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RSS订阅原创 vcf转化问plink#流程总结
可以使用bcftools或其他vcf解析工具将多等位位点拆分为单等位位点或使用bcftools的"--keep-allele-order"参数保留多等位位点。处理染色体ID：vcf文件中的染色体ID可能是ref格式，需要将其转换为plink格式。可以使用bcftools或其他vcf解析工具将染色体ID转换为plink格式，例如将"1"转换为"chr1"。确认vcf文件格式是否正确：vcf文件应符合vcf格式规范，可以使用vcftools或其他vcf解析工具检查vcf文件格式是否正确。
2023-03-03 10:31:38
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原创 如何使用vcftoos呢？CHATGPT告诉你
这个命令会从 input.vcf 中统计 SNP、INDEL、MNPs 和其他变异类型的数量，并将结果保存到 output.frq.count。这个命令会从 input.vcf 中统计每个样本的杂合度和缺失率，并将结果保存到 output.het 和 output.imiss。这个命令会从 input.vcf 中添加每个位点的全局和样本群体的频率信息，并将结果保存到 output.frq。这个命令会从 input.vcf 中保留所有杂合位点，并将结果保存到 output.vcf。如何使用vcftoos呢？
2023-03-03 10:29:11
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原创 ped文件转bed文件【牛基因组信息】
因此，你可以在命令行中添加--chr-set30来定义常染色体编号为1-29，X染色体为30，线粒体染色体为31。【代码2】plink --file snp--make-bed--out snp_bed --cow--chr 1-29,X,MT。【报错】plink --ped snp.ped --map snp.map --make-bed --outsnp_bed。【代码1】plink --file snp--make-bed--out snp_bed --cow--chr-set 30。
2023-03-03 10:24:22
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空空如也
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