析中Contigs与Genes在样品中的丰度，多种计算方式和脚本对比（20241217更新(1)
最新发布
2401_83946509的博客
04-27 1091
这里需要注意第一列的sequence id，后续需要mapping到基因注释结果中对应的seq id，除此外，我们只需要reads的mapping信息即可。接下来可以根据map的reads数计算相对丰度，也即除以contig长度和总得reads数，类似于RNA-seq中的RPKM标准化方法。假如是多样品混合拼接，只需要将每一个样品的reads数据重复上面操作，最后根据contig id进行整合。
生信软件 | bowtie2（测序序列与参考序列比对）
热门推荐
Baimoc
04-06 5万+
1. 介绍 2. 安装 2.1下载 2.2 解压 2.3 设置环境变量 3. 使用 3.1 命令 3.1.1 必需参数 3.1.2 可选参数（常用） 3.2 构建索引 3.2.1 官方索引 3.2.2 自建索引 3.3 例子 3.3.1 例子：M. musculus, UCSC mm10 1. 介绍 Bowtie2 是将测序reads与长参考序列比对工具。适...
使用Python处理BAM的方法
09-20
BAM（Binary Alignment Map）文件是生物信息学中存储基因组比对信息的二进制格式，通常由如BWA、 Bowtie等比对工具生成。这种格式相比于原始的SAM（Sequence Alignment/Map）格式更紧凑，更适合大规模数据分析。然而...
DaphniaPulex20162017测序
02-13
2. **比对**：将预处理后的读取数据比对到参考基因组，常用工具如BWA、Bowtie等。 3. **变异检测**：使用工具如GATK、FreeBayes或Samtools进行变异检测，生成原始的VCF文件。 4. **VCF过滤**：使用R中的`...
CUT-RUN:用于CUT＆RUN分析的管道
04-12
2. **读取对齐**：将测序得到的短读序列对齐到参考基因组，常用工具如BWA或Bowtie2。 3. **Peak Calling**：检测统计显著的DNA结合区域，即峰，常使用MACS2或其他相关软件。 4. **功能注释**：将找到的峰与基因、...
bwa、bowtie2、tophat、hisat2 比对软件学习中的笔记整理
sinat_40038704的博客
12-15 1万+
对常用的比对软件学习进行用法整理记录。记录的内容相对简单，详细说明及用法还得参考软件使用说明书 bwa、bowtie2、tophat、hisat bwa bwa(Burrows-Wheeler Aligner) bwa文档说明 http://bio-bwa.sourceforge.net/bwa.shtml BWA用于将低差异的序列映射到一个大的参考基因组，如人类基因组。由BWA-ba...
BWA，Bowtie，Bowtie2的比对算法推导
wangprince2017
06-05 1680
BWA，Bowtie，Bowtie2的比对算法推导
bowtie和bowtie2使用条件区别及用法
soyabean555999的博客
03-15 2万+
一、转录组还是基因组？ map常用的工具有bowtie/bowtie2, BWA,SOAP1/SOAP2等。这个问题又会被分成两个问题，是基因组测序（DNA-seq）还是转录组测序(mRNA-seq)。其中的区别是对于真核生物而言，mRNA序列与DNA序列并不完全相同，在经历了后剪切之后，成熟的mRNA可能是原基因的一部分，甚至顺序及个别碱基会产生变化。如果是mRNA测序，那map工作就会在
BWA 及 Bowtie 配置及简单使用
BoringFantasy的博客
06-07 3176
BWA下载安装$ wget https://sourceforge.net/projects/bio-bwa/files/bwa-0.7.17.tar.bz2 $ tar xvfj bwa-0.7.17.tar.bz2 $ cd bwa-0.7.17 $ make $./bwaBWA简单比对# 建立索引 $ bwa index ref.fa # aln 算法 # 建立 .sai 文件 $ ...
bowtie和bowtie2用法详解
soyabean555999的博客
03-15 3万+
bowtie 短序列比对工具详解 常见的短序列比对工具有很多，如fasta、blast、bowtie、shrimp、soap等。每个工具都有其自身的优点，但同时也具备了一些缺点。权衡利弊，我选择bowtie作为主要的短序列比对工具。它速度很快，比对结果也容易理解。 现在举个例子来探讨bowtie的使用方法：现在有GENOME.fa、高通量测序数据Reads.fa，我们希望将Reads.fa比对到...
linux下bwa版本卸载,转：linux下bwa和samtools的安装与使用
weixin_29997223的博客
05-02 535
bwa的安装流程安装本软体总共需要完成以下两个软体的安装工作：1) BWA2) Samtools1.BWA的安装a.下载BWA (download from BWA Source Forge )http://bio-bwa.sourceforge.net/bwa.shtmlb.安装BWA$ tar -jxvf bwa-*.tar.bz2c.编译BWA$ make2.Samtools的安装a.下载S...
BWA使用
Doris_xixi的博客
07-17 8642
全称：Burrows-Wheeler Aligner 参考： https://www.cnblogs.com/zkkaka/p/6146214.html http://mingkang1217.blog.163.com/blog/static/2035227201101254921398/ 官方文档： http://www.bbioo.com/lifesciences/40-113315...
BWA用法笔记
wangprince2017
11-04 6263
BWA下载与安装 $ wget https://sourceforge.net/projects/bio-bwa/files/bwa-0.7.17.tar.bz2 $ tar xvfj bwa-0.7.17.tar.bz2 $ cd bwa-0.7.17 $ make $./bwa BWA简单比对 # 建立索引 # 建立索引可以通过子命令调用两种算法 # -is IS...
使用指南：bwa与samtools进行短序列比对
"samtools and bwa是用于二代测序数据分析的两个重要工具。bwa用于序列比对，samtools则处理比对后的SAM/BAM文件。它们常配合使用，提高数据处理效率。" 在生物信息学领域，尤其是针对高通量测序数据的分析中，`bwa...
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值